Bio.KEGG.KGML.KGML_路径模块

类来表示KGML路径地图。

从版本KGML v0.7.2(http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/))开始,KGML定义

班级:
  • 路径-指定路径地图的图形信息

  • 关系(Relationship)-指定两个蛋白质或KO之间的关系,或指定蛋白质和化合物之间的关系。在某些情况下,这种关系有一个隐含的方向。

  • 反应-底物和产品之间的特定化学反应。

  • Entry-路径图中的节点

  • 描述其视觉表示的图形输入子元素

class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway

基类:object

表示来自KEGG的KGML路径。

指定路径图的图形信息,如版本KGML v0.7.2(http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/))中所述

属性:
  • Name-路径图的KEGGID

  • ORG-KO/EC/ [组织前缀]

  • Number-映射编号(整数)

  • 标题-地图标题

  • Image-路径的图像地图的URL

  • Link-有关路径的信息的URL

  • Entries-路径中的条目字典,以节点ID为关键字

  • 反应-途径中的一组反应

name属性具有受限格式,因此我们将其设置为属性并强制执行格式设置。

路径对象是添加/删除条目、反应或关系元素的唯一允许路径。

条目保存在字典中,并以路径图的节点ID为关键字-这允许通过反应/关系等元素随时访问。必须在任何其他元素引用之前添加条目。

反应保存在字典中,以路径的节点ID为关键字。反应中涉及的元素必须在反应本身之前添加。

__init__()

初始化类。

get_KGML()

以美化的KGML格式将路径作为字符串返回。

add_entry(entry)

向路径添加Entry元素。

remove_entry(entry)

从路径中删除入口元素。

add_reaction(reaction)

将反应元素添加到路径中。

remove_reaction(reaction)

从路径中移除反应元件。

add_relation(relation)

向路径添加关系元素。

remove_relation(relation)

从路径中删除关系元素。

__str__()

返回可读的摘要描述字符串。

property name

路径图的KEGGID。

property number

KEGG地图编号。

property compounds

获取复合类型的条目列表。

property maps

获取类型为map的条目列表。

property orthologs

获取类型正交的条目列表。

property genes

获取类型为GINE的条目列表。

property reactions

获取路径中的反应列表。

property reaction_entries

与路径中的每个反应相对应的条目列表。

property relations

获取路径中的关系列表。

property element

将Pathway作为有效的KGML元素返回。

property bounds

路径中所有图形元素的坐标边界。

返回 [(xmin,ymin),(xmax,ymax)] 路径中所有图形元素的坐标

class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry

基类:object

表示来自KGML的条目。

每个条目元素都是路径图中的一个节点,如版本KGML v0.7.2(http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/))中所述

属性:
  • ID-路径图中条目的ID(整数)

  • Names-条目的KEGG ID列表

  • 类型-条目的类型

  • Link-有关条目的信息的URL

  • Reaction-相应反应的KEGG ID列表(整数)

  • Graphics-描述条目视觉表示的图形对象列表

  • Components-此条目的组件节点ID列表(‘group’)

  • Alt-条目的备用名称列表

注意:alt属性表示KGML文件中衬底和产品元素的子元素

__init__()

初始化类。

__str__()

返回可读的描述性字符串。

add_component(element)

向条目添加元素。

如果该条目已经是路径的一部分,请确保该组件已经存在。

remove_component(value)

从组中删除具有传递的ID的条目。

add_graphics(entry)

添加Graphics条目。

remove_graphics(entry)

从组中删除带有传递的ID的Graphics条目。

property name

条目的KEGG标识符列表。

property reaction

此条目的反应KEGG ID列表。

property id

条目的路径图节点ID。

property element

将条目作为有效的KGML元素返回。

property bounds

条目中所有图形元素的坐标边界。

返回 [(xmin,ymin),(xmax,ymax)] 条目图形元素的坐标。

property is_reactant

如果此条目参与其父路径中的任何反应,则返回TRUE。

class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Component(parent)

基类:object

用于表示复杂节点的Entry子元素。

Entry元素的子元素,当条目是复杂节点时使用,如版本KGML v0.7.2(http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/))中所述

该组件充当一个集合(类型为“group”,通常是其自己的Graphics子元素),只有一个ID。

__init__(parent)

初始化类。

property id

条目的路径图节点ID

property element

将组件作为有效的KGML元素返回。

class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics(parent)

基类:object

用于表示视觉表示的Entry子元素。

条目的子元素,指定其可视化表示,如版本KGML v0.7.2(http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/))中所述

属性:
  • 图形对象的名称标签

  • 对象的X X轴位置(Int)

  • 对象的Y Y轴位置(Int)

  • 坐标多段线坐标,(int,int)元组列表

  • 文字对象形状

  • 宽度对象宽度(Int)

  • 高度对象高度(Int)

  • fgcolor对象前景色(祸不单行rgb)

  • 背景颜色对象背景颜色(祸不单行rgb)

某些属性仅适用于特定图形类型。例如,线型(通常)没有宽度。我们允许非DTD属性和属性设置,例如

整数的虚线列表,描述虚线的开/关模式

__init__(parent)

初始化类。

property x

图形元素的X坐标。

property y

图形元素的Y坐标。

property width

图形元素的宽度。

property height

图形元素的高度。

property coords

图形元素的多段线坐标。

property fgcolor

前景色。

property bgcolor

背景颜色。

property element

将Graphics作为有效的KGML元素返回。

property bounds

Graphics元素的坐标边界。

将Graphics对象的边界作为 [(xmin,ymin),(xmax,ymax)] 元组。坐标给出了圆形、矩形、圆形矩形元素的中心,因此我们必须根据相关的宽度/高度进行调整。

property centre

将Graphics对象的中心作为(x,y)元组返回。

class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction

基类:object

与底物和产物的特定化学反应。

它描述了一个或多个底物和一个或多个产品之间的特定化学反应。

属性:
  • ID路径图节点条目的ID

  • 来自反应数据库的KEGG标识符的名称列表

  • 类型字符串:可逆或不可逆

  • 基板的基板进入物体

  • 该产品的产品入口对象

__init__()

初始化类。

__str__()

返回人类可读的信息性字符串。

add_substrate(substrate_id)

将由其节点ID标识的底物添加到反应中。

add_product(product_id)

将由其节点ID标识的产品添加到反应中。

property id

反应的节点ID。

property name

反应的KEGG标识符列表。

property substrates

返回衬底条目元素列表。

property products

返回产品条目元素列表。

property entry

返回该反应对应的条目。

property reactant_ids

返回底物和产品反应物ID的列表。

property element

返回描述反应的KGML元素。

class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Relation

基类:object

与产物、KO或蛋白质和化合物之间的关系。

这描述了两种产品(KO或蛋白质和化合物)之间的关系,如版本KGML v0.7.2(http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/))中所述

属性:
  • entry1-定义关系的第一个条目对象节点ID(Int)

  • entry2-定义关系的第二个条目对象节点ID(Int)

  • 类型-关系类型

  • 子类型-关系的子类型列表,作为(名称、值)元组的列表

__init__()

初始化类。

__str__()

返回一个有用的人类可读字符串。

property entry1

关系的条目1。

property entry2

关系的条目2。

property element

返回描述关系的KGML元素。