Bio.Blast.Applications模块¶

与BLAST相关应用程序交互的定义(废弃)。

新的NCBI BLAST+工具的包装器(用C++编写)：

NcbiblastpCommandline-Protein-Protein BLAST

NcbiblastnCommandline-核苷酸-核苷酸爆炸

Ncbiblastx命令行翻译查询-蛋白质主题BLAST

NcbitblastnCommandline-蛋白质查询-翻译主题BLAST

Ncbitblastx命令行转换查询-蛋白质主题BLAST

NcbipsiblastCommand特定位置启动的爆破

NcBirpsblastCommandline-反转位置特定爆破

NcBirpstblastnCommandline翻译的反转位置特定爆破

NcbiteltablastCommandline-Protein-Protein结构域增强查找时间加速BLAST

Ncbiblastformat命令行-将ASN.1转换为其他BLAST输出格式

NcbimakeblastdbCommandline-用于创建BLAST数据库的应用程序

有关更多详细信息，请参阅：

Camacho等人。BLAST+：架构与应用BMC生物信息学，2009年，10：421BMC https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-421

我们已经决定在将来删除此模块，建议您构建命令并直接通过子进程模块调用它。

class Bio.Blast.Applications.NcbiblastpCommandline(cmd='blastp', **kwargs)¶

基类：_NcbiblastMain2SeqCommandline

为NCBI BLAST+程序blastp(针对蛋白质)创建命令行。

随着BLAST+(BLAST用C++重写，而不是C)的发布，NCBI为每次搜索用单独的工具取代了旧的blastall工具。因此，此包装器将BlastallCommandline替换为选项-p blastp。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbiblastpCommandline
>>> cline = NcbiblastpCommandline(query="rosemary.pro", db="nr",
...                               evalue=0.001, remote=True, ungapped=True)
>>> cline
NcbiblastpCommandline(cmd='blastp', query='rosemary.pro', db='nr', evalue=0.001, remote=True, ungapped=True)
>>> print(cline)
blastp -query rosemary.pro -db nr -evalue 0.001 -remote -ungapped

通常使用cline()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='blastp', **kwargs)¶: 初始化类。

property best_hit_overhang¶

最佳命中算法悬浮值(浮点数，推荐值：0.1)

浮动在0.0和0.5之间(包括0.0和0.5)。与：CALLING_LIMIT不兼容。

这控制-BEST_HIT_OVERHANG参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property best_hit_score_edge¶

最佳命中算法分数边缘值(浮点数)。

浮动在0.0和0.5之间(包括0.0和0.5)。推荐值：0.1

与：CALLING_LIMIT不兼容。

这控制-Best_HIT_SCORE_EDGE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property comp_based_stats¶

使用基于合成的统计信息(字符串，默认值为2，即True)。

0、F或f：无基于合成的统计信息

2、T或t、D或d：基于组成的分数调整，如生物信息学21：902-911,2005，以序列属性为条件

请注意，tblastn还支持值1和3。

这控制-comp_based_stats参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property culling_limit¶

命中剔除限制(整数)。

如果命中的查询范围被至少这么多得分较高的命中的查询范围所包围，则删除该命中。

与：BEST_HIT_OVERHANG、BEST_HIT_SCORE_EDGE不兼容。

这控制-culling_Limit参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property db¶

要爆炸的数据库。

这控制-db参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property db_hard_mask¶

硬掩码的过滤算法(整数)。

过滤算法ID作为硬掩码应用于BLAST数据库。不兼容：DB_SOFT_MASK，SUBJECT，SUBJECT_LOC

这控制-db_hard_ask参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property db_soft_mask¶

软掩码的过滤算法(整数)。

过滤算法ID，作为软掩码应用于BLAST数据库。不兼容：DB_HARD_MASK，SUBJECT，SUBJECT_LOC

这控制-db_soft_ask参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property dbsize¶

数据库的有效长度(整数)。

这控制-dbsize参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property entrez_query¶

使用给定的Entrez查询限制搜索(需要远程)。

这控制-entrez_query参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property evalue¶

期望值截止。

这控制-eValue参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property export_search_strategy¶

用于记录使用的搜索策略的文件名。

不兼容：IMPORT_SEARCH_STARTICY

这控制-export_search_Strategy参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapextend¶

扩展差距的成本(整数)。

这控制-gapadd参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapopen¶

打开缺口的成本(整数)。

这控制-gapopen参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gilist¶

将数据库搜索限制为GI列表。

不兼容：Negative_gilist、seqidlist、Native_seqidlist、Remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

这控制-gilist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property h¶

打印用法和描述；忽略其他参数。

此属性控制-h开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help¶

打印用法、描述和参数说明；忽略其他参数。

此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。

property html¶

是否生成HTML输出？另请参阅outfmt选项。

此属性控制-html开关的添加，将此属性视为布尔值。

property import_search_strategy¶

要使用的搜索策略。

不兼容：EXPORT_SEARCH_STARTICY

这控制-import_search_Strategy参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property lcase_masking¶

是否在查询和主题序列中使用小写筛选？

此属性控制添加-lcase_mask开关，请将此属性视为布尔值。

property line_length¶

格式化路线的行长(整数，至少为1，默认值为60)。

不适用于outfmt>4。在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-line_length参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property matrix¶

评分矩阵名称(默认为BLOSUM62)。

这控制-Matrix参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps¶

设置每个主题序列保存的最大HSP数

Ddefault 0表示没有限制。

这控制-max_hsps参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps_per_subject¶

覆盖为未映射搜索保存的每个主题的最大HSP数(整数)。

这控制-max_hsps_per_SUBJECT参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_target_seqs¶

要保留的最大对齐序列数(整数，至少为1)。

这控制-max_target_seqs参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_gilist¶

将数据库搜索限制为除列出的GIS之外的所有内容。

不兼容：gilist、seqidlist、remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

这将控制-NADECTIVE_GILIST参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_seqidlist¶

将数据库搜索限制为除列出的Seqid之外的所有内容。

不兼容：gilist、seqidlist、remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

此选项控制-nsitive_seqidlist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_alignments¶

要显示其NUM_ALIGNATION的数据库序列数。

整数参数(至少为零)。默认值为200。另请参见NUM_ALIGNATIONS。

这控制-num_alignments参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_descriptions¶

要显示单行说明的数据库序列数。

整数参数(至少为零)。默认值为500。另请参见NUM_ALIGNATIONS。

这控制-num_description参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_threads¶

在BLAST搜索中使用的线程数。

整数，至少为1。默认值为1。不兼容：远程

这控制-num_threads参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property out¶

用于对齐的输出文件。

这控制-out参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outfmt¶

对齐视图。通常，整数0-14，但对于某些格式，可以将列命名为‘6qseqid sseqid’。XML输出使用5(与使用7表示XML的经典BLAST不同)。

这控制-outfmt参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_deflines¶

是否应该解析查询和主题偏转？

此属性控制-parse_deflines开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property qcov_hsp_perc¶

每个HSP的查询覆盖率百分比(浮点数，0到100)。

在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-qcov_hsp_perc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property query¶

要搜索的序列。

这控制-query参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property query_loc¶

查询序列上的位置(格式：START-STOP)。

这控制-query_loc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property remote¶

是否远程执行搜索？

不兼容：Gilist、Native_gilist、Subject_loc、Num_Threads.

此属性控制-Remote开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property searchsp¶

搜索空间的有效长度(整数)。

这控制-searchsp参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seg¶

带有seg(字符串)的过滤查询序列。

格式：“yes”、“Window locut hicut”或“no”禁用默认值为“12 2.2 2.5”

这控制-seg参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seqidlist¶

将数据库搜索限制为Seqid列表。

不兼容：Gilist、Negative_gilist、Remote、Subject、Subject_loc

这控制-seqidlist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property show_gis¶

用偏线显示NCBI GIS吗？

此属性控制-show_gis开关的添加，将此属性视为布尔值。

property soft_masking¶

将过滤位置作为软蒙版应用(布尔值，默认值=true)。

这将控制添加-soft_mask参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property subject¶

要搜索的主题序列。

不兼容：db、gilist、seqidlist、否定_gilist、否定_seqidlist、db_soft_ask、db_hard_ask

另请参见SUBJECT_LOC。

这控制-SUBJECT参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property subject_loc¶

主题序列上的位置(格式：START-STOP)。

与以下内容不兼容：db、gilist、seqidlist、否定_gilist、否定_seqidlist、db_soft_ask、db_hard_ask、remote。

另请参见主题。

这控制-SUBJECT_LOC参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sum_statistics¶

使用总和统计数据。

此属性控制-SUM_STATISTICS开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property sum_stats¶

使用总和统计信息(布尔值)。

在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-sum_stats参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property task¶

要执行的任务(字符串、blastp(默认值)、blastp-fast或blastp-Short)。

这控制-task参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property threshold¶

要添加到BLAST查找表的单词的最小分数(浮点数)。

这控制-Threshold参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property ungapped¶

是否仅执行未填充的对齐？

此属性控制-unaps开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property use_sw_tback¶

计算局部最优的Smith-Waterman路线？

此属性控制-use_sw_tback开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property version¶

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制-version开关的添加，将此属性视为布尔值。

property window_size¶

多次命中窗口大小，使用0指定1次命中算法(整数)。

这控制-window_size参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property word_size¶

查词器算法的字长。

整数。最少2。

这控制-word_size参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap¶

初步间隙延伸(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_ap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap_final¶

最终间隙对齐(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_ap_inal参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_ungap¶

未映射扩展(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_unap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Blast.Applications.NcbiblastnCommandline(cmd='blastn', **kwargs)¶

基类：_NcbiblastMain2SeqCommandline

NCBI BLAST+程序blastn的包装器(用于核苷酸)。

随着BLAST+(BLAST用C++重写，而不是C)的发布，NCBI为每次搜索用单独的工具取代了旧的blastall工具。因此，此包装器将BlastallCommandline替换为选项-p blastn。

例如，使用FASTA核苷酸文件“m_code.fast a”作为查询，在期望值为0.001的情况下对“nt”核苷酸数据库进行搜索，将输出保存到xml格式的文件中：

