Bio.Emsters.应用程序模块¶
与各种浮雕程序交互并运行的代码(已过时)。
这些类遵循用于运行程序的AbstractCommandline接口。
我们已经决定在将来删除此模块，建议您构建命令并直接通过子进程模块调用它。
- class Bio.Emboss.Applications.Primer3Commandline(cmd='eprimer3', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自浮雕的Primer3接口的CommandLine对象。
精确的支持参数集取决于您的浮雕版本。此版本接受EMBOSS 6.1.0中当前的参数：
>>> cline = Primer3Commandline(sequence="mysequence.fas", auto=True, hybridprobe=True) >>> cline.explainflag = True >>> cline.osizeopt=20 >>> cline.psizeopt=200 >>> cline.outfile = "myresults.out" >>> cline.bogusparameter = 1967 # Invalid parameter Traceback (most recent call last): ... ValueError: Option name bogusparameter was not found. >>> print(cline) eprimer3 -auto -outfile=myresults.out -sequence=mysequence.fas -hybridprobe=True -psizeopt=200 -osizeopt=20 -explainflag=True
- __init__(cmd='eprimer3', **kwargs)¶
初始化类。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property dnaconc¶
PCR中退火寡核苷酸的纳摩尔浓度。
这控制-dnaconc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property excludedregion¶
要从引物拾取中排除的区域。
这控制-excludedregion参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property explainflag¶
使用eprimer3统计信息生成输出标签
这控制-explainflag参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property forwardinput¶
要检查的正向引物的序列。
这控制-forwardinput参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property gcclamp¶
每个引物3‘处所需的G和C的数量。
这控制-gccalp参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property hybridprobe¶
找到要用作Hyb探针的内部寡核苷酸。
这将控制添加-Hybrid dProbe参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。
- property includedregion¶
要挑选引物的序列的子区域。
这控制-include dedregion参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property maxdifftm¶
正向和反向引物之间的最大熔化温度差。
这控制-maxfftm参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property maxgc¶
底漆的最大GC%。
这控制-maxgc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property maxmispriming¶
引物与-mispriminglibrary指定的文库中的序列的最大允许相似性
这控制-maxmispriming参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property maxpolyx¶
引物中允许的最大单核苷酸重复长度。
这控制-maxpolyx参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property maxsize¶
引物寡核苷酸的最大长度。
这控制-maxSize参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property maxtm¶
底漆低聚物的最高熔化温度。
这控制-maxtm参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property mingc¶
底漆的最低GC%。
这控制-mingc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property minsize¶
引物寡核苷酸的最小长度。
这控制-minsize参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property mintm¶
底漆低聚物的最低熔化温度。
这控制-mintm参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property mishyblibraryfile¶
序列库文件，以避免内部寡头杂交。
这控制-mishyblibraryfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property mispriminglibraryfile¶
包含序列文库的文件，以避免扩增
这控制-misprimingLibraryfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property numreturn¶
要返回的引物对的最大数量。
这控制-numreturn参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property oanyself¶
自互补的最大允许对齐分数。
这控制-oanyself参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property odnaconc¶
杂交过程中内寡核苷酸的纳摩尔浓度。
这控制-odnaconc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property oendself¶
最大3‘-锚定的自互补全局比对得分。
这控制-oendself参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property oexcludedregion¶
不要在这个地区挑选内部寡头。
这控制-oexcludedregion参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property ogcmax¶
内部寡头的最大GC%。
这控制-ogcmax参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property ogcmin¶
内部寡头的最小GC%。
这控制-ogcmin参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property ogcopt¶
内部寡聚的最佳GC%。
这控制-ogcopt参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property ogcpercent¶
底漆的最佳GC%。
这控制-ogcPercent参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property oligoinput¶
内部寡核苷酸的序列。
这将控制-opoloinput参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property omaxsize¶
内部寡头的最大长度。
这控制-omaxsize参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property ominsize¶
内部寡头的最小长度。
这控制-ominsize参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property omishybmax¶
将内部寡核苷酸杂交到由-mishyblibraryfile指定的库的最大对齐分数。
此选项控制-omishmbmax参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property opolyxmax¶
内部寡核苷酸中单核苷酸重复的最大长度。
这控制-opolyxmax参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property opttm¶
底漆低聚物的最佳熔融温度。
Emoss 6.6.0中添加了选项，取代了-OTM
这控制-opttm参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property osaltconc¶
杂交过程中含有毫摩尔浓度的盐。
这控制-osaltconc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property osize¶
引物寡核苷酸的最佳长度。
这控制-osize参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property osizeopt¶
内部寡头的最佳长度。
这控制-osizeopt参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property otm¶
底漆低聚物的熔化温度(废弃)。
EMBOSS 6.6.0中的选项被-opttm替换
这控制-OTM参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property otmmax¶
内部低聚物的最高熔化温度。
这控制-otmmax参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property otmmin¶
