Bio.PDB.结构构建器模块

生成结构对象的使用者类。

这由PDBParser和MMCIFparser类使用。

class Bio.PDB.StructureBuilder.StructureBuilder

基类：object

处理构造结构对象。

PDBParser类使用StrupreBuilder类将文件转换为Structure对象。

__init__()

初始化类。

set_header(header)

设置标题。

set_line_counter(line_counter)

跟踪正在分析的PDB文件中的行。

参数：

• LINE_COUNTER-INT

init_structure(structure_id)

用给定的id初始化一个新的结构对象。

参数：

• ID-字符串

init_model(model_id, serial_num=None)

使用给定的id创建一个新的Model对象。

参数：

• ID-整型

• Serial_Num-int

init_chain(chain_id)

使用给定的id创建一个新的链对象。

参数：

• chain_id-string

init_seg(segid)

标记segid中的更改。

参数：

• segid-string

init_residue(resname, field, resseq, icode)

创建新的残留物对象。

参数：

• 重命名-字符串，例如“ASN”

• 场杂化标志，“W”表示水，“H”表示杂化残基，否则为空白。

• resseq-int，序列标识符

• ICODE-字符串，插入代码

init_atom(name, coord, b_factor, occupancy, altloc, fullname, serial_number=None, element=None, pqr_charge=None, radius=None, is_pqr=False)

创建一个新的Atom对象。

参数：

• 名称-字符串、原子名称，例如CA，应该去掉空格

• 坐标-数值数组(浮点0，大小3)，原子坐标

• B_系数-浮点，B系数

• 入住率-浮动

• altloc-字符串，备用位置说明符

• fullname-字符串，原子名称，包括空格，例如“CA”

• 元素字符串，大写，例如“HG”代表水银

• pqr_Charge-Float，原子电荷(PQR格式)

• 半径-浮点、原子半径(PQR格式)

• IS_PQR-布尔值，用于指定是否正在解析.pqr文件的标志

set_anisou(anisou_array)

设置当前原子的各向异性B因子。

set_siguij(siguij_array)

设置当前原子各向异性B因子的标准差。

set_sigatm(sigatm_array)

设置当前Atom的原子位置标准差。

get_structure()

返回结构。

set_symmetry(spacegroup, cell)

设置对称性。