Bio.Blast.NCBIWWW模块

通过互联网调用NCBI BLAST服务器的代码。

此模块提供使用NCBI提供的WWW版本的BLAST的代码。https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/

Bio.Blast.NCBIWWW.qblast(program, database, sequence, url_base=NCBI_BLAST_URL, auto_format=None, composition_based_statistics=None, db_genetic_code=None, endpoints=None, entrez_query='(none)', expect=10.0, filter=None, gapcosts=None, genetic_code=None, hitlist_size=50, i_thresh=None, layout=None, lcase_mask=None, matrix_name=None, nucl_penalty=None, nucl_reward=None, other_advanced=None, perc_ident=None, phi_pattern=None, query_file=None, query_believe_defline=None, query_from=None, query_to=None, searchsp_eff=None, service=None, threshold=None, ungapped_alignment=None, word_size=None, short_query=None, alignments=500, alignment_view=None, descriptions=500, entrez_links_new_window=None, expect_low=None, expect_high=None, format_entrez_query=None, format_object=None, format_type='XML', ncbi_gi=None, results_file=None, show_overview=None, megablast=None, template_type=None, template_length=None)

使用NCBI的QBLAST服务器或云服务提供商进行BLAST搜索。

PUT和GET支持旧QBLAST API的所有参数。

请注意,NCBI使用新的公共URLAPI在互联网(http://ncbi.github.io/blast-cloud/dev/api.html).上进行BLAST搜索因此,NCBI不(或不再)正式支持此函数使用的某些参数。虽然它们仍在运行,但这种情况未来可能会改变。

通用URLAPI(http://ncbi.github.io/blast-cloud/dev/api.html)允许在云服务器上进行BLAST搜索。要使用此功能,请设置 url_base='http://host.my.cloud.service.provider.com/cgi-bin/blast.cgi'format_object='Alignment' 。欲了解更多详情,请访问https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=CloudBlast

一些有用的参数:

  • Program blastn、blastp、blastx、tblastn或tblastx(小写)

  • 要搜索的数据库(例如“nr”)。

  • 对要搜索的序列进行排序。

  • ncbi_gi true/false是否提供‘gi’标识符。

  • 描述要显示的描述数。定义500。

  • 路线要显示的路线数。定义500。

  • 预期为期望值截止值。定义10.0。

  • 矩阵名称指定ALT。矩阵(PAM30、PAM70、BLOSUM80、BLOSUM45)。

  • 过滤“无”关闭过滤。默认无过滤

  • FORMAT_TYPE“HTML”、“Text”、“ASN.1”或“XML”。定义“XML”。

  • ENTERZ_QUERY Entrez查询以限制BLAST搜索

  • hitlist_size要返回的命中数。默认50

  • Megablast对/假是否使用Mega BLAST算法(仅限blastn)

  • SHORT_QUERY TRUE/FALSE是否调整

    短查询序列。请注意,这将覆盖手动设置的参数,如字大小和e值。当序列长度>30个残基时关闭。默认值:无。

  • 普通服务、psi、phi、rpsblast、巨型广播(小写)

此函数不检查参数的有效性,并按原样将值传递给服务器。有关更多帮助,请访问:https://ncbi.github.io/blast-cloud/dev/api.html