内部低聚物的最低熔融温度。
这控制-otmmin参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property otmopt¶
内低聚物的最佳熔融温度。
这控制-otmopt参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property prange¶
PCR产物的可接受长度范围。
这控制-Prange参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property psizeopt¶
PCR产物的最佳大小。
这控制-psizeopt参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property ptmmax¶
放大器的最高允许熔化温度。
这控制-ptmmax参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property ptmmin¶
扩增子的最低允许熔化温度。
这控制-ptmmin参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property ptmopt¶
PCR产物的最佳熔融温度。
这控制-ptmopt参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property reverseinput¶
要检查的反向引物序列。
这将控制-verse seinput参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property saltconc¶
PCR扩增中的毫摩尔盐浓度。
这控制-saltconc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property sequence¶
从中选择引物的序列。
这控制-Sequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property target¶
针对侧翼引物的靶序列。
这控制-target参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property task¶
告诉先行者3要执行什么任务。
这控制-task参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- class Bio.Emboss.Applications.PrimerSearchCommandline(cmd='primersearch', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自浮雕的primersearch程序的CommandLine对象。
- __init__(cmd='primersearch', **kwargs)¶
初始化类。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property infile¶
包含要搜索的引物对的文件。
这将控制-infile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property mismatchpercent¶
允许的不匹配百分比(任意整数值，默认值为0)。
这控制-mismatchPercent参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property seqall¶
要在其中查找引物对的序列。
这控制-seqall参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property snucleotide¶
序列是核苷酸(布尔值)
这控制-snucletic参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property sprotein¶
序列是蛋白质(布尔值)
这控制-sprotein参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- class Bio.Emboss.Applications.FDNADistCommandline(cmd='fdnadist', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自浮雕的fdnadist程序的命令行对象。
fdnadist是Phylip程序dnadist的浮雕包装器，用于从DNA序列文件计算距离矩阵。
- __init__(cmd='fdnadist', **kwargs)¶
初始化类。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property basefreq¶
指定基本请求
这控制-basefreq参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property categories¶
替代率类别档案
这控制-Categories参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property freqsfrom¶
使用经验基频
这控制-freqsfrom参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property gamma¶
伽马 [g，i，n]
这将控制-Gamma参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property gammacoefficient¶
Gamma值(>0.001)
这控制-GammacoEfficient参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property invarfrac¶
不变位点的比例
这控制-invarfrac参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property lower¶
下三角矩阵(y/N)
这控制-LOWER参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property method¶
潜艇。型号 [f，k，j，l，s]
这控制-method参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property ncategories¶
收费站数量(1-9个)
这将控制-n类别参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property rate¶
每个类别的费率
这控制-rate参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property sequence¶
要使用的SEQ文件(PHYLIP)
这控制-Sequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property ttratio¶
TS/TV比
这控制-ttratio参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property weights¶
权重文件
这将控制-weights参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- class Bio.Emboss.Applications.FTreeDistCommandline(cmd='ftreedist', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自浮雕的ftreedist程序的命令行对象。
ftreedist是Phylip程序treedist的浮雕包装器，用于计算系统树之间的距离。
- __init__(cmd='ftreedist', **kwargs)¶
初始化类。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property dtype¶
距离类型( [S] 公制的， [b] 牧场得分)
这控制-dtype参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property intreefile¶
要评分的树文件(Phylip)
这控制-intreefile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property noroot¶
把树当作扎根的 [N/y]
这控制-noroot参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property outgrno¶
用哪个分类单元生根(从0开始)
这控制-outgrno参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property pairing¶
树配对方法( [A] 邻接对，全部 [p] 可能的对)
这控制-pairing参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property style¶
输出样式- [V] 巴波斯， [f] 生病了， [s] 解析
这控制-style参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- class Bio.Emboss.Applications.FNeighborCommandline(cmd='fneighbor', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自浮雕的fneighbor程序的命令行对象。
fNeighbor是PHYLIP程序Neighbor的浮雕包装器，用于从距离矩阵计算邻居连接或UPGMA树。
- __init__(cmd='fneighbor', **kwargs)¶
初始化类。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property datafile¶
要使用的dist文件(Phylip)
这控制-datafile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property jumble¶
随机化输入顺序(Y/N)
这控制-JUMBLE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property matrixtype¶
