Bio.KEGG.KGML.KGML_路径模块¶
类来表示KGML路径地图。
从版本KGML v0.7.2(http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/))开始，KGML定义
- 班级：
路径-指定路径地图的图形信息
关系(Relationship)-指定两个蛋白质或KO之间的关系，或指定蛋白质和化合物之间的关系。在某些情况下，这种关系有一个隐含的方向。
反应-底物和产品之间的特定化学反应。
Entry-路径图中的节点
描述其视觉表示的图形输入子元素
- class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Pathway¶
基类：
object表示来自KEGG的KGML路径。
指定路径图的图形信息，如版本KGML v0.7.2(http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/))中所述
- 属性：
Name-路径图的KEGGID
ORG-KO/EC/ [组织前缀]
Number-映射编号(整数)
标题-地图标题
Image-路径的图像地图的URL
Link-有关路径的信息的URL
Entries-路径中的条目字典，以节点ID为关键字
反应-途径中的一组反应
name属性具有受限格式，因此我们将其设置为属性并强制执行格式设置。
路径对象是添加/删除条目、反应或关系元素的唯一允许路径。
条目保存在字典中，并以路径图的节点ID为关键字-这允许通过反应/关系等元素随时访问。必须在任何其他元素引用之前添加条目。
反应保存在字典中，以路径的节点ID为关键字。反应中涉及的元素必须在反应本身之前添加。
- __init__()¶
初始化类。
- get_KGML()¶
以美化的KGML格式将路径作为字符串返回。
- add_entry(entry)¶
向路径添加Entry元素。
- remove_entry(entry)¶
从路径中删除入口元素。
- add_reaction(reaction)¶
将反应元素添加到路径中。
- remove_reaction(reaction)¶
从路径中移除反应元件。
- add_relation(relation)¶
向路径添加关系元素。
- remove_relation(relation)¶
从路径中删除关系元素。
- __str__()¶
返回可读的摘要描述字符串。
- property name¶
路径图的KEGGID。
- property number¶
KEGG地图编号。
- property compounds¶
获取复合类型的条目列表。
- property maps¶
获取类型为map的条目列表。
- property orthologs¶
获取类型正交的条目列表。
- property genes¶
获取类型为GINE的条目列表。
- property reactions¶
获取路径中的反应列表。
- property reaction_entries¶
与路径中的每个反应相对应的条目列表。
- property relations¶
获取路径中的关系列表。
- property element¶
将Pathway作为有效的KGML元素返回。
- property bounds¶
路径中所有图形元素的坐标边界。
返回 [(xmin，ymin)，(xmax，ymax)] 路径中所有图形元素的坐标
- class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Entry¶
基类：
object表示来自KGML的条目。
每个条目元素都是路径图中的一个节点，如版本KGML v0.7.2(http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/))中所述
- 属性：
ID-路径图中条目的ID(整数)
Names-条目的KEGG ID列表
类型-条目的类型
Link-有关条目的信息的URL
Reaction-相应反应的KEGG ID列表(整数)
Graphics-描述条目视觉表示的图形对象列表
Components-此条目的组件节点ID列表(‘group’)
Alt-条目的备用名称列表
注意：alt属性表示KGML文件中衬底和产品元素的子元素
- __init__()¶
初始化类。
- __str__()¶
返回可读的描述性字符串。
- add_component(element)¶
向条目添加元素。
如果该条目已经是路径的一部分，请确保该组件已经存在。
- remove_component(value)¶
从组中删除具有传递的ID的条目。
- add_graphics(entry)¶
添加Graphics条目。
- remove_graphics(entry)¶
从组中删除带有传递的ID的Graphics条目。
- property name¶
条目的KEGG标识符列表。
- property reaction¶
此条目的反应KEGG ID列表。
- property id¶
条目的路径图节点ID。
- property element¶
将条目作为有效的KGML元素返回。
- property bounds¶
