Bio.Nexus.Nexus模块¶
Nexus类。解析Nexus文件的内容。
基于“Nexus：一种用于系统信息的可扩展文件格式”，Maddison，Swofford，Maddison。1997年。系统。比奥尔。46(4)：590-621
- exception Bio.Nexus.Nexus.NexusError¶
基类：
Exception用于管理Nexus例外的规定。
- class Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer(string)¶
基类：
object帮助从缓冲区读取Nexus-单词和字符(半私有)。
此类不打算(再)公开使用。
- __init__(string)¶
初始化类。
- peek()¶
从缓冲区返回第一个字符。
- peek_nonwhitespace()¶
从缓冲区返回第一个字符，不要包含空格。
- __next__()¶
迭代文件中的Nexus字符。
- next_nonwhitespace()¶
检查Nexus文件中的下一个非空格字符。
- skip_whitespace()¶
跳过Nexus文件中的空格字符。
- next_until(target)¶
迭代Nexus文件，直到到达目标角色。
- peek_word(word)¶
返回存储在缓冲区中的字。
- next_word()¶
从字符串返回下一个Nexus单词。
它处理单引号和双引号、空格和标点符号。
- rest()¶
在不解析的情况下返回字符串的睡觉。
- class Bio.Nexus.Nexus.StepMatrix(symbols, gap)¶
基类：
object计算加权简约的步长矩阵。
参见：系统发育分析中的组合权重--统计简约程序Wheeler(1990)，分支学6：269-275。
- __init__(symbols, gap)¶
初始化类。
- set(x, y, value)¶
在矩阵的位置设置给定值。
- add(x, y, value)¶
将给定值加到矩阵位置的现有值上。
- sum()¶
计算关联度，生成关联度矩阵。
- transformation()¶
计算变换矩阵。
规范化关联矩阵的列。
- weighting()¶
计算系统发育权重矩阵。
由变换矩阵的对数变换构造。
- smprint(name='your_name_here')¶
打印阶跃矩阵。
- Bio.Nexus.Nexus.safename(name, mrbayes=False)¶
根据Nexus标准返回分类单元标识符。
用标点符号或空格将名称用引号括起来，并用双单引号引起来。
mrbayes=True：为mrbayes软件包编写不带引号、空格或标点符号的名称。
- Bio.Nexus.Nexus.quotestrip(word)¶
删除标识符两边的引号和/或双引号。
- Bio.Nexus.Nexus.get_start_end(sequence, skiplist=('-', '?'))¶
返回不在跳转列表中的第一个和最后一个字符的位置。
Skiplist默认为 ['-','?'] 。
- Bio.Nexus.Nexus.combine(matrices)¶
将矩阵合并到 [(name,nexus-instance),...] 并返回新的节点实例。
COMBERED_MATRIX=COMBINE( [(name1,nexus_instance1),(name2,nexus_instance2),...] 字符集、字符区和分类体集被加前缀、重新调整并出现在组合矩阵中。
- class Bio.Nexus.Nexus.Commandline(line, title)¶
基类：
object将命令行表示为命令和选项。
- __init__(line, title)¶
初始化类。
- class Bio.Nexus.Nexus.Block(title=None)¶
基类：
object使用挡路名称和命令行列表表示NEXUS挡路。
- __init__(title=None)¶
初始化类。
- class Bio.Nexus.Nexus.Nexus(input=None)¶
基类：
object创建Nexus类，用于管理Nexus文件的主类。
- __init__(input=None)¶
初始化类。
- get_original_taxon_order()¶
包括它是为了向后兼容(已弃用)。
- set_original_taxon_order(value)¶
包括它是为了向后兼容(已弃用)。
- property original_taxon_order¶
包括它是为了向后兼容(已弃用)。
- read(input)¶
读取和解析Nexus输入(文件名、文件句柄或字符串)。
- write_nexus_data_partitions(matrix=None, filename=None, blocksize=None, interleave=False, exclude=(), delete=(), charpartition=None, comment='', mrbayes=False)¶
为charartition中的每个分区编写一个结点文件。
只包括未排除的字符和未删除的分类单元，只是写了挡路的数据。
- write_nexus_data(filename=None, matrix=None, exclude=(), delete=(), blocksize=None, interleave=False, interleave_by_partition=False, comment=None, omit_NEXUS=False, append_sets=True, mrbayes=False, codons_block=True)¶
编写包含数据的结点文件，并将挡路设置为文件或句柄。
默认情况下，字符集和分区是附加的，并根据排除的字符进行调整(即字符集仍然指向相同的站点(不一定是相同的位置)，不包括删除的字符。
文件名-要么是字符串形式的文件名(将被打开、写入和关闭)，要么是句柄对象(将被写入但不会关闭)。
INTERLEVE_BY_PARTITION-可选的分区名称(字符串)
OMIT_Nexus-布尔值。如果为True，则省略通常位于文件开头的‘#Nexus’行。
返回用于写入数据的文件名/句柄。
- append_sets(exclude=(), delete=(), mrbayes=False, include_codons=True, codons_only=False)¶
退掉一套挡路。
- export_fasta(filename=None, width=70)¶
将矩阵写入FASTA文件。
- export_phylip(filename=None)¶
将矩阵写入Phylip文件。
请注意，这将写入一个宽松的Phylip格式文件，其中的名称不会被截断，也不会检查是否有无效字符。
- constant(matrix=None, delete=(), exclude=())¶
返回包含所有常量字符的列表。
- cstatus(site, delete=(), narrow=True)¶
总结人物。
Narrow=True：PAUP-MODE(a c？-->ac；？-->？)狭窄=FALSE：(a c？-->a c？-->a c g t-；？-->a c g t-)
- weighted_stepmatrix(name='your_name_here', exclude=(), delete=())¶
计算加权简约的步长矩阵。
参见Wheeler(1990)，Cladistic 6：269-275和Felsenstein(1981)，Biol。J·林恩。SoC。16：183-196
- crop_matrix(matrix=None, delete=(), exclude=())¶
返回不包含已删除分类和排除字符的矩阵。
- bootstrap(matrix=None, delete=(), exclude=())¶
返回一个自举矩阵。
- add_sequence(name, sequence)¶
向矩阵添加序列(字符串)。
- insert_gap(pos, n=1, leftgreedy=False)¶
在矩阵中添加间隙并调整字符集和分区。
位置=0：第一个位置位置=nchar：最后一个位置
- invert(charlist)¶
返回不在Charlist中的所有字符索引。
- gaponly(include_missing=False)¶
返回仅限GAP的站点。
- terminal_gap_to_missing(missing=None, skip_n=True)¶
用缺少的字符替换所有端子间隙。
像？-？？-这样的混合物是正确解决的。