Bio.PDB.mmcifio模块

编写一个mmCIF文件。

有关语法，请参见https://www.iucr.org/resources/cif/spec/version1.1/cifsyntax。

class Bio.PDB.mmcifio.MMCIFIO

基类：StructureIO

将结构对象或mmCIF字典编写为mmCIF文件。

示例

>>> from Bio.PDB import MMCIFParser
>>> from Bio.PDB.mmcifio import MMCIFIO
>>> parser = MMCIFParser()
>>> structure = parser.get_structure("1a8o", "PDB/1A8O.cif")
>>> io=MMCIFIO()
>>> io.set_structure(structure)
>>> io.save("bio-pdb-mmcifio-out.cif")
>>> import os
>>> os.remove("bio-pdb-mmcifio-out.cif")  # tidy up

__init__()

初始化。

set_dict(dic)

设置要写出的mmCIF字典。

save(filepath, select=_select, preserve_atom_numbering=False)

将结构保存到文件。

参数:

• filepath (string or filehandle) -- 输出文件

• select (object) -- 选择要写入的实体。

通常SELECT是L{Select}的子类，它应该具有以下方法：

• ACCEPT_MODEL(MODEL)

• 接受链(_CHAIN)

• 接受残留物(残留物)

• Accept_ATOM(ATOM)

如果要写出实体，这些方法应返回1，否则返回0。