是矩阵 [S] 方压 [u] PPER或 [l] 电源
这控制-matrixtype参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property outgrno¶
用作OG的分类单元
这控制-outgrno参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property outtreefile¶
输出树的文件名
这控制-outtreefile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property progress¶
打印进度(Y/N)
这控制-Progress参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property seed¶
提供随机种子
这控制-Seed参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property treeprint¶
打印树(Y/N)
这控制-treeprint参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property treetype¶
新泽西州或UPGMA诊断树(不适用)
这控制-treetype参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property trout¶
写入树(Y/N)
这将控制-trat参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- class Bio.Emboss.Applications.FSeqBootCommandline(cmd='fseqboot', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自浮雕的fseqboot程序的命令行对象。
fseqboot是用于伪样对齐文件的Phylip程序seqboot的浮雕包装器。
- __init__(cmd='fseqboot', **kwargs)¶
初始化类。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property blocksize¶
打印进度(Y/N)
这控制-block size参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property catergories¶
输入类别文件
这控制-Categories参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property dotdiff¶
使用点差分吗？ [Y/n]
这控制-dotdiff参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property fracsample¶
要重新采样的分数
这控制-frsample参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property jusweights¶
写出什么？ [D] 正义的象征 [w] 八号
这将控制-justweights参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property regular¶
要重采样的绝对数
这控制-Regular参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property reps¶
复制次数，默认为100)
这控制-reps参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property rewriteformat¶
输出格式( [P] 哈里普， [n] XIXS， [x] 毫升
这控制-rewriteformat参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property seed¶
指定随机种子
这控制-Seed参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property seqtype¶
输出格式( [D] 纳， [p] 轮状蛋白， [r] 北美
这控制-seqtype参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property sequence¶
要采样的SEQ文件(PHYLIP)
这控制-Sequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property test¶
指定操作，默认为引导
这控制-test参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property weights¶
权重文件
这将控制-weights参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- class Bio.Emboss.Applications.FDNAParsCommandline(cmd='fdnapars', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自浮雕的fdnapars程序的命令行对象。
fdnapars是PHYLIP程序dnapars的浮雕版本，用于使用parsiomny从DNA序列中估计树木。如果“-auto”未设置为true，则在不提供“-intreefile”选项的值的情况下调用此命令将调用“交互模式”(因此，如果使用子进程调用，则会失败)。
- __init__(cmd='fdnapars', **kwargs)¶
初始化类。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property dotdiff¶
使用点差分吗？ [Y/n]
这控制-dotdiff参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property intreefile¶
Phylip树文件
这控制-intreefile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property maxtrees¶
运行期间要保存的最大树
这控制-maxtree参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property njumble¶
随机输入顺序的次数(默认值为0)
这控制-njuble参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property outgrno¶
指定出组
这控制-outgrno参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property outtreefile¶
输出树的文件名
这控制-outtreefile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property rearrange¶
仅在1个最佳树上重新排列(Y/N)
这控制-rearrange参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property seed¶
提供随机种子
这控制-Seed参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property sequence¶
要使用的SEQ文件(PHYLIP)
这控制-Sequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property thorough¶
更全面的搜索(Y/N)
这将控制添加-throubled参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。
- property thresh¶
使用阈值简约(y/N)
这将控制-Thresh参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property threshold¶
阈值
这控制-Threshold参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property transversion¶
使用颠倒简约(y/N)
这控制-transversion参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property trout¶
将树写入文件(Y/N)
这将控制-trat参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property weights¶
权重文件
这将控制-weights参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- class Bio.Emboss.Applications.FProtParsCommandline(cmd='fprotpars', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自浮雕的fdnapars程序的命令行对象。
fprotpars是PHYLIP程序protpars的浮雕版本，用于使用parsiomny从蛋白质序列中估计树。如果“-auto”未设置为true，则在不提供“-intreefile”选项的值的情况下调用此命令将调用“交互模式”(因此，如果使用子进程调用，则会失败)。
- __init__(cmd='fprotpars', **kwargs)¶
初始化类。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property dotdiff¶
使用点差分吗？ [Y/n]
这控制-dotdiff参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property intreefile¶
要评分的Phylip树文件
这控制-intreefile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property njumble¶
随机输入顺序的次数(默认值为0)
这控制-njuble参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property outgrno¶