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbiblastnCommandline
>>> cline = NcbiblastnCommandline(query="m_cold.fasta", db="nt", strand="plus",
...                               evalue=0.001, out="m_cold.xml", outfmt=5)
>>> cline
NcbiblastnCommandline(cmd='blastn', out='m_cold.xml', outfmt=5, query='m_cold.fasta', db='nt', evalue=0.001, strand='plus')
>>> print(cline)
blastn -out m_cold.xml -outfmt 5 -query m_cold.fasta -db nt -evalue 0.001 -strand plus

通常使用cline()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='blastn', **kwargs)¶: 初始化类。

property best_hit_overhang¶

最佳命中算法悬浮值(浮点数，推荐值：0.1)

浮动在0.0和0.5之间(包括0.0和0.5)。与：CALLING_LIMIT不兼容。

这控制-BEST_HIT_OVERHANG参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property best_hit_score_edge¶

最佳命中算法分数边缘值(浮点数)。

浮动在0.0和0.5之间(包括0.0和0.5)。推荐值：0.1

与：CALLING_LIMIT不兼容。

这控制-Best_HIT_SCORE_EDGE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property culling_limit¶

命中剔除限制(整数)。

如果命中的查询范围被至少这么多得分较高的命中的查询范围所包围，则删除该命中。

与：BEST_HIT_OVERHANG、BEST_HIT_SCORE_EDGE不兼容。

这控制-culling_Limit参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property db¶

要爆炸的数据库。

这控制-db参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property db_hard_mask¶

硬掩码的过滤算法(整数)。

过滤算法ID作为硬掩码应用于BLAST数据库。不兼容：DB_SOFT_MASK，SUBJECT，SUBJECT_LOC

这控制-db_hard_ask参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property db_soft_mask¶

软掩码的过滤算法(整数)。

过滤算法ID，作为软掩码应用于BLAST数据库。不兼容：DB_HARD_MASK，SUBJECT，SUBJECT_LOC

这控制-db_soft_ask参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property dbsize¶

数据库的有效长度(整数)。

这控制-dbsize参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property dust¶

带有灰尘(字符串)的过滤查询序列。

格式：“yes”、“level window linker”或“no”以禁用。

默认值=‘20 64 1’。

这将控制-ust参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property entrez_query¶

使用给定的Entrez查询限制搜索(需要远程)。

这控制-entrez_query参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property evalue¶

期望值截止。

这控制-eValue参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property export_search_strategy¶

用于记录使用的搜索策略的文件名。

不兼容：IMPORT_SEARCH_STARTICY

这控制-export_search_Strategy参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property filtering_db¶

包含过滤元素(即重复)的BLAST数据库。

这将控制-filter_db参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapextend¶

扩展差距的成本(整数)。

这控制-gapadd参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapopen¶

打开缺口的成本(整数)。

这控制-gapopen参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gilist¶

将数据库搜索限制为GI列表。

不兼容：Negative_gilist、seqidlist、Native_seqidlist、Remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

这控制-gilist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property h¶

打印用法和描述；忽略其他参数。

此属性控制-h开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help¶

打印用法、描述和参数说明；忽略其他参数。

此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。

property html¶

是否生成HTML输出？另请参阅outfmt选项。

此属性控制-html开关的添加，将此属性视为布尔值。

property import_search_strategy¶

要使用的搜索策略。

不兼容：EXPORT_SEARCH_STARTICY

这控制-import_search_Strategy参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property index_name¶

巨型广播数据库索引名称。

这控制-index_name参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property lcase_masking¶

是否在查询和主题序列中使用小写筛选？

此属性控制添加-lcase_mask开关，请将此属性视为布尔值。

property line_length¶

格式化路线的行长(整数，至少为1，默认值为60)。

不适用于outfmt>4。在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-line_length参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps¶

设置每个主题序列保存的最大HSP数

Ddefault 0表示没有限制。

这控制-max_hsps参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps_per_subject¶

覆盖为未映射搜索保存的每个主题的最大HSP数(整数)。

这控制-max_hsps_per_SUBJECT参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_target_seqs¶

要保留的最大对齐序列数(整数，至少为1)。

这控制-max_target_seqs参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property min_raw_gapped_score¶

在初步差距和回溯阶段保持对齐的最小原始差距分数(整数)。

这控制-min_raw_gaped_core参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_gilist¶

将数据库搜索限制为除列出的GIS之外的所有内容。

不兼容：gilist、seqidlist、remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

这将控制-NADECTIVE_GILIST参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_seqidlist¶

将数据库搜索限制为除列出的Seqid之外的所有内容。

不兼容：gilist、seqidlist、remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

此选项控制-nsitive_seqidlist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property no_greedy¶

使用非贪婪动态编程扩展

此属性控制-NO_GREEDY开关的添加，将此属性视为布尔值。

property num_alignments¶

要显示其NUM_ALIGNATION的数据库序列数。

整数参数(至少为零)。默认值为200。另请参见NUM_ALIGNATIONS。

这控制-num_alignments参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_descriptions¶

要显示单行说明的数据库序列数。

整数参数(至少为零)。默认值为500。另请参见NUM_ALIGNATIONS。

这控制-num_description参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_threads¶

在BLAST搜索中使用的线程数。

整数，至少为1。默认值为1。不兼容：远程

这控制-num_threads参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property off_diagonal_range¶

搜索第二个命中的非对角线数(整数)。

需要正整数或0(默认值)来关闭。添加到BLAST 2.2.23+

此选项控制-off_对角_范围参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property out¶

用于对齐的输出文件。

这控制-out参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outfmt¶

对齐视图。通常，整数0-14，但对于某些格式，可以将列命名为‘6qseqid sseqid’。XML输出使用5(与使用7表示XML的经典BLAST不同)。

这控制-outfmt参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_deflines¶

是否应该解析查询和主题偏转？

此属性控制-parse_deflines开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property penalty¶

核苷酸不匹配的惩罚(整数，最多为零)。

这控制-PINDIT参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property perc_identity¶

百分比同一性(实数，0到100(包括0到100))。

这控制-perc_Identity参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property qcov_hsp_perc¶

每个HSP的查询覆盖率百分比(浮点数，0到100)。

在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-qcov_hsp_perc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property query¶

要搜索的序列。

这控制-query参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property query_loc¶

查询序列上的位置(格式：START-STOP)。

这控制-query_loc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property remote¶

是否远程执行搜索？

不兼容：Gilist、Native_gilist、Subject_loc、Num_Threads.

此属性控制-Remote开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property reward¶

核苷酸匹配的奖励(整数，至少为零)。

这控制-reward参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property searchsp¶

搜索空间的有效长度(整数)。

这控制-searchsp参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seqidlist¶

将数据库搜索限制为Seqid列表。

不兼容：Gilist、Negative_gilist、Remote、Subject、Subject_loc

这控制-seqidlist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property show_gis¶

用偏线显示NCBI GIS吗？

此属性控制-show_gis开关的添加，将此属性视为布尔值。

property soft_masking¶

将过滤位置作为软蒙版应用(布尔值，默认值=true)。

这将控制添加-soft_mask参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property strand¶

要根据数据库/主题进行搜索的查询链。

允许的值为“两者”(默认值)、“减号”、“加号”。

这控制-strand参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property subject¶

要搜索的主题序列。

不兼容：db、gilist、seqidlist、否定_gilist、否定_seqidlist、db_soft_ask、db_hard_ask

另请参见SUBJECT_LOC。

这控制-SUBJECT参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property subject_loc¶

主题序列上的位置(格式：START-STOP)。

与以下内容不兼容：db、gilist、seqidlist、否定_gilist、否定_seqidlist、db_soft_ask、db_hard_ask、remote。

另请参见主题。

这控制-SUBJECT_LOC参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sum_statistics¶

使用总和统计数据。

此属性控制-SUM_STATISTICS开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property sum_stats¶

使用总和统计信息(布尔值)。

在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-sum_stats参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property task¶

要执行的任务(字符串，默认为‘Megablast’)

允许的值为‘blastn’、‘blastn-Short’、‘DC-Megablast’、‘Megablast’(默认值)或‘Vector Screen’。

这控制-task参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property template_length¶

不连续的巨型广播模板长度(整数)。

允许值：16、18、21。

要求：TEMPLATE_TYPE。

这控制-template_length参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property template_type¶

不连续的巨型广播模板类型(字符串)。

允许值：‘CODING’、‘CODING_AND_OPTIME’或‘OPTIME’。要求：TEMPLATE_LENGTH。

这控制-template_type参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property ungapped¶

是否仅执行未填充的对齐？

此属性控制-unaps开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property use_index¶

使用巨型广播数据库索引(布尔值，默认值=FALSE)

这控制-use_index参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property version¶

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制-version开关的添加，将此属性视为布尔值。

property window_masker_db¶

使用此重复数据库(字符串)启用WindowMasker筛选。

这控制-window_masker_db参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property window_masker_taxid¶

使用分类ID(整数)启用WindowMasker筛选。

这控制添加-WINDOW_MASKER_TAXID参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property window_size¶

多次命中窗口大小，使用0指定1次命中算法(整数)。

这控制-window_size参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property word_size¶

查词器算法的字长。

整数。最少2。

这控制-word_size参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap¶

初步间隙延伸(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_ap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap_final¶

最终间隙对齐(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_ap_inal参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_ungap¶

未映射扩展(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_unap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Blast.Applications.NcbiblastxCommandline(cmd='blastx', **kwargs)¶

基类：_NcbiblastMain2SeqCommandline

NCBI BLAST+程序blastx的包装器(核苷酸查询，蛋白质数据库)。

随着BLAST+(BLAST用C++重写，而不是C)的发布，NCBI为每次搜索用单独的工具取代了旧的blastall工具。因此，此包装器将BlastallCommandline替换为选项-p blastx。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbiblastxCommandline
>>> cline = NcbiblastxCommandline(query="m_cold.fasta", db="nr", evalue=0.001)
>>> cline
NcbiblastxCommandline(cmd='blastx', query='m_cold.fasta', db='nr', evalue=0.001)
>>> print(cline)
blastx -query m_cold.fasta -db nr -evalue 0.001

通常使用cline()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='blastx', **kwargs)¶: 初始化类。

property best_hit_overhang¶

最佳命中算法悬浮值(浮点数，推荐值：0.1)

浮动在0.0和0.5之间(包括0.0和0.5)。与：CALLING_LIMIT不兼容。

这控制-BEST_HIT_OVERHANG参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property best_hit_score_edge¶