条目中所有图形元素的坐标边界。
返回 [(xmin，ymin)，(xmax，ymax)] 条目图形元素的坐标。
- property is_reactant¶
如果此条目参与其父路径中的任何反应，则返回TRUE。
- class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Component(parent)¶
基类：
object用于表示复杂节点的Entry子元素。
Entry元素的子元素，当条目是复杂节点时使用，如版本KGML v0.7.2(http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/))中所述
该组件充当一个集合(类型为“group”，通常是其自己的Graphics子元素)，只有一个ID。
- __init__(parent)¶
初始化类。
- property id¶
条目的路径图节点ID
- property element¶
将组件作为有效的KGML元素返回。
- class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Graphics(parent)¶
基类：
object用于表示视觉表示的Entry子元素。
条目的子元素，指定其可视化表示，如版本KGML v0.7.2(http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/))中所述
- 属性：
图形对象的名称标签
对象的X X轴位置(Int)
对象的Y Y轴位置(Int)
坐标多段线坐标，(int，int)元组列表
文字对象形状
宽度对象宽度(Int)
高度对象高度(Int)
fgcolor对象前景色(祸不单行rgb)
背景颜色对象背景颜色(祸不单行rgb)
某些属性仅适用于特定图形类型。例如，线型(通常)没有宽度。我们允许非DTD属性和属性设置，例如
整数的虚线列表，描述虚线的开/关模式
- __init__(parent)¶
初始化类。
- property x¶
图形元素的X坐标。
- property y¶
图形元素的Y坐标。
- property width¶
图形元素的宽度。
- property height¶
图形元素的高度。
- property coords¶
图形元素的多段线坐标。
- property fgcolor¶
前景色。
- property bgcolor¶
背景颜色。
- property element¶
将Graphics作为有效的KGML元素返回。
- property bounds¶
Graphics元素的坐标边界。
将Graphics对象的边界作为 [(xmin，ymin)，(xmax，ymax)] 元组。坐标给出了圆形、矩形、圆形矩形元素的中心，因此我们必须根据相关的宽度/高度进行调整。
- property centre¶
将Graphics对象的中心作为(x，y)元组返回。
- class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Reaction¶
基类：
object与底物和产物的特定化学反应。
它描述了一个或多个底物和一个或多个产品之间的特定化学反应。
- 属性：
ID路径图节点条目的ID
来自反应数据库的KEGG标识符的名称列表
类型字符串：可逆或不可逆
基板的基板进入物体
该产品的产品入口对象
- __init__()¶
初始化类。
- __str__()¶
返回人类可读的信息性字符串。
- add_substrate(substrate_id)¶
将由其节点ID标识的底物添加到反应中。
- add_product(product_id)¶
将由其节点ID标识的产品添加到反应中。
- property id¶
反应的节点ID。
- property name¶
反应的KEGG标识符列表。
- property substrates¶
返回衬底条目元素列表。
- property products¶
返回产品条目元素列表。
- property entry¶
返回该反应对应的条目。
- property reactant_ids¶
返回底物和产品反应物ID的列表。
- property element¶
返回描述反应的KGML元素。
- class Bio.KEGG.KGML.KGML_pathway.Relation¶
基类：
object与产物、KO或蛋白质和化合物之间的关系。
这描述了两种产品(KO或蛋白质和化合物)之间的关系，如版本KGML v0.7.2(http://www.kegg.jp/kegg/xml/docs/))中所述
- 属性：
entry1-定义关系的第一个条目对象节点ID(Int)
entry2-定义关系的第二个条目对象节点ID(Int)
类型-关系类型
子类型-关系的子类型列表，作为(名称、值)元组的列表
- __init__()¶
初始化类。
- __str__()¶
返回一个有用的人类可读字符串。
- property entry1¶
关系的条目1。
- property entry2¶
关系的条目2。
- property element¶
返回描述关系的KGML元素。