指定出组
这控制-outgrno参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property outtreefile¶
Phylip树输出文件
这控制-outtreefile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property seed¶
提供随机种子
这控制-Seed参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property sequence¶
要使用的SEQ文件(PHYLIP)
这控制-Sequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property thresh¶
使用阈值简约(y/N)
这将控制-Thresh参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property threshold¶
阈值
这控制-Threshold参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property trout¶
将树写入文件(Y/N)
这将控制-trat参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property weights¶
权重文件
这将控制-weights参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property whichcode¶
哪种遗传密码， [U、M、V、F、Y] ]
这控制-whichcode参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- class Bio.Emboss.Applications.FProtDistCommandline(cmd='fprotdist', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自浮雕的fprotdist程序的命令行对象。
fprotdist是Phylip程序protdist的浮雕包装器，用于使用简约从蛋白质序列估计树
- __init__(cmd='fprotdist', **kwargs)¶
初始化类。
- property aacateg¶
选择要使用的类别 [G、C、H]
这控制-aacateg参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property basefreq¶
DNA基频(空格分隔列表)
这控制-basefreq参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property catergories¶
差饷档案
这控制-catergories参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property ease¶
POB更改类别(在-0和1之间浮动)
这控制-ease参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property gamma¶
伽马 [g、i、c]
这将控制-Gamma参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property gammacoefficient¶
Gamma值(>0.001)
这控制-GammacoEfficient参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property invarcoefficient¶
站点间替代率变化的浮动
这将控制-invarcoature参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property method¶
潜艇。型号 [J，h，d，k，s，c]
这控制-method参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property ncategories¶
收费站数量(1-9个)
这将控制-n类别参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property rate¶
每个类别的费率
这控制-rate参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property sequence¶
要使用的SEQ文件(PHYLIP)
这控制-Sequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property ttratio¶
转换/转换比(0-1)
这控制-ttratio参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property weights¶
权重文件
这将控制-weights参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property whichcode¶
遗传密码 [c、m、v、f、y]
这控制-whichcode参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- class Bio.Emboss.Applications.FConsenseCommandline(cmd='fconsense', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自浮雕的fconsense程序的命令行对象。
fconsense是用于计算共识树的Phylip程序协议的浮雕包装器。
- __init__(cmd='fconsense', **kwargs)¶
初始化类。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property intreefile¶
用Phylip树归档以达成共识
这控制-intreefile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property method¶
一致意见法 [s，先生，mre，ml]
这控制-method参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property mlfrac¶
分支机构在一致意见中出现的截止频率(0.5-1.0)
这控制-mlfrac参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property outgrno¶
用作外组的OTU(从0开始)
这控制-outgrno参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property outtreefile¶
Phylip树输出文件(可选)
这控制-outtreefile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property root¶
将树视为有根(是，否)
这控制-root参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property trout¶
将树视为有根(是，否)
这将控制-trat参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- class Bio.Emboss.Applications.WaterCommandline(cmd='water', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自浮雕的水程序的命令行对象。
- __init__(cmd='water', **kwargs)¶
初始化类。
- property aformat¶
以不同的指定输出格式显示输出
这控制-aformat参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property asequence¶
第一个要比对的序列
这控制-asequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property brief¶
显示简短的身份和相似性
此属性控制-Brief开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property bsequence¶
要比对的第二个序列
这控制-bequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property datafile¶
矩阵文件
这控制-datafile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property gapextend¶
缺口延长处罚
这控制-gapadd参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property gapopen¶
空档罚球
这控制-gapopen参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property nobrief¶
显示扩展身份和相似性
此属性控制-noBrief开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property similarity¶
显示百分比身份和相似性
这控制-Simility参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property snucleotide¶
序列是核苷酸(布尔值)
这控制-snucletic参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property sprotein¶
序列是蛋白质(布尔值)
这控制-sprotein参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- class Bio.Emboss.Applications.NeedleCommandline(cmd='needle', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自浮雕的针程序的命令行对象。
- __init__(cmd='needle', **kwargs)¶
初始化类。
- property aformat¶