最佳命中算法分数边缘值(浮点数)。

浮动在0.0和0.5之间(包括0.0和0.5)。推荐值：0.1

与：CALLING_LIMIT不兼容。

这控制-Best_HIT_SCORE_EDGE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property comp_based_stats¶

对blastp、blastx或tblastn使用基于合成的统计信息。

d或d：默认值(相当于2)

0或F或f：无基于合成的统计信息

1：基于成分的统计数据，如NAR 29：2994-3005,2001

2或T或t：基于组成的分数调整，如生物信息学21：902-911,2005，以序列属性为条件

3：基于作文的分数调整，如“生物信息学”21：902-911,2005，无条件。

对于tblastn以外的程序，必须不存在或为D、F或0

默认值=2。

这控制-comp_based_stats参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property culling_limit¶

命中剔除限制(整数)。

如果命中的查询范围被至少这么多得分较高的命中的查询范围所包围，则删除该命中。

与：BEST_HIT_OVERHANG、BEST_HIT_SCORE_EDGE不兼容。

这控制-culling_Limit参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property db¶

要爆炸的数据库。

这控制-db参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property db_hard_mask¶

硬掩码的过滤算法(整数)。

过滤算法ID作为硬掩码应用于BLAST数据库。不兼容：DB_SOFT_MASK，SUBJECT，SUBJECT_LOC

这控制-db_hard_ask参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property db_soft_mask¶

软掩码的过滤算法(整数)。

过滤算法ID，作为软掩码应用于BLAST数据库。不兼容：DB_HARD_MASK，SUBJECT，SUBJECT_LOC

这控制-db_soft_ask参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property dbsize¶

数据库的有效长度(整数)。

这控制-dbsize参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property entrez_query¶

使用给定的Entrez查询限制搜索(需要远程)。

这控制-entrez_query参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property evalue¶

期望值截止。

这控制-eValue参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property export_search_strategy¶

用于记录使用的搜索策略的文件名。

不兼容：IMPORT_SEARCH_STARTICY

这控制-export_search_Strategy参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property frame_shift_penalty¶

帧移位损失(整数，至少1，默认忽略)(过时)。

这已在BLAST 2.2.27+中删除

此选项控制添加-frame_Shift_Payment参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gapextend¶

扩展差距的成本(整数)。

这控制-gapadd参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapopen¶

打开缺口的成本(整数)。

这控制-gapopen参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gilist¶

将数据库搜索限制为GI列表。

不兼容：Negative_gilist、seqidlist、Native_seqidlist、Remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

这控制-gilist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property h¶

打印用法和描述；忽略其他参数。

此属性控制-h开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help¶

打印用法、描述和参数说明；忽略其他参数。

此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。

property html¶

是否生成HTML输出？另请参阅outfmt选项。

此属性控制-html开关的添加，将此属性视为布尔值。

property import_search_strategy¶

要使用的搜索策略。

不兼容：EXPORT_SEARCH_STARTICY

这控制-import_search_Strategy参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property lcase_masking¶

是否在查询和主题序列中使用小写筛选？

此属性控制添加-lcase_mask开关，请将此属性视为布尔值。

property line_length¶

格式化路线的行长(整数，至少为1，默认值为60)。

不适用于outfmt>4。在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-line_length参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property matrix¶

评分矩阵名称(默认为BLOSUM62)。

这控制-Matrix参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps¶

设置每个主题序列保存的最大HSP数

Ddefault 0表示没有限制。

这控制-max_hsps参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps_per_subject¶

覆盖为未映射搜索保存的每个主题的最大HSP数(整数)。

这控制-max_hsps_per_SUBJECT参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_intron_length¶

最大内含子长度(整数)。

连接多个不同的比对时，翻译的核苷酸序列中允许的最大内含子的长度(负值禁用连接)。默认为零。

这控制-max_INTROON_LENGTH参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_target_seqs¶

要保留的最大对齐序列数(整数，至少为1)。

这控制-max_target_seqs参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_gilist¶

将数据库搜索限制为除列出的GIS之外的所有内容。

不兼容：gilist、seqidlist、remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

这将控制-NADECTIVE_GILIST参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_seqidlist¶

将数据库搜索限制为除列出的Seqid之外的所有内容。

不兼容：gilist、seqidlist、remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

此选项控制-nsitive_seqidlist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_alignments¶

要显示其NUM_ALIGNATION的数据库序列数。

整数参数(至少为零)。默认值为200。另请参见NUM_ALIGNATIONS。

这控制-num_alignments参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_descriptions¶

要显示单行说明的数据库序列数。

整数参数(至少为零)。默认值为500。另请参见NUM_ALIGNATIONS。

这控制-num_description参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_threads¶

在BLAST搜索中使用的线程数。

整数，至少为1。默认值为1。不兼容：远程

这控制-num_threads参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property out¶

用于对齐的输出文件。

这控制-out参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outfmt¶

对齐视图。通常，整数0-14，但对于某些格式，可以将列命名为‘6qseqid sseqid’。XML输出使用5(与使用7表示XML的经典BLAST不同)。

这控制-outfmt参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_deflines¶

是否应该解析查询和主题偏转？

此属性控制-parse_deflines开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property qcov_hsp_perc¶

每个HSP的查询覆盖率百分比(浮点数，0到100)。

在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-qcov_hsp_perc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property query¶

要搜索的序列。

这控制-query参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property query_gencode¶

用于转换查询的遗传代码(整数，默认值为1)。

这控制-QUERY_GENCODE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property query_loc¶

查询序列上的位置(格式：START-STOP)。

这控制-query_loc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property remote¶

是否远程执行搜索？

不兼容：Gilist、Native_gilist、Subject_loc、Num_Threads.

此属性控制-Remote开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property searchsp¶

搜索空间的有效长度(整数)。

这控制-searchsp参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seg¶

带有seg(字符串)的过滤查询序列。

格式：“yes”、“Window loCut hicut”或“no”表示禁用。默认值为“12 2.2 2.5”

这控制-seg参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seqidlist¶

将数据库搜索限制为Seqid列表。

不兼容：Gilist、Negative_gilist、Remote、Subject、Subject_loc

这控制-seqidlist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property show_gis¶

用偏线显示NCBI GIS吗？

此属性控制-show_gis开关的添加，将此属性视为布尔值。

property soft_masking¶

将过滤位置作为软蒙版应用(布尔值，默认值=true)。

这将控制添加-soft_mask参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property strand¶

要根据数据库/主题进行搜索的查询链。

允许的值为“两者”(默认值)、“减号”、“加号”。

这控制-strand参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property subject¶

要搜索的主题序列。

不兼容：db、gilist、seqidlist、否定_gilist、否定_seqidlist、db_soft_ask、db_hard_ask

另请参见SUBJECT_LOC。

这控制-SUBJECT参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property subject_loc¶

主题序列上的位置(格式：START-STOP)。

与以下内容不兼容：db、gilist、seqidlist、否定_gilist、否定_seqidlist、db_soft_ask、db_hard_ask、remote。

另请参见主题。

这控制-SUBJECT_LOC参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sum_statistics¶

使用总和统计数据。

此属性控制-SUM_STATISTICS开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property sum_stats¶

使用总和统计信息(布尔值)。

在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-sum_stats参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property task¶

要执行的任务(字符串、blastx(默认值)或blastx-fast)。

这控制-task参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property threshold¶

要添加到BLAST查找表的单词的最小分数(浮点数)。

这控制-Threshold参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property ungapped¶

是否仅执行未填充的对齐？

此属性控制-unaps开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property use_sw_tback¶

计算局部最优的Smith-Waterman路线？

此属性控制-use_sw_tback开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property version¶

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制-version开关的添加，将此属性视为布尔值。

property window_size¶

多次命中窗口大小，使用0指定1次命中算法(整数)。

这控制-window_size参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property word_size¶

查词器算法的字长。

整数。最少2。

这控制-word_size参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap¶

初步间隙延伸(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_ap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap_final¶

最终间隙对齐(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_ap_inal参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_ungap¶

未映射扩展(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_unap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Blast.Applications.NcbitblastnCommandline(cmd='tblastn', **kwargs)¶

基类：_NcbiblastMain2SeqCommandline

NCBI BLAST+程序tblastn的包装器。

随着BLAST+(BLAST用C++重写，而不是C)的发布，NCBI为每次搜索用单独的工具取代了旧的blastall工具。因此，此包装器将BlastallCommandline替换为选项-p tblastn。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbitblastnCommandline
>>> cline = NcbitblastnCommandline(help=True)
>>> cline
NcbitblastnCommandline(cmd='tblastn', help=True)
>>> print(cline)
tblastn -help

通常使用cline()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='tblastn', **kwargs)¶: 初始化类。

property best_hit_overhang¶

最佳命中算法悬浮值(浮点数，推荐值：0.1)

浮动在0.0和0.5之间(包括0.0和0.5)。与：CALLING_LIMIT不兼容。

这控制-BEST_HIT_OVERHANG参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property best_hit_score_edge¶

最佳命中算法分数边缘值(浮点数)。

浮动在0.0和0.5之间(包括0.0和0.5)。推荐值：0.1

与：CALLING_LIMIT不兼容。

这控制-Best_HIT_SCORE_EDGE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property comp_based_stats¶

使用基于合成的统计信息(字符串，默认值为2，即True)。

0、F或f：无基于合成的统计信息

1：基于成分的统计数据，如NAR 29：2994-3005,2001

2、T或t、D或d：基于组成的分数调整，如生物信息学21：902-911,2005，以序列属性为条件

3：基于作文的分数调整，如《生物信息学》21：902-911,2005，无条件

请注意，只有tblastn支持值1和3。

这控制-comp_based_stats参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property culling_limit¶

命中剔除限制(整数)。

如果命中的查询范围被至少这么多得分较高的命中的查询范围所包围，则删除该命中。

与：BEST_HIT_OVERHANG、BEST_HIT_SCORE_EDGE不兼容。

这控制-culling_Limit参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property db¶

要爆炸的数据库。

这控制-db参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property db_gencode¶

用于转换查询的遗传代码(整数，默认值为1)。

这控制-db_GENCODE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property db_hard_mask¶

硬掩码的过滤算法(整数)。

过滤算法ID作为硬掩码应用于BLAST数据库。不兼容：DB_SOFT_MASK，SUBJECT，SUBJECT_LOC

这控制-db_hard_ask参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property db_soft_mask¶

