Bio.Nexus.Nodes模块¶
用于Bio.Nexus的链表功能。
提供链表的功能。每个节点都有一个(或没有)前导节点和任意数量的后继节点。节点可以在NodeData类中存储任意数据。
由Nexus分类的子类。用于存储系统发育树的树。
错误报告给Frank Kauff(fkauff@biologie.uni-kl.de)
- exception Bio.Nexus.Nodes.ChainException¶
基类：
Exception链异常管理规定。
- exception Bio.Nexus.Nodes.NodeException¶
基类：
Exception关于管理节点异常的规定。
- class Bio.Nexus.Nodes.Chain¶
基类：
object存储链接在一起的节点列表。
- __init__()¶
初始化节点链。
- all_ids()¶
返回所有节点ID的列表。
- add(node, prev=None)¶
将节点附加到另一个节点。
- collapse(id)¶
从链中删除节点，并将后继节点重新链接到前置任务。
- kill(id)¶
将节点从链中删除，而不管它连接了什么。
- unlink(id)¶
断开节点与其前置节点的连接。
- link(parent, child)¶
将子代连接到父代。
- is_parent_of(parent, grandchild)¶
检查孙子节点是否为父节点的子节点。
- trace(start, finish)¶
返回两个节点之间的所有node_id的列表(不包括start，包括end)。
- class Bio.Nexus.Nodes.Node(data=None)¶
基类：
object单个节点。
- __init__(data=None)¶
表示具有一个前置任务和多个后继任务的节点。
- set_id(id)¶
设置节点的id(如果尚未设置)。
- get_id()¶
返回节点的id。
- get_succ()¶
返回节点的后继者列表。
- get_prev()¶
返回节点的前置节点的id。
- add_succ(id)¶
将节点ID添加到节点的后继节点。
- remove_succ(id)¶
从节点的后继节点中删除节点ID。
- set_succ(new_succ)¶
设置节点的后继者。
- set_prev(id)¶
设置节点的前置任务。
- get_data()¶
返回节点的数据。
- set_data(data)¶
设置节点的数据。