以不同的指定输出格式显示输出
这控制-aformat参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property asequence¶
第一个要比对的序列
这控制-asequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property brief¶
显示简短的身份和相似性
此属性控制-Brief开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property bsequence¶
要比对的第二个序列
这控制-bequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property datafile¶
矩阵文件
这控制-datafile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property endextend¶
为末端间隙中的每个底座或残留物加上末端间隙惩罚性的分数。
这控制-endexend参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property endopen¶
创建末端间隙时取走的分数。
这控制-endopen参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property endweight¶
适用处罚和差距处罚
这控制-endweight参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property gapextend¶
缺口延长处罚
这控制-gapadd参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property gapopen¶
空档罚球
这控制-gapopen参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property nobrief¶
显示扩展身份和相似性
此属性控制-noBrief开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property similarity¶
显示百分比身份和相似性
这控制-Simility参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property snucleotide¶
序列是核苷酸(布尔值)
这控制-snucletic参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property sprotein¶
序列是蛋白质(布尔值)
这控制-sprotein参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- class Bio.Emboss.Applications.NeedleallCommandline(cmd='needleall', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自浮雕的缝纫程序的命令行对象。
- __init__(cmd='needleall', **kwargs)¶
初始化类。
- property aformat¶
以不同的指定输出格式显示输出
这控制-aformat参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property asequence¶
第一个要比对的序列
这控制-asequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property brief¶
显示简短的身份和相似性
此属性控制-Brief开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property bsequence¶
要比对的第二个序列
这控制-bequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property datafile¶
矩阵文件
这控制-datafile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property endextend¶
为末端间隙中的每个底座或残留物加上末端间隙惩罚性的分数。
这控制-endexend参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property endopen¶
创建末端间隙时取走的分数。
这控制-endopen参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property endweight¶
适用处罚和差距处罚
这控制-endweight参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property errorfile¶
要写入的错误文件。
这控制-errorfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property gapextend¶
缺口延长处罚
这控制-gapadd参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property gapopen¶
空档罚球
这控制-gapopen参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property minscore¶
排除分数低于此阈值分数的路线。
这控制-mincore参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property nobrief¶
显示扩展身份和相似性
此属性控制-noBrief开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property similarity¶
显示百分比身份和相似性
这控制-Simility参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property snucleotide¶
序列是核苷酸(布尔值)
这控制-snucletic参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property sprotein¶
序列是蛋白质(布尔值)
这控制-sprotein参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- class Bio.Emboss.Applications.StretcherCommandline(cmd='stretcher', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自浮雕的担架程序的命令行对象。
- __init__(cmd='stretcher', **kwargs)¶
初始化类。
- property aformat¶
以不同的指定输出格式显示输出
这控制-aformat参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property asequence¶
第一个要比对的序列
这控制-asequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property bsequence¶
要比对的第二个序列
这控制-bequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property datafile¶
矩阵文件
这控制-datafile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property gapextend¶
缺口延长处罚
这控制-gapadd参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property gapopen¶
空档罚球
这控制-gapopen参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property snucleotide¶
序列是核苷酸(布尔值)
这控制-snucletic参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property sprotein¶
序列是蛋白质(布尔值)
这控制-sprotein参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- class Bio.Emboss.Applications.FuzznucCommandline(cmd='fuzznuc', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自浮雕的fuzznuc程序的命令行对象。
- __init__(cmd='fuzznuc', **kwargs)¶
初始化类。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property complement¶
搜索互补链
这控制-Complete参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property pattern¶
搜索模式，使用标准IUPAC单字母代码
这控制-Pattern参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property pmismatch¶
不匹配的数量
这控制-pmismatch参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property rformat¶
指定要输出的报告格式。
这控制-rformat参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property sequence¶
序列数据库使用情况
这控制-Sequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- class Bio.Emboss.Applications.FuzzproCommandline(cmd='fuzzpro', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自浮雕的fuzzpro程序的命令行对象。