软掩码的过滤算法(整数)。

过滤算法ID，作为软掩码应用于BLAST数据库。不兼容：DB_HARD_MASK，SUBJECT，SUBJECT_LOC

这控制-db_soft_ask参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property dbsize¶

数据库的有效长度(整数)。

这控制-dbsize参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property entrez_query¶

使用给定的Entrez查询限制搜索(需要远程)。

这控制-entrez_query参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property evalue¶

期望值截止。

这控制-eValue参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property export_search_strategy¶

用于记录使用的搜索策略的文件名。

不兼容：IMPORT_SEARCH_STARTICY

这控制-export_search_Strategy参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property frame_shift_penalty¶

帧移位损失(整数，至少1，默认忽略)(过时)。

这已在BLAST 2.2.27+中删除

此选项控制添加-frame_Shift_Payment参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property gapextend¶

扩展差距的成本(整数)。

这控制-gapadd参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapopen¶

打开缺口的成本(整数)。

这控制-gapopen参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gilist¶

将数据库搜索限制为GI列表。

不兼容：Negative_gilist、seqidlist、Native_seqidlist、Remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

这控制-gilist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property h¶

打印用法和描述；忽略其他参数。

此属性控制-h开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help¶

打印用法、描述和参数说明；忽略其他参数。

此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。

property html¶

是否生成HTML输出？另请参阅outfmt选项。

此属性控制-html开关的添加，将此属性视为布尔值。

property import_search_strategy¶

要使用的搜索策略。

不兼容：EXPORT_SEARCH_STARTICY

这控制-import_search_Strategy参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property in_pssm¶

PSI-BLAST检查点文件。

不兼容：远程，查询

这控制-in_pssm参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property lcase_masking¶

是否在查询和主题序列中使用小写筛选？

此属性控制添加-lcase_mask开关，请将此属性视为布尔值。

property line_length¶

格式化路线的行长(整数，至少为1，默认值为60)。

不适用于outfmt>4。在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-line_length参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property matrix¶

评分矩阵名称(默认为BLOSUM62)。

这控制-Matrix参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps¶

设置每个主题序列保存的最大HSP数

Ddefault 0表示没有限制。

这控制-max_hsps参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps_per_subject¶

覆盖为未映射搜索保存的每个主题的最大HSP数(整数)。

这控制-max_hsps_per_SUBJECT参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_intron_length¶

最大内含子长度(整数)。

连接多个不同的比对时，翻译的核苷酸序列中允许的最大内含子的长度(负值禁用连接)。默认为零。

这控制-max_INTROON_LENGTH参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_target_seqs¶

要保留的最大对齐序列数(整数，至少为1)。

这控制-max_target_seqs参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_gilist¶

将数据库搜索限制为除列出的GIS之外的所有内容。

不兼容：gilist、seqidlist、remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

这将控制-NADECTIVE_GILIST参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_seqidlist¶

将数据库搜索限制为除列出的Seqid之外的所有内容。

不兼容：gilist、seqidlist、remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

此选项控制-nsitive_seqidlist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_alignments¶

要显示其NUM_ALIGNATION的数据库序列数。

整数参数(至少为零)。默认值为200。另请参见NUM_ALIGNATIONS。

这控制-num_alignments参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_descriptions¶

要显示单行说明的数据库序列数。

整数参数(至少为零)。默认值为500。另请参见NUM_ALIGNATIONS。

这控制-num_description参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_threads¶

在BLAST搜索中使用的线程数。

整数，至少为1。默认值为1。不兼容：远程

这控制-num_threads参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property out¶

用于对齐的输出文件。

这控制-out参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outfmt¶

对齐视图。通常，整数0-14，但对于某些格式，可以将列命名为‘6qseqid sseqid’。XML输出使用5(与使用7表示XML的经典BLAST不同)。

这控制-outfmt参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_deflines¶

是否应该解析查询和主题偏转？

此属性控制-parse_deflines开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property qcov_hsp_perc¶

每个HSP的查询覆盖率百分比(浮点数，0到100)。

在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-qcov_hsp_perc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property query¶

要搜索的序列。

这控制-query参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property query_loc¶

查询序列上的位置(格式：START-STOP)。

这控制-query_loc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property remote¶

是否远程执行搜索？

不兼容：Gilist、Native_gilist、Subject_loc、Num_Threads.

此属性控制-Remote开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property searchsp¶

搜索空间的有效长度(整数)。

这控制-searchsp参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seg¶

带有seg(字符串)的过滤查询序列。

格式：“YES”、“WINDOW LOCUT HICUT”或“NO”以禁用。

默认值为“12 2.2 2.5”

这控制-seg参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seqidlist¶

将数据库搜索限制为Seqid列表。

不兼容：Gilist、Negative_gilist、Remote、Subject、Subject_loc

这控制-seqidlist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property show_gis¶

用偏线显示NCBI GIS吗？

此属性控制-show_gis开关的添加，将此属性视为布尔值。

property soft_masking¶

将过滤位置作为软蒙版应用(布尔值，默认值=true)。

这将控制添加-soft_mask参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property subject¶

要搜索的主题序列。

不兼容：db、gilist、seqidlist、否定_gilist、否定_seqidlist、db_soft_ask、db_hard_ask

另请参见SUBJECT_LOC。

这控制-SUBJECT参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property subject_loc¶

主题序列上的位置(格式：START-STOP)。

与以下内容不兼容：db、gilist、seqidlist、否定_gilist、否定_seqidlist、db_soft_ask、db_hard_ask、remote。

另请参见主题。

这控制-SUBJECT_LOC参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sum_statistics¶

使用总和统计数据。

此属性控制-SUM_STATISTICS开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property sum_stats¶

使用总和统计信息(布尔值)。

在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-sum_stats参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property task¶

要执行的任务(字符串、tblastn(默认值)或tblastn-fast)。

这控制-task参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property threshold¶

要添加到BLAST查找表的单词的最小分数(浮点数)。

这控制-Threshold参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property ungapped¶

是否仅执行未填充的对齐？

此属性控制-unaps开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property use_sw_tback¶

计算局部最优的Smith-Waterman路线？

此属性控制-use_sw_tback开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property version¶

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制-version开关的添加，将此属性视为布尔值。

property window_size¶

多次命中窗口大小，使用0指定1次命中算法(整数)。

这控制-window_size参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property word_size¶

查词器算法的字长。

整数。最少2。

这控制-word_size参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap¶

初步间隙延伸(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_ap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap_final¶

最终间隙对齐(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_ap_inal参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_ungap¶

未映射扩展(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_unap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Blast.Applications.NcbitblastxCommandline(cmd='tblastx', **kwargs)¶

基类：_NcbiblastMain2SeqCommandline

NCBI BLAST+程序tblastx的包装器。

随着BLAST+(BLAST用C++重写，而不是C)的发布，NCBI为每次搜索用单独的工具取代了旧的blastall工具。因此，此包装器将BlastallCommandline替换为选项-p tblastx。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbitblastxCommandline
>>> cline = NcbitblastxCommandline(help=True)
>>> cline
NcbitblastxCommandline(cmd='tblastx', help=True)
>>> print(cline)
tblastx -help

通常使用cline()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='tblastx', **kwargs)¶: 初始化类。

property best_hit_overhang¶

最佳命中算法悬浮值(浮点数，推荐值：0.1)

浮动在0.0和0.5之间(包括0.0和0.5)。与：CALLING_LIMIT不兼容。

这控制-BEST_HIT_OVERHANG参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property best_hit_score_edge¶

最佳命中算法分数边缘值(浮点数)。

浮动在0.0和0.5之间(包括0.0和0.5)。推荐值：0.1

与：CALLING_LIMIT不兼容。

这控制-Best_HIT_SCORE_EDGE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property culling_limit¶

命中剔除限制(整数)。

如果命中的查询范围被至少这么多得分较高的命中的查询范围所包围，则删除该命中。

与：BEST_HIT_OVERHANG、BEST_HIT_SCORE_EDGE不兼容。

这控制-culling_Limit参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property db¶

要爆炸的数据库。

这控制-db参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property db_gencode¶

用于转换查询的遗传代码(整数，默认值为1)。

这控制-db_GENCODE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property db_hard_mask¶

硬掩码的过滤算法(整数)。

过滤算法ID作为硬掩码应用于BLAST数据库。不兼容：DB_SOFT_MASK，SUBJECT，SUBJECT_LOC

这控制-db_hard_ask参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property db_soft_mask¶

软掩码的过滤算法(整数)。

过滤算法ID，作为软掩码应用于BLAST数据库。不兼容：DB_HARD_MASK，SUBJECT，SUBJECT_LOC

这控制-db_soft_ask参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property dbsize¶

数据库的有效长度(整数)。

这控制-dbsize参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property entrez_query¶

使用给定的Entrez查询限制搜索(需要远程)。

这控制-entrez_query参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property evalue¶

期望值截止。

这控制-eValue参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property export_search_strategy¶

用于记录使用的搜索策略的文件名。

不兼容：IMPORT_SEARCH_STARTICY

这控制-export_search_Strategy参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapextend¶

扩展差距的成本(整数)。

这控制-gapadd参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapopen¶

打开缺口的成本(整数)。

这控制-gapopen参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gilist¶

将数据库搜索限制为GI列表。

不兼容：Negative_gilist、seqidlist、Native_seqidlist、Remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

这控制-gilist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property h¶

打印用法和描述；忽略其他参数。

此属性控制-h开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help¶

打印用法、描述和参数说明；忽略其他参数。

此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。

property html¶

是否生成HTML输出？另请参阅outfmt选项。

此属性控制-html开关的添加，将此属性视为布尔值。

property import_search_strategy¶

要使用的搜索策略。

不兼容：EXPORT_SEARCH_STARTICY

这控制-import_search_Strategy参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property lcase_masking¶

是否在查询和主题序列中使用小写筛选？

此属性控制添加-lcase_mask开关，请将此属性视为布尔值。

property line_length¶

格式化路线的行长(整数，至少为1，默认值为60)。

不适用于outfmt>4。在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-line_length参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property matrix¶

评分矩阵名称(默认为BLOSUM62)。

这控制-Matrix参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps¶

设置每个主题序列保存的最大HSP数

Ddefault 0表示没有限制。

这控制-max_hsps参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps_per_subject¶

覆盖为未映射搜索保存的每个主题的最大HSP数(整数)。

这控制-max_hsps_per_SUBJECT参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_intron_length¶

