Bio.Nexus.Nexus模块

Nexus类。解析Nexus文件的内容。

基于“Nexus:一种用于系统信息的可扩展文件格式”,Maddison,Swofford,Maddison。1997年。系统。比奥尔。46(4):590-621

exception Bio.Nexus.Nexus.NexusError

基类:Exception

用于管理Nexus例外的规定。

class Bio.Nexus.Nexus.CharBuffer(string)

基类:object

帮助从缓冲区读取Nexus-单词和字符(半私有)。

此类不打算(再)公开使用。

__init__(string)

初始化类。

peek()

从缓冲区返回第一个字符。

peek_nonwhitespace()

从缓冲区返回第一个字符,不要包含空格。

__next__()

迭代文件中的Nexus字符。

next_nonwhitespace()

检查Nexus文件中的下一个非空格字符。

skip_whitespace()

跳过Nexus文件中的空格字符。

next_until(target)

迭代Nexus文件,直到到达目标角色。

peek_word(word)

返回存储在缓冲区中的字。

next_word()

从字符串返回下一个Nexus单词。

它处理单引号和双引号、空格和标点符号。

rest()

在不解析的情况下返回字符串的睡觉。

class Bio.Nexus.Nexus.StepMatrix(symbols, gap)

基类:object

计算加权简约的步长矩阵。

参见:系统发育分析中的组合权重--统计简约程序Wheeler(1990),分支学6:269-275。

__init__(symbols, gap)

初始化类。

set(x, y, value)

在矩阵的位置设置给定值。

add(x, y, value)

将给定值加到矩阵位置的现有值上。

sum()

计算关联度,生成关联度矩阵。

transformation()

计算变换矩阵。

规范化关联矩阵的列。

weighting()

计算系统发育权重矩阵。

由变换矩阵的对数变换构造。

smprint(name='your_name_here')

打印阶跃矩阵。

Bio.Nexus.Nexus.safename(name, mrbayes=False)

根据Nexus标准返回分类单元标识符。

用标点符号或空格将名称用引号括起来,并用双单引号引起来。

mrbayes=True:为mrbayes软件包编写不带引号、空格或标点符号的名称。

Bio.Nexus.Nexus.quotestrip(word)

删除标识符两边的引号和/或双引号。

Bio.Nexus.Nexus.get_start_end(sequence, skiplist=('-', '?'))

返回不在跳转列表中的第一个和最后一个字符的位置。

Skiplist默认为 ['-','?'] 。

Bio.Nexus.Nexus.combine(matrices)

将矩阵合并到 [(name,nexus-instance),...] 并返回新的节点实例。

COMBERED_MATRIX=COMBINE( [(name1,nexus_instance1),(name2,nexus_instance2),...] 字符集、字符区和分类体集被加前缀、重新调整并出现在组合矩阵中。

class Bio.Nexus.Nexus.Commandline(line, title)

基类:object

将命令行表示为命令和选项。

__init__(line, title)

初始化类。

class Bio.Nexus.Nexus.Block(title=None)

基类:object

使用挡路名称和命令行列表表示NEXUS挡路。

__init__(title=None)

初始化类。

class Bio.Nexus.Nexus.Nexus(input=None)

基类:object

创建Nexus类,用于管理Nexus文件的主类。

__init__(input=None)

初始化类。

get_original_taxon_order()

包括它是为了向后兼容(已弃用)。

set_original_taxon_order(value)

包括它是为了向后兼容(已弃用)。

property original_taxon_order

包括它是为了向后兼容(已弃用)。

read(input)

读取和解析Nexus输入(文件名、文件句柄或字符串)。

write_nexus_data_partitions(matrix=None, filename=None, blocksize=None, interleave=False, exclude=(), delete=(), charpartition=None, comment='', mrbayes=False)

为charartition中的每个分区编写一个结点文件。

只包括未排除的字符和未删除的分类单元,只是写了挡路的数据。

write_nexus_data(filename=None, matrix=None, exclude=(), delete=(), blocksize=None, interleave=False, interleave_by_partition=False, comment=None, omit_NEXUS=False, append_sets=True, mrbayes=False, codons_block=True)

编写包含数据的结点文件,并将挡路设置为文件或句柄。

默认情况下,字符集和分区是附加的,并根据排除的字符进行调整(即字符集仍然指向相同的站点(不一定是相同的位置),不包括删除的字符。

  • 文件名-要么是字符串形式的文件名(将被打开、写入和关闭),要么是句柄对象(将被写入但不会关闭)。

  • INTERLEVE_BY_PARTITION-可选的分区名称(字符串)

  • OMIT_Nexus-布尔值。如果为True,则省略通常位于文件开头的‘#Nexus’行。

返回用于写入数据的文件名/句柄。

append_sets(exclude=(), delete=(), mrbayes=False, include_codons=True, codons_only=False)

退掉一套挡路。

export_fasta(filename=None, width=70)

将矩阵写入FASTA文件。

export_phylip(filename=None)

将矩阵写入Phylip文件。

请注意,这将写入一个宽松的Phylip格式文件,其中的名称不会被截断,也不会检查是否有无效字符。

constant(matrix=None, delete=(), exclude=())

返回包含所有常量字符的列表。

cstatus(site, delete=(), narrow=True)

总结人物。

Narrow=True:PAUP-MODE(a c?-->ac;?-->?)狭窄=FALSE:(a c?-->a c?-->a c g t-;?-->a c g t-)

weighted_stepmatrix(name='your_name_here', exclude=(), delete=())

计算加权简约的步长矩阵。

参见Wheeler(1990),Cladistic 6:269-275和Felsenstein(1981),Biol。J·林恩。SoC。16:183-196

crop_matrix(matrix=None, delete=(), exclude=())

返回不包含已删除分类和排除字符的矩阵。

bootstrap(matrix=None, delete=(), exclude=())

返回一个自举矩阵。

add_sequence(name, sequence)

向矩阵添加序列(字符串)。

insert_gap(pos, n=1, leftgreedy=False)

在矩阵中添加间隙并调整字符集和分区。

位置=0:第一个位置位置=nchar:最后一个位置

invert(charlist)

返回不在Charlist中的所有字符索引。

gaponly(include_missing=False)

返回仅限GAP的站点。

terminal_gap_to_missing(missing=None, skip_n=True)

用缺少的字符替换所有端子间隙。

像?-??-这样的混合物是正确解决的。