Bio.PDB.PDBIO模块

PDB文件的输出。

class Bio.PDB.PDBIO.Select

基类：object

为PDB输出选择一切(用作基类)。

写入过程中的默认选择(所有内容)-可用作实现选择性输出的基类。这将选择哪些实体将被写出。

__repr__()

将输出表示为用于调试的字符串。

accept_model(model)

重载此选项以拒绝输出模型。

accept_chain(chain)

重载此选项以拒绝用于输出的链。

accept_residue(residue)

重载此选项以拒绝输出残留物。

accept_atom(atom)

重载此选项以拒绝输出原子。

class Bio.PDB.PDBIO.StructureIO

基类：object

从中派生结构文件格式编写器的基类。

__init__()

初始化。

set_structure(pdb_object)

检查用户提供的内容并构建结构。

class Bio.PDB.PDBIO.PDBIO(use_model_flag=0, is_pqr=False)

基类：StructureIO

将结构对象(或结构对象的子集)写入PDB或PQR文件。

示例

>>> from Bio.PDB import PDBParser
>>> from Bio.PDB.PDBIO import PDBIO
>>> parser = PDBParser()
>>> structure = parser.get_structure("1a8o", "PDB/1A8O.pdb")
>>> io=PDBIO()
>>> io.set_structure(structure)
>>> io.save("bio-pdb-pdbio-out.pdb")
>>> import os
>>> os.remove("bio-pdb-pdbio-out.pdb")  # tidy up

__init__(use_model_flag=0, is_pqr=False)

创建PDBIO对象。

参数:

• use_model_flag (int) -- 如果为1，则强制在输出中使用模型记录。

• is_pqr (Boolean) -- 如果为True，则生成PQR文件。否则构建PDB文件。

save(file, select=_select, write_end=True, preserve_atom_numbering=False)

将结构保存到文件。

参数:

• file (string or filehandle) -- 输出文件

• select (object) -- 选择要写入的实体。

通常SELECT是L{Select}的子类，它应该具有以下方法：

• ACCEPT_MODEL(MODEL)

• 接受链(_CHAIN)

• 接受残留物(残留物)

• Accept_ATOM(ATOM)

如果要写出实体，这些方法应返回1，否则返回0。

通常SELECT是L{Select}的子类。