最大内含子长度(整数)。

连接多个不同的比对时，翻译的核苷酸序列中允许的最大内含子的长度(负值禁用连接)。默认为零。

这控制-max_INTROON_LENGTH参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_target_seqs¶

要保留的最大对齐序列数(整数，至少为1)。

这控制-max_target_seqs参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_gilist¶

将数据库搜索限制为除列出的GIS之外的所有内容。

不兼容：gilist、seqidlist、remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

这将控制-NADECTIVE_GILIST参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_seqidlist¶

将数据库搜索限制为除列出的Seqid之外的所有内容。

不兼容：gilist、seqidlist、remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

此选项控制-nsitive_seqidlist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_alignments¶

要显示其NUM_ALIGNATION的数据库序列数。

整数参数(至少为零)。默认值为200。另请参见NUM_ALIGNATIONS。

这控制-num_alignments参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_descriptions¶

要显示单行说明的数据库序列数。

整数参数(至少为零)。默认值为500。另请参见NUM_ALIGNATIONS。

这控制-num_description参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_threads¶

在BLAST搜索中使用的线程数。

整数，至少为1。默认值为1。不兼容：远程

这控制-num_threads参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property out¶

用于对齐的输出文件。

这控制-out参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outfmt¶

对齐视图。通常，整数0-14，但对于某些格式，可以将列命名为‘6qseqid sseqid’。XML输出使用5(与使用7表示XML的经典BLAST不同)。

这控制-outfmt参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_deflines¶

是否应该解析查询和主题偏转？

此属性控制-parse_deflines开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property qcov_hsp_perc¶

每个HSP的查询覆盖率百分比(浮点数，0到100)。

在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-qcov_hsp_perc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property query¶

要搜索的序列。

这控制-query参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property query_gencode¶

用于转换查询的遗传代码(整数，默认值为1)。

这控制-QUERY_GENCODE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property query_loc¶

查询序列上的位置(格式：START-STOP)。

这控制-query_loc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property remote¶

是否远程执行搜索？

不兼容：Gilist、Native_gilist、Subject_loc、Num_Threads.

此属性控制-Remote开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property searchsp¶

搜索空间的有效长度(整数)。

这控制-searchsp参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seg¶

带有seg(字符串)的过滤查询序列。

格式：“YES”、“WINDOW LOCUT HICUT”或“NO”以禁用。

默认值为“12 2.2 2.5”

这控制-seg参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seqidlist¶

将数据库搜索限制为Seqid列表。

不兼容：Gilist、Negative_gilist、Remote、Subject、Subject_loc

这控制-seqidlist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property show_gis¶

用偏线显示NCBI GIS吗？

此属性控制-show_gis开关的添加，将此属性视为布尔值。

property soft_masking¶

将过滤位置作为软蒙版应用(布尔值，默认值=true)。

这将控制添加-soft_mask参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property strand¶

要根据数据库/主题进行搜索的查询链。

允许的值为“两者”(默认值)、“减号”、“加号”。

这控制-strand参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property subject¶

要搜索的主题序列。

不兼容：db、gilist、seqidlist、否定_gilist、否定_seqidlist、db_soft_ask、db_hard_ask

另请参见SUBJECT_LOC。

这控制-SUBJECT参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property subject_loc¶

主题序列上的位置(格式：START-STOP)。

与以下内容不兼容：db、gilist、seqidlist、否定_gilist、否定_seqidlist、db_soft_ask、db_hard_ask、remote。

另请参见主题。

这控制-SUBJECT_LOC参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sum_statistics¶

使用总和统计数据。

此属性控制-SUM_STATISTICS开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property sum_stats¶

使用总和统计信息(布尔值)。

在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-sum_stats参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property threshold¶

要添加到BLAST查找表的单词的最小分数(浮点数)。

这控制-Threshold参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property version¶

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制-version开关的添加，将此属性视为布尔值。

property window_size¶

多次命中窗口大小，使用0指定1次命中算法(整数)。

这控制-window_size参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property word_size¶

查词器算法的字长。

整数。最少2。

这控制-word_size参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap¶

初步间隙延伸(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_ap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap_final¶

最终间隙对齐(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_ap_inal参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_ungap¶

未映射扩展(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_unap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Blast.Applications.NcbipsiblastCommandline(cmd='psiblast', **kwargs)¶

基类：_Ncbiblast2SeqCommandline

NCBI BLAST+程序PsiBLAST的包装器。

随着BLAST+(BLAST用C++而不是C重写)的发布，NCBI用类似的工具psiblast取代了旧的blastpgp工具。因此，该包装器取代了BlastpgpCommandline，BlastpgpCommandline是blastpgp的包装器。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbipsiblastCommandline
>>> cline = NcbipsiblastCommandline(help=True)
>>> cline
NcbipsiblastCommandline(cmd='psiblast', help=True)
>>> print(cline)
psiblast -help

通常使用cline()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='psiblast', **kwargs)¶: 初始化类。

property best_hit_overhang¶

最佳命中算法悬浮值(浮点数，推荐值：0.1)

浮动在0.0和0.5之间(包括0.0和0.5)。与：CALLING_LIMIT不兼容。

这控制-BEST_HIT_OVERHANG参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property best_hit_score_edge¶

最佳命中算法分数边缘值(浮点数)。

浮动在0.0和0.5之间(包括0.0和0.5)。推荐值：0.1

与：CALLING_LIMIT不兼容。

这控制-Best_HIT_SCORE_EDGE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property comp_based_stats¶

使用基于合成的统计信息(字符串，默认值为2，即True)。

0、F或f：无基于合成的统计信息

2、T或t、D或d：基于组成的分数调整，如生物信息学21：902-911,2005，以序列属性为条件

请注意，tblastn还支持值1和3。

这控制-comp_based_stats参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property culling_limit¶

命中剔除限制(整数)。

如果命中的查询范围被至少这么多得分较高的命中的查询范围所包围，则删除该命中。

与：BEST_HIT_OVERHANG、BEST_HIT_SCORE_EDGE不兼容。

这控制-culling_Limit参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property db¶

要爆炸的数据库。

这控制-db参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property dbsize¶

数据库的有效长度(整数)。

这控制-dbsize参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property entrez_query¶

使用给定的Entrez查询限制搜索(需要远程)。

这控制-entrez_query参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property evalue¶

期望值截止。

这控制-eValue参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property export_search_strategy¶

用于记录使用的搜索策略的文件名。

不兼容：IMPORT_SEARCH_STARTICY

这控制-export_search_Strategy参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gap_trigger¶

触发间隔的位数(浮点数，默认值为22)。

这控制-GAP_TRIGGER参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapextend¶

扩展差距的成本(整数)。

这控制-gapadd参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapopen¶

打开缺口的成本(整数)。

这控制-gapopen参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gilist¶

将数据库搜索限制为GI列表。

不兼容：Negative_gilist、seqidlist、Native_seqidlist、Remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

这控制-gilist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property h¶

打印用法和描述；忽略其他参数。

此属性控制-h开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help¶

打印用法、描述和参数说明；忽略其他参数。

此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。

property html¶

是否生成HTML输出？另请参阅outfmt选项。

此属性控制-html开关的添加，将此属性视为布尔值。

property ignore_msa_master¶

创建PSSM时忽略主序列。

要求：in_msa不兼容：msa_master_idx，in_pssm，query，query_loc，phi_pattern

此属性控制-IGNORE_MSA_MASTER开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property import_search_strategy¶

要使用的搜索策略。

不兼容：EXPORT_SEARCH_STARTICY

这控制-import_search_Strategy参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property in_msa¶

重新启动PSI-BLAST的多序列比对的文件名。

不兼容：in_pssm，查询

这控制-in_msa参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property in_pssm¶

PSI-BLAST检查点文件。

不兼容：In_MSA，Query，Phi_Pattern

这控制-in_pssm参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property inclusion_ethresh¶

成对比对的E值包含阈值(浮点型，默认值为0.002)。

这控制-include_ethresh参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property lcase_masking¶

是否在查询和主题序列中使用小写筛选？

此属性控制添加-lcase_mask开关，请将此属性视为布尔值。

property line_length¶

格式化路线的行长(整数，至少为1，默认值为60)。

不适用于outfmt>4。在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-line_length参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property matrix¶

评分矩阵名称(默认为BLOSUM62)。

这控制-Matrix参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps¶

设置每个主题序列保存的最大HSP数

Ddefault 0表示没有限制。

这控制-max_hsps参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps_per_subject¶

覆盖为未映射搜索保存的每个主题的最大HSP数(整数)。

这控制-max_hsps_per_SUBJECT参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_target_seqs¶

要保留的最大对齐序列数(整数，至少为1)。

这控制-max_target_seqs参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property msa_master_idx¶

在MSA中用作主序列的序列索引。

在多序列比对中用作主序列的序列索引(从1开始)。如果未指定，则使用第一个序列。

这控制-MSA_MASTER_IDX参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_gilist¶

将数据库搜索限制为除列出的GIS之外的所有内容。

不兼容：gilist、seqidlist、remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

这将控制-NADECTIVE_GILIST参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_seqidlist¶

将数据库搜索限制为除列出的Seqid之外的所有内容。

不兼容：gilist、seqidlist、remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

此选项控制-nsitive_seqidlist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_alignments¶

要显示其NUM_ALIGNATION的数据库序列数。

整数参数(至少为零)。默认值为200。另请参见NUM_ALIGNATIONS。

这控制-num_alignments参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_descriptions¶

要显示单行说明的数据库序列数。

整数参数(至少为零)。默认值为500。另请参见NUM_ALIGNATIONS。

这控制-num_description参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_iterations¶

要执行的迭代次数(整数，至少为1)。

默认值为1。不兼容：远程

这控制-num_iterations参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_threads¶

在BLAST搜索中使用的线程数。

整数，至少为1。默认值为1。不兼容：远程

这控制-num_threads参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property out¶

用于对齐的输出文件。

这控制-out参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property out_ascii_pssm¶

存储PSSM的ASCII版本的文件名。

这控制-out_ascii_pssm参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property out_pssm¶

要存储检查点文件的文件名。

这控制-out_pssm参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outfmt¶

对齐视图。通常，整数0-14，但对于某些格式，可以将列命名为‘6qseqid sseqid’。XML输出使用5(与使用7表示XML的经典BLAST不同)。

这控制-outfmt参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_deflines¶

是否应该解析查询和主题偏转？

此属性控制-parse_deflines开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property phi_pattern¶

包含要搜索的模式的文件名。

不兼容：in_pssm

这控制-phi_pattern参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property pseudocount¶

构建PSSM时使用的伪计数值。

整数。默认值为零。

这将控制-seudocount参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property qcov_hsp_perc¶

每个HSP的查询覆盖率百分比(浮点数，0到100)。

在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-qcov_hsp_perc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property query¶

要搜索的序列。

这控制-query参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property query_loc¶

查询序列上的位置(格式：START-STOP)。

这控制-query_loc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property remote¶

是否远程执行搜索？

不兼容：Gilist、Native_gilist、Subject_loc、Num_Threads.