- __init__(cmd='fuzzpro', **kwargs)¶
初始化类。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property pattern¶
搜索模式，使用标准IUPAC单字母代码
这控制-Pattern参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property pmismatch¶
不匹配的数量
这控制-pmismatch参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property rformat¶
指定要输出的报告格式。
这控制-rformat参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property sequence¶
序列数据库使用情况
这控制-Sequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- class Bio.Emboss.Applications.Est2GenomeCommandline(cmd='est2genome', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自Emoss的est2genome程序的CommandLine对象。
- __init__(cmd='est2genome', **kwargs)¶
初始化类。
- property align¶
显示对齐。
这控制-Align参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property best¶
您可以打印出所有的比较结果，而不仅仅是最好的比较结果
这控制-Best参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property est¶
EST序列
这控制-est参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property gappenalty¶
删除任一序列中单个碱基(不包括内含子)的成本
这将控制添加-gap罚金参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。
- property genome¶
基因组序列
这控制-基因组参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property intronpenalty¶
内含子的成本，与长度无关。
这将控制-IntronPenalty参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property match¶
匹配两个碱基的分数
这控制-Match参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property minscore¶
排除分数低于此阈值分数的路线。
这控制-mincore参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property mismatch¶
两个碱基不匹配的成本
这控制-Mismatch参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property mode¶
这决定了比较模式。‘Both’、‘Forward’或‘Reverse’
这控制-mode参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property reverse¶
反转EST序列的方向
这控制-Reverse参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property seed¶
随机数种子
这控制-Seed参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property shuffle¶
洗牌
这将控制-Shuffle参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property space¶
用于线性空间递归。
这控制-space参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property splice¶
使用供体和受体剪接位点。
这将控制-PLICE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property splicepenalty¶
内含子的成本，与长度无关，起始/终止于供体-受体位点
这将控制-plicepenalty参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property width¶
路线宽度
这控制-width参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- class Bio.Emboss.Applications.ETandemCommandline(cmd='etandem', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自浮雕的etandem程序的CommandLine对象。
- __init__(cmd='etandem', **kwargs)¶
初始化类。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property maxrepeat¶
最大重复大小
这控制-maxRepeat参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property minrepeat¶
最小重复大小
这控制-minRepeat参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property mismatch¶
允许N作为不匹配
这控制-Mismatch参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property rformat¶
输出报告格式
这控制-rformat参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property sequence¶
序列
这控制-Sequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property threshold¶
阈值分数
这控制-Threshold参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property uniform¶
允许统一的共识
这将控制-uniform参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- class Bio.Emboss.Applications.EInvertedCommandline(cmd='einverted', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自浮雕的eInverted程序的CommandLine对象。
- __init__(cmd='einverted', **kwargs)¶
初始化类。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property gap¶
缺口处罚
这控制-GAP参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property match¶
比赛比分
这控制-Match参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property maxrepeat¶
重复开始和结束之间的最大间隔
这控制-maxRepeat参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property mismatch¶
不匹配分数
这控制-Mismatch参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property sequence¶
序列
这控制-Sequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property threshold¶
最低得分阈值
这控制-Threshold参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- class Bio.Emboss.Applications.PalindromeCommandline(cmd='palindrome', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自浮雕的回文程序的命令行对象。
- __init__(cmd='palindrome', **kwargs)¶
初始化类。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property gaplimit¶
重复之间的最大间隔
这控制-gaplimit参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property maxpallen¶
最大回文长度
这控制-maxpallen参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property minpallen¶
最小回文长度
这控制-minpallen参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property nummismatches¶
允许的不匹配数量
这控制-nummismatches参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property overlap¶
报告重叠匹配
这将控制添加-Overlay参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。
- property sequence¶
序列
这控制-Sequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- class Bio.Emboss.Applications.TranalignCommandline(cmd='tranalign', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine从浮雕转换程序的命令行对象。
