Bio.KEGG.KGML.KGML_解析器模块

类和函数来解析KGML路径图。

在此模块中，KGML路径图被解析为KGML_Pathway.py中定义的对象结构。

班级：

• KGMLParser-解析KGML文件

功能：

• 读取-在内部使用KGMLParser返回单个路径对象

Bio.KEGG.KGML.KGML_parser.read(handle)

从给定的文件句柄解析单个KEGG路径。

返回单个路径对象。每个文件中应该有且只有一条路径，但很可能会有病理示例。

Bio.KEGG.KGML.KGML_parser.parse(handle)

返回路径元素的迭代器。

参数：

• 句柄-用于解析的KGML文件或KGML字符串的文件句柄

这是用于返回多个路径对象的生成器。

class Bio.KEGG.KGML.KGML_parser.KGMLParser(elem)

基类：object

将KGML XML Pathway条目解析为Pathway对象。

示例：读取和解析大型新陈代谢文件

>>> from Bio.KEGG.KGML.KGML_parser import read
>>> pathway = read(open('KEGG/ko01100.xml', 'r'))
>>> print(len(pathway.entries))
3628
>>> print(len(pathway.reactions))
1672
>>> print(len(pathway.maps))
149

>>> pathway = read(open('KEGG/ko00010.xml', 'r'))
>>> print(pathway) 
Pathway: Glycolysis / Gluconeogenesis
KEGG ID: path:ko00010
Image file: http://www.kegg.jp/kegg/pathway/ko/ko00010.png
Organism: ko
Entries: 99
Entry types:
    ortholog: 61
    compound: 31
    map: 7

__init__(elem)

初始化类。

parse()

解析输入元素。