此属性控制-Remote开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property save_each_pssm¶

每次迭代后保存PSSM

文件名在-save_pssm或-save_ascii_pssm选项中提供。

此属性控制-save_each_pssm开关的添加，将此属性视为布尔值。

property save_pssm_after_last_round¶

在上次数据库搜索后保存PSSM。

此属性控制-save_pssm_After_last_round开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property searchsp¶

搜索空间的有效长度(整数)。

这控制-searchsp参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seg¶

带有seg(字符串)的过滤查询序列。

格式：“YES”、“WINDOW LOCUT HICUT”或“NO”以禁用。默认值为“12 2.2 2.5”

这控制-seg参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seqidlist¶

将数据库搜索限制为Seqid列表。

不兼容：Gilist、Negative_gilist、Remote、Subject、Subject_loc

这控制-seqidlist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property show_gis¶

用偏线显示NCBI GIS吗？

此属性控制-show_gis开关的添加，将此属性视为布尔值。

property soft_masking¶

将过滤位置作为软蒙版应用(布尔值，默认值=true)。

这将控制添加-soft_mask参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property subject¶

要搜索的主题序列。

不兼容：db、gilist、seqidlist、否定_gilist、否定_seqidlist、db_soft_ask、db_hard_ask

另请参见SUBJECT_LOC。

这控制-SUBJECT参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property subject_loc¶

主题序列上的位置(格式：START-STOP)。

与以下内容不兼容：db、gilist、seqidlist、否定_gilist、否定_seqidlist、db_soft_ask、db_hard_ask、remote。

另请参见主题。

这控制-SUBJECT_LOC参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sum_statistics¶

使用总和统计数据。

此属性控制-SUM_STATISTICS开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property sum_stats¶

使用总和统计信息(布尔值)。

在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-sum_stats参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property threshold¶

要添加到BLAST查找表的单词的最小分数(浮点数)。

这控制-Threshold参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property use_sw_tback¶

计算局部最优的Smith-Waterman路线？

此属性控制-use_sw_tback开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property version¶

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制-version开关的添加，将此属性视为布尔值。

property window_size¶

多次命中窗口大小，使用0指定1次命中算法(整数)。

这控制-window_size参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property word_size¶

查词器算法的字长。

整数。最少2。

这控制-word_size参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap¶

初步间隙延伸(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_ap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap_final¶

最终间隙对齐(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_ap_inal参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_ungap¶

未映射扩展(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_unap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Blast.Applications.NcbirpsblastCommandline(cmd='rpsblast', **kwargs)¶

基类：_NcbiblastCommandline

NCBI BLAST+程序rpsblast的包装器。

随着BLAST+(BLAST用C++而不是C重写)的发布，NCBI用同名的类似工具取代了旧的rpsblast工具。此包装器取代了旧rpsblast的包装器RpsBlastCommandline。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbirpsblastCommandline
>>> cline = NcbirpsblastCommandline(help=True)
>>> cline
NcbirpsblastCommandline(cmd='rpsblast', help=True)
>>> print(cline)
rpsblast -help

通常使用cline()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='rpsblast', **kwargs)¶: 初始化类。

property best_hit_overhang¶

最佳命中算法悬浮值(推荐值：0.1)。

浮动在0.0和0.5之间(包括0.0和0.5)。与：CALLING_LIMIT不兼容。

这控制-BEST_HIT_OVERHANG参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property best_hit_score_edge¶

最佳命中算法分数边缘值(推荐值：0.1)。

浮动在0.0和0.5之间(包括0.0和0.5)。与：CALLING_LIMIT不兼容。

这控制-Best_HIT_SCORE_EDGE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property comp_based_stats¶

使用基于合成的统计信息。

d或d：默认值(相当于0)

0或F或f：简化的基于成分的统计，如生物信息学15：1000-1011,1999

1或t或t：基于成分的统计，如NAR 29：2994-3005,2001

默认值=0。

这控制-comp_based_stats参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property culling_limit¶

命中剔除限制(整数)。

如果命中的查询范围被至少这么多得分较高的命中的查询范围所包围，则删除该命中。与：BEST_HIT_OVERHANG、BEST_HIT_SCORE_EDGE不兼容。

这控制-culling_Limit参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property db¶

要爆炸的数据库。

这控制-db参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property dbsize¶

数据库的有效长度(整数)。

这控制-dbsize参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property entrez_query¶

使用给定的Entrez查询限制搜索(需要远程)。

这控制-entrez_query参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property evalue¶

期望值截止。

这控制-eValue参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property export_search_strategy¶

用于记录使用的搜索策略的文件名。

不兼容：IMPORT_SEARCH_STARTICY

这控制-export_search_Strategy参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gilist¶

将数据库搜索限制为GI列表。

不兼容：Negative_gilist、seqidlist、Native_seqidlist、Remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

这控制-gilist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property h¶

打印用法和描述；忽略其他参数。

此属性控制-h开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help¶

打印用法、描述和参数说明；忽略其他参数。

此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。

property html¶

是否生成HTML输出？另请参阅outfmt选项。

此属性控制-html开关的添加，将此属性视为布尔值。

property import_search_strategy¶

要使用的搜索策略。

不兼容：EXPORT_SEARCH_STARTICY

这控制-import_search_Strategy参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property lcase_masking¶

是否在查询和主题序列中使用小写筛选？

此属性控制添加-lcase_mask开关，请将此属性视为布尔值。

property line_length¶

格式化路线的行长(整数，至少为1，默认值为60)。

不适用于outfmt>4。在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-line_length参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps¶

设置每个主题序列保存的最大HSP数

Ddefault 0表示没有限制。

这控制-max_hsps参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps_per_subject¶

覆盖为未映射搜索保存的每个主题的最大HSP数(整数)。

这控制-max_hsps_per_SUBJECT参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_target_seqs¶

要保留的最大对齐序列数(整数，至少为1)。

这控制-max_target_seqs参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_gilist¶

将数据库搜索限制为除列出的GIS之外的所有内容。

不兼容：gilist、seqidlist、remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

这将控制-NADECTIVE_GILIST参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_seqidlist¶

将数据库搜索限制为除列出的Seqid之外的所有内容。

不兼容：gilist、seqidlist、remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

此选项控制-nsitive_seqidlist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_alignments¶

要显示其NUM_ALIGNATION的数据库序列数。

整数参数(至少为零)。默认值为200。另请参见NUM_ALIGNATIONS。

这控制-num_alignments参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_descriptions¶

要显示单行说明的数据库序列数。

整数参数(至少为零)。默认值为500。另请参见NUM_ALIGNATIONS。

这控制-num_description参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_threads¶

在BLAST搜索中使用的线程数。

整数，至少为1。默认值为1。不兼容：远程

这控制-num_threads参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property out¶

用于对齐的输出文件。

这控制-out参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outfmt¶

对齐视图。通常，整数0-14，但对于某些格式，可以将列命名为‘6qseqid sseqid’。XML输出使用5(与使用7表示XML的经典BLAST不同)。

这控制-outfmt参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_deflines¶

是否应该解析查询和主题偏转？

此属性控制-parse_deflines开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property qcov_hsp_perc¶

每个HSP的查询覆盖率百分比(浮点数，0到100)。

在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-qcov_hsp_perc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property query¶

要搜索的序列。

这控制-query参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property query_loc¶

查询序列上的位置(格式：START-STOP)。

这控制-query_loc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property remote¶

是否远程执行搜索？

不兼容：Gilist、Native_gilist、Subject_loc、Num_Threads.

此属性控制-Remote开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property searchsp¶

搜索空间的有效长度(整数)。

这控制-searchsp参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seg¶

带有seg(字符串)的过滤查询序列。

格式：“yes”、“Window loCut hicut”或“no”表示禁用。默认值为“12 2.2 2.5”

这控制-seg参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seqidlist¶

将数据库搜索限制为Seqid列表。

不兼容：Gilist、Negative_gilist、Remote、Subject、Subject_loc

这控制-seqidlist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property show_gis¶

用偏线显示NCBI GIS吗？

此属性控制-show_gis开关的添加，将此属性视为布尔值。

property soft_masking¶

将过滤位置作为软蒙版应用(布尔值，默认值=true)。

这将控制添加-soft_mask参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property sum_statistics¶

使用总和统计数据。

此属性控制-SUM_STATISTICS开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property sum_stats¶

使用总和统计信息(布尔值)。

在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-sum_stats参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property use_sw_tback¶

计算局部最优的Smith-Waterman路线？

此属性控制-use_sw_tback开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property version¶

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制-version开关的添加，将此属性视为布尔值。

property window_size¶

多次命中窗口大小，使用0指定1次命中算法(整数)。

这控制-window_size参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property word_size¶

查词器算法的字长。

整数。最少2。

这控制-word_size参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap¶

初步间隙延伸(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_ap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap_final¶

最终间隙对齐(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_ap_inal参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_ungap¶

未映射扩展(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_unap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Blast.Applications.NcbirpstblastnCommandline(cmd='rpstblastn', **kwargs)¶

基类：_NcbiblastCommandline

NCBI BLAST+程序rpstblastn的包装器。

随着BLAST+(BLAST用C++而不是C重写)的发布，NCBI用同名的类似工具取代了旧的rpsblast工具，并为翻译后的反向位置特定BLAST提供了一个单独的工具rpstblastn。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbirpstblastnCommandline
>>> cline = NcbirpstblastnCommandline(help=True)
>>> cline
NcbirpstblastnCommandline(cmd='rpstblastn', help=True)
>>> print(cline)
rpstblastn -help