- __init__(cmd='tranalign', **kwargs)¶
初始化类。
- property asequence¶
待比对的核苷酸序列。
这控制-asequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property bsequence¶
蛋白质序列比对
这控制-bequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property outseq¶
输出序列文件。
这控制-outseq参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property table¶
要使用的代码
这控制-table参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- class Bio.Emboss.Applications.DiffseqCommandline(cmd='diffseq', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自浮雕的diffseq程序的CommandLine对象。
- __init__(cmd='diffseq', **kwargs)¶
初始化类。
- property aoutfeat¶
用于输出第一序列要素的文件
这控制-aoutfeat参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property asequence¶
要比较的第一个序列
这控制-asequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property boutfeat¶
用于输出第二序列要素的文件
这将控制-boutfeat参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property bsequence¶
要比较的第二个序列
这控制-bequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property rformat¶
输出报告文件格式
这控制-rformat参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property wordsize¶
用于比较的字长(默认值为10)
这控制-wordsize参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- class Bio.Emboss.Applications.IepCommandline(cmd='iep', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine浮雕IEP命令行：计算等电点和电荷。
示例
>>> from Bio.Emboss.Applications import IepCommandline >>> iep_cline = IepCommandline(sequence="proteins.faa", ... outfile="proteins.txt") >>> print(iep_cline) iep -outfile=proteins.txt -sequence=proteins.faa
通常使用iep_cline()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。
- __init__(cmd='iep', **kwargs)¶
初始化类。
- property amino¶
N端子的数量
整数0(默认值)或更大。
这将控制-amine参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property carboxyl¶
C端子的数量
整数0(默认值)或更大。
这控制-羧基参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property disulphides¶
二硫化桥的数量
整数0(默认值)或更大。
这控制-disulphides参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property lysinemodified¶
改性赖氨酸的数量
整数0(默认值)或更大。
这控制-lysinModified参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property notermini¶
排除(True)或包含(False)N和C端子的电荷。
这控制-noTeri参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property sequence¶
蛋白质序列文件名
这控制-Sequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- class Bio.Emboss.Applications.SeqretCommandline(cmd='seqret', **kwargs)¶
基类：
_EmbossMinimalCommandLine来自浮雕的Seqret程序的命令行对象。
此工具允许您在不同的序列文件格式之间进行相互转换(例如，GenBank到FASTA)。使用合适的中间文件格式将Biopython的Bio.SeqIO模块与Seqret相结合，可以允许您读/写更广泛的文件格式。
这个包装器目前只支持核心功能，像功能表(EMBOSS 6.1.0以后的版本)这样的东西还没有包括在内。
- __init__(cmd='seqret', **kwargs)¶
初始化类。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property osformat¶
输出序列格式(例如FASTA、GenBank)
这控制-osformat参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property outseq¶
输出序列文件。
这控制-outseq参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property sequence¶
输入序列文件名
这控制-Sequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property sformat¶
输入序列格式(例如FASTA、GenBank)
这控制-sformat参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- class Bio.Emboss.Applications.SeqmatchallCommandline(cmd='seqmatchall', **kwargs)¶
基类：
_EmbossCommandLine来自浮雕的seqmatchall程序的命令行对象。
例如：>cline=SeqmatchallCommandline(sequence=“opuntia.fasta”，outfile=“opuna.txt”)>cline.auto=True>cline.wordsize=18>cline.aformat=“Pair”>Print(Cline)seqmatchall-auto-outfile=opuna.txt-Sequence=opuna.fast-wordsize=18-aformat=Pair
- __init__(cmd='seqmatchall', **kwargs)¶
初始化类。
- property aformat¶
以不同的指定输出格式显示输出
这控制-aformat参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property auto¶
关闭提示。
自动模式禁用提示，因此我们建议您在从Biopython调用浮雕工具时始终设置此参数。
此属性控制-auto开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property debug¶
将调试输出写入Program.dbg。
此属性控制-debug开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property die¶
报告即将死亡的程序消息。
此属性控制-die开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property error¶
报告错误。
此属性控制-error开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property filter¶
读取标准输入，写入标准输出。
此属性控制-过滤开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property help¶
报告命令行选项。
有关关联限定符和一般限定符的更多信息，请访问-help-Verbose
此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property options¶
提示输入标准值和附加值。
如果要从Biopython中调用浮雕工具，我们不建议使用此选项。
此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property outfile¶
输出文件名
这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property sequence¶
一组可读的序列
这控制-Sequence参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。
- property stdout¶
编写标准输出。
此属性控制-stdout开关的添加，将此属性视为布尔值。
- property verbose¶
报告部分/完整命令行选项
此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property warning¶
报告警告。
此属性控制-Warning开关的添加，请将此属性视为布尔值。
- property wordsize¶
字长(整数2或更大，默认值为4)
这控制-wordsize参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。