通常使用cline()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='rpstblastn', **kwargs)¶: 初始化类。

property comp_based_stats¶

使用基于合成的统计信息。

d或d：默认值(相当于0)

0或F或f：简化的基于成分的统计，如生物信息学15：1000-1011,1999

1或t或t：基于成分的统计，如NAR 29：2994-3005,2001

默认值=0。

这控制-comp_based_stats参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property db¶

要爆炸的数据库。

这控制-db参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property dbsize¶

数据库的有效长度(整数)。

这控制-dbsize参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property entrez_query¶

使用给定的Entrez查询限制搜索(需要远程)。

这控制-entrez_query参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property evalue¶

期望值截止。

这控制-eValue参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property export_search_strategy¶

用于记录使用的搜索策略的文件名。

不兼容：IMPORT_SEARCH_STARTICY

这控制-export_search_Strategy参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gilist¶

将数据库搜索限制为GI列表。

不兼容：Negative_gilist、seqidlist、Native_seqidlist、Remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

这控制-gilist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property h¶

打印用法和描述；忽略其他参数。

此属性控制-h开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help¶

打印用法、描述和参数说明；忽略其他参数。

此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。

property html¶

是否生成HTML输出？另请参阅outfmt选项。

此属性控制-html开关的添加，将此属性视为布尔值。

property import_search_strategy¶

要使用的搜索策略。

不兼容：EXPORT_SEARCH_STARTICY

这控制-import_search_Strategy参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property lcase_masking¶

是否在查询和主题序列中使用小写筛选？

此属性控制添加-lcase_mask开关，请将此属性视为布尔值。

property line_length¶

格式化路线的行长(整数，至少为1，默认值为60)。

不适用于outfmt>4。在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-line_length参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps¶

设置每个主题序列保存的最大HSP数

Ddefault 0表示没有限制。

这控制-max_hsps参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps_per_subject¶

覆盖为未映射搜索保存的每个主题的最大HSP数(整数)。

这控制-max_hsps_per_SUBJECT参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_target_seqs¶

要保留的最大对齐序列数(整数，至少为1)。

这控制-max_target_seqs参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_gilist¶

将数据库搜索限制为除列出的GIS之外的所有内容。

不兼容：gilist、seqidlist、remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

这将控制-NADECTIVE_GILIST参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_seqidlist¶

将数据库搜索限制为除列出的Seqid之外的所有内容。

不兼容：gilist、seqidlist、remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

此选项控制-nsitive_seqidlist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_alignments¶

要显示其NUM_ALIGNATION的数据库序列数。

整数参数(至少为零)。默认值为200。另请参见NUM_ALIGNATIONS。

这控制-num_alignments参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_descriptions¶

要显示单行说明的数据库序列数。

整数参数(至少为零)。默认值为500。另请参见NUM_ALIGNATIONS。

这控制-num_description参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_threads¶

在BLAST搜索中使用的线程数。

整数，至少为1。默认值为1。不兼容：远程

这控制-num_threads参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property out¶

用于对齐的输出文件。

这控制-out参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outfmt¶

对齐视图。通常，整数0-14，但对于某些格式，可以将列命名为‘6qseqid sseqid’。XML输出使用5(与使用7表示XML的经典BLAST不同)。

这控制-outfmt参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_deflines¶

是否应该解析查询和主题偏转？

此属性控制-parse_deflines开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property qcov_hsp_perc¶

每个HSP的查询覆盖率百分比(浮点数，0到100)。

在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-qcov_hsp_perc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property query¶

要搜索的序列。

这控制-query参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property query_gencode¶

用于转换查询的遗传代码(整数，默认值为1)。

这控制-QUERY_GENCODE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property query_loc¶

查询序列上的位置(格式：START-STOP)。

这控制-query_loc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property remote¶

是否远程执行搜索？

不兼容：Gilist、Native_gilist、Subject_loc、Num_Threads.

此属性控制-Remote开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property searchsp¶

搜索空间的有效长度(整数)。

这控制-searchsp参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seg¶

带有seg(字符串)的过滤查询序列。

格式：“YES”、“WINDOW LOCUT HICUT”或“NO”以禁用。默认值为“12 2.2 2.5”

这控制-seg参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seqidlist¶

将数据库搜索限制为Seqid列表。

不兼容：Gilist、Negative_gilist、Remote、Subject、Subject_loc

这控制-seqidlist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property show_gis¶

用偏线显示NCBI GIS吗？

此属性控制-show_gis开关的添加，将此属性视为布尔值。

property soft_masking¶

将过滤位置作为软蒙版应用(布尔值，默认值=true)。

这将控制添加-soft_mask参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property strand¶

要根据数据库/主题进行搜索的查询链。

允许的值为“两者”(默认值)、“减号”、“加号”。

这控制-strand参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sum_statistics¶

使用总和统计数据。

此属性控制-SUM_STATISTICS开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property sum_stats¶

使用总和统计信息(布尔值)。

在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-sum_stats参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property ungapped¶

是否仅执行未填充的对齐？

此属性控制-unaps开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property use_sw_tback¶

计算局部最优的Smith-Waterman路线？

此属性控制-use_sw_tback开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property version¶

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制-version开关的添加，将此属性视为布尔值。

property window_size¶

多次命中窗口大小，使用0指定1次命中算法(整数)。

这控制-window_size参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property word_size¶

查词器算法的字长。

整数。最少2。

这控制-word_size参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap¶

初步间隙延伸(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_ap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap_final¶

最终间隙对齐(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_ap_inal参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_ungap¶

未映射扩展(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_unap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Blast.Applications.NcbiblastformatterCommandline(cmd='blast_formatter', **kwargs)¶

基类：_NcbibaseblastCommandline

NCBI BLAST+程序BLAST_Formatter的包装器。

随着BLAST 2.2.24+(即用C++而不是C重写的BLAST套件)的发布，NCBI向所有搜索工具添加了ASN.1输出格式选项，并扩展了BLAST_Formatter以支持将其作为输入。

BLAST_FORMATER命令允许您将ASN.1输出转换为其他输出格式(XML、表格、纯文本、HTML)。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbiblastformatterCommandline
>>> cline = NcbiblastformatterCommandline(archive="example.asn", outfmt=5, out="example.xml")
>>> cline
NcbiblastformatterCommandline(cmd='blast_formatter', out='example.xml', outfmt=5, archive='example.asn')
>>> print(cline)
blast_formatter -out example.xml -outfmt 5 -archive example.asn

通常使用cline()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

请注意，此包装器适用于BLAST 2.2.24+(或更高版本)中的blast_format ter版本，NCBI在该版本中首次宣布包含此工具。BLAST 2.2.23+中实际上有一个较早的版本(可能在较早的版本中也是如此)，但是它没有-archive选项(相反-RID是一个强制参数)，并且不受此包装器的支持。

__init__(cmd='blast_formatter', **kwargs)¶: 初始化类。

property archive¶

结果存档文件，与RID参数不兼容。

这控制-archive参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property h¶

打印用法和描述；忽略其他参数。

此属性控制-h开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help¶

打印用法、描述和参数说明；忽略其他参数。

此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。

property html¶

是否生成HTML输出？另请参阅outfmt选项。

此属性控制-html开关的添加，将此属性视为布尔值。

property line_length¶

格式化路线的行长(整数，至少为1，默认值为60)。

不适用于outfmt>4。在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-line_length参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_target_seqs¶

要保留的最大对齐序列数。

这控制-max_target_seqs参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_alignments¶

要显示其NUM_ALIGNATION的数据库序列数。

整数参数(至少为零)。默认值为200。另请参见NUM_ALIGNATIONS。

这控制-num_alignments参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_descriptions¶

要显示单行说明的数据库序列数。

整数参数(至少为零)。默认值为500。另请参见NUM_ALIGNATIONS。

这控制-num_description参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property out¶

用于对齐的输出文件。

这控制-out参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outfmt¶

对齐视图。通常，整数0-14，但对于某些格式，可以将列命名为‘6qseqid sseqid’。XML输出使用5(与使用7表示XML的经典BLAST不同)。

这控制-outfmt参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_deflines¶

是否应该解析查询和主题偏转？

此属性控制-parse_deflines开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property rid¶

BLAST请求ID(RID)，与存档参数不兼容。

这将控制-rid参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property show_gis¶

用偏线显示NCBI GIS吗？

此属性控制-show_gis开关的添加，将此属性视为布尔值。

property version¶

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制-version开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Blast.Applications.NcbideltablastCommandline(cmd='deltablast', **kwargs)¶

基类：_Ncbiblast2SeqCommandline

为NCBI BLAST+程序deltablast创建命令行(用于蛋白质)。

这是NCBI BLAST+软件中包含的deltablast命令行命令的包装器(原始BLAST中没有)。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbideltablastCommandline
>>> cline = NcbideltablastCommandline(query="rosemary.pro", db="nr",
...                               evalue=0.001, remote=True)
>>> cline
NcbideltablastCommandline(cmd='deltablast', query='rosemary.pro', db='nr', evalue=0.001, remote=True)
>>> print(cline)
deltablast -query rosemary.pro -db nr -evalue 0.001 -remote

通常使用cline()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='deltablast', **kwargs)¶: 初始化类。

property best_hit_overhang¶

最佳命中算法悬浮值(浮点数，推荐值：0.1)

浮动在0.0和0.5之间(包括0.0和0.5)。与：CALLING_LIMIT不兼容。

这控制-BEST_HIT_OVERHANG参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property best_hit_score_edge¶

最佳命中算法分数边缘值(浮点数)。

浮动在0.0和0.5之间(包括0.0和0.5)。推荐值：0.1

与：CALLING_LIMIT不兼容。

这控制-Best_HIT_SCORE_EDGE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property comp_based_stats¶

使用基于合成的统计信息(字符串，默认值为2，即True)。

0、F或f：无基于合成的统计信息。

2、T或t、D或d：基于组成的分数调整，如生物信息学21：902-911,2005，以序列属性为条件

请注意，tblastn还支持值1和3。

这控制-comp_based_stats参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property culling_limit¶

命中剔除限制(整数)。

如果命中的查询范围被至少这么多得分较高的命中的查询范围所包围，则删除该命中。

与：BEST_HIT_OVERHANG、BEST_HIT_SCORE_EDGE不兼容。

这控制-culling_Limit参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property db¶

要爆炸的数据库。

这控制-db参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property dbsize¶

数据库的有效长度(整数)。

这控制-dbsize参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property domain_inclusion_ethresh¶

具有保守结构域的比对的E值包含阈值。

(浮点数，默认值为0.05)

这控制-domain_include_ethresh参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property entrez_query¶

使用给定的Entrez查询限制搜索(需要远程)。

这控制-entrez_query参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property evalue¶

期望值截止。

这控制-eValue参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property export_search_strategy¶

用于记录使用的搜索策略的文件名。

不兼容：IMPORT_SEARCH_STARTICY

这控制-export_search_Strategy参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gap_trigger¶

触发间隔的位数。默认值=22。

这控制-GAP_TRIGGER参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapextend¶

扩展差距的成本(整数)。

这控制-gapadd参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapopen¶

打开缺口的成本(整数)。

这控制-gapopen参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gilist¶

将数据库搜索限制为GI列表。

不兼容：Negative_gilist、seqidlist、Native_seqidlist、Remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

这控制-gilist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property h¶

打印用法和描述；忽略其他参数。

此属性控制-h开关的添加，将此属性视为布尔值。

property help¶

打印用法、描述和参数说明；忽略其他参数。

此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。

property html¶

是否生成HTML输出？另请参阅outfmt选项。

此属性控制-html开关的添加，将此属性视为布尔值。

property import_search_strategy¶

要使用的搜索策略。

不兼容：EXPORT_SEARCH_STARTICY

这控制-import_search_Strategy参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property inclusion_ethresh¶

成对对齐e值包含阈值(浮点型，默认值为0.002)。

这控制-include_ethresh参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property lcase_masking¶

是否在查询和主题序列中使用小写筛选？

此属性控制添加-lcase_mask开关，请将此属性视为布尔值。

property line_length¶

格式化路线的行长(整数，至少为1，默认值为60)。

不适用于outfmt>4。在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-line_length参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property matrix¶

评分矩阵名称(默认为BLOSUM62)。

这控制-Matrix参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps¶

设置每个主题序列保存的最大HSP数

Ddefault 0表示没有限制。

这控制-max_hsps参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hsps_per_subject¶

覆盖为未映射搜索保存的每个主题的最大HSP数(整数)。

这控制-max_hsps_per_SUBJECT参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_target_seqs¶

要保留的最大对齐序列数(整数，至少为1)。

这控制-max_target_seqs参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_gilist¶

将数据库搜索限制为除列出的GIS之外的所有内容。

不兼容：gilist、seqidlist、remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

这将控制-NADECTIVE_GILIST参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property negative_seqidlist¶

将数据库搜索限制为除列出的Seqid之外的所有内容。

不兼容：gilist、seqidlist、remote、SUBJECT、SUBJECT_LOC

此选项控制-nsitive_seqidlist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_alignments¶

要显示其NUM_ALIGNATION的数据库序列数。

整数参数(至少为零)。默认值为200。另请参见NUM_ALIGNATIONS。

这控制-num_alignments参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_descriptions¶

要显示单行说明的数据库序列数。

整数参数(至少为零)。默认值为500。另请参见NUM_ALIGNATIONS。

这控制-num_description参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_iterations¶

要执行的迭代次数。(整数>=1，默认值为1)。

不兼容：远程

这控制-num_iterations参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property num_threads¶

在BLAST搜索中使用的线程数。

整数，至少为1。默认值为1。不兼容：远程

这控制-num_threads参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property out¶

用于对齐的输出文件。

这控制-out参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property out_ascii_pssm¶

存储PSSM的ASCII版本的文件名。

这控制-out_ascii_pssm参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property out_pssm¶

要存储检查点文件的文件名。

这控制-out_pssm参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outfmt¶

对齐视图。通常，整数0-14，但对于某些格式，可以将列命名为‘6qseqid sseqid’。XML输出使用5(与使用7表示XML的经典BLAST不同)。

这控制-outfmt参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_deflines¶

是否应该解析查询和主题偏转？

此属性控制-parse_deflines开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property pseudocount¶

构建PSSM时使用的伪计数值(整数，默认值为0)。

这将控制-seudocount参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property qcov_hsp_perc¶

每个HSP的查询覆盖率百分比(浮点数，0到100)。

在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-qcov_hsp_perc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property query¶

要搜索的序列。

这控制-query参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property query_loc¶

查询序列上的位置(格式：START-STOP)。

这控制-query_loc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property remote¶

是否远程执行搜索？

不兼容：Gilist、Native_gilist、Subject_loc、Num_Threads.

此属性控制-Remote开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property rpsdb¶

BLAST域数据库名称(dtring，默认值=‘cdd_Delta’)。

这控制-rpsdb参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property save_each_pssm¶

每次迭代后保存PSSM。

文件名在-save_pssm或-save_ascii_pssm选项中提供。

此属性控制-save_each_pssm开关的添加，将此属性视为布尔值。

property save_pssm_after_last_round¶

在上次数据库搜索后保存PSSM。

此属性控制-save_pssm_After_last_round开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property searchsp¶

搜索空间的有效长度(整数)。

这控制-searchsp参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seg¶

带有seg(字符串)的过滤查询序列。

格式：“YES”、“WINDOW LOCUT HICUT”或“NO”以禁用。默认值为“12 2.2 2.5”

这控制-seg参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seqidlist¶

将数据库搜索限制为Seqid列表。

不兼容：Gilist、Negative_gilist、Remote、Subject、Subject_loc

这控制-seqidlist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property show_domain_hits¶

是否显示域名点击量？

不兼容：远程，主题

此属性控制-show_domain_hits开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property show_gis¶

用偏线显示NCBI GIS吗？

此属性控制-show_gis开关的添加，将此属性视为布尔值。

property soft_masking¶

将过滤位置作为软蒙版应用(布尔值，默认值=true)。

这将控制添加-soft_mask参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property subject¶

要搜索的主题序列。

不兼容：db、gilist、seqidlist、否定_gilist、否定_seqidlist、db_soft_ask、db_hard_ask

另请参见SUBJECT_LOC。

这控制-SUBJECT参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property subject_loc¶

主题序列上的位置(格式：START-STOP)。

与以下内容不兼容：db、gilist、seqidlist、否定_gilist、否定_seqidlist、db_soft_ask、db_hard_ask、remote。

另请参见主题。

这控制-SUBJECT_LOC参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sum_statistics¶

使用总和统计数据。

此属性控制-SUM_STATISTICS开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property sum_stats¶

使用总和统计信息(布尔值)。

在BLAST+2.2.30中增加。

这控制-sum_stats参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property threshold¶

要添加到BLAST查找表的单词的最小分数(浮点数)。

这控制-Threshold参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property use_sw_tback¶

计算局部最优的Smith-Waterman路线？

此属性控制-use_sw_tback开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property version¶

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制-version开关的添加，将此属性视为布尔值。

property window_size¶

多次命中窗口大小，使用0指定1次命中算法(整数)。

这控制-window_size参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property word_size¶

查词器算法的字长。

整数。最少2。

这控制-word_size参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap¶

初步间隙延伸(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_ap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_gap_final¶

最终间隙对齐(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_ap_inal参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xdrop_ungap¶

未映射扩展(浮点)的X衰减值(以位为单位)。

这控制-xdrop_unap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Blast.Applications.NcbimakeblastdbCommandline(cmd='makeblastdb', **kwargs)¶

基类：AbstractCommandline

NCBI BLAST+程序make blastdb的包装器。

这是NCBI BLAST+make blastdb应用程序的包装器，用于创建BLAST数据库。默认情况下，这将创建与输入文件同名的BLAST数据库。默认输出位置与输入位置相同。

>>> from Bio.Blast.Applications import NcbimakeblastdbCommandline
>>> cline = NcbimakeblastdbCommandline(dbtype="prot",
...                                    input_file="NC_005816.faa")
>>> cline
NcbimakeblastdbCommandline(cmd='makeblastdb', dbtype='prot', input_file='NC_005816.faa')
>>> print(cline)
makeblastdb -dbtype prot -in NC_005816.faa

通常使用cline()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='makeblastdb', **kwargs)¶: 初始化类。

property blastdb_version¶

要创建的BLAST数据库的版本。提示：在32位CPU上使用BLAST数据库版本4。默认值=5

这控制-blastdb_version参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property dbtype¶

目标数据库的分子类型(‘nucl’或‘prot’)。

这控制-dbtype参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gi_mask¶

创建GI索引掩码数据。

此属性控制-gi_ask开关的添加，将此属性视为布尔值。

property gi_mask_name¶

掩码数据输出文件的逗号分隔列表。

这控制-gi_ask_name参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property h¶

打印用法和描述；忽略其他参数。

此属性控制-h开关的添加，将此属性视为布尔值。

property hash_index¶

创建序列哈希值的索引。

此属性控制-HASH_INDEX开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property help¶

打印用法、描述和参数说明；忽略其他参数。

此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。

property input_file¶

输入文件/数据库名称。

这控制-in参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property input_type¶

INPUT_FILE中指定的数据类型。

默认值=‘FASTA’。在BLAST 2.2.26中增加。

这控制-input_type参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property logfile¶

程序日志应重定向到的文件。

这控制-logfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property mask_data¶

以逗号分隔的输入文件列表，其中包含由NCBI掩码应用程序(例如，DUSTMASKER、SEG段MASKER、WindowMASKER)生成的掩码数据。

这控制-MASK_DATA参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property mask_desc¶

以逗号分隔的自由格式字符串列表，用于描述掩码算法详细信息。

这将控制-ask_desc参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property mask_id¶

逗号分隔的字符串列表，用于唯一标识掩码算法。

这将控制-ask_id参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_file_sz¶

BLAST数据库文件的最大文件大小。默认值=“1 GB”。

这控制-max_file_sz参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property out¶

用于对齐的输出文件。

这控制-out参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property parse_seqids¶

如果设置，则解析FASTA输入的Seqid的选项。

对于所有其他输入类型，将自动解析seqid

此属性控制-parse_seqids开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property taxid¶

要分配给所有序列的分类ID。

这控制-axid参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property taxid_map¶

将序列ID映射到分类ID的文本文件。

格式：<SequenceId><TaxonomyId><newline>

这将控制-axid_map参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property title¶

BLAST数据库的标题。

这控制-title参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property version¶

打印版本号；忽略其他参数。

此属性控制-version开关的添加，将此属性视为布尔值。