Bio.Align.Subscription_矩阵包

模块内容

替换矩阵。

class Bio.Align.substitution_matrices.Array(alphabet=None, dims=None, data=None, dtype=float)

基类：ndarray

按整数和字母索引的Numpy数组子类。

static __new__(cls, alphabet=None, dims=None, data=None, dtype=float)

创建新的Array实例。

__array_finalize__(obj, /)

呈现，以便子类可以调用超级类。什么都不做。

__getitem__(key)

回归自我 [key] 。

__setitem__(key, value)

设置自我 [key] 要有价值。

__contains__(key)

返回自己的密钥。

__array_prepare__(array, [context, ]/)

返回以下内容的视图 array 与赛尔夫具有相同的类型。

__array_wrap__(array, [context, ]/)

返回以下内容的视图 array 与赛尔夫具有相同的类型。

__array_ufunc__(ufunc, method, *inputs, **kwargs)

__reduce__()

用来腌制的。

__setstate__(state, /)

用来放酸菜。

这个 state 参数必须是包含以下元素的序列：

参数:

version集成

可选的泡菜版本。如果省略，则默认为0。

shape元组

dtype数据类型

isFortran布尔尔

rawdata字符串或列表

包含数据的二进制字符串(如果‘a’是对象数组，则为列表)

transpose(axes=None)

调换数组。

property alphabet

返回Alphabet属性。

copy()

创建并返回阵列的副本。

get(key, value=None)

如果找到键，则返回值；否则返回值。

items()

返回数组中(键、值)对的迭代器。

keys()

返回具有与数组关联的键的元组。

values()

返回存储在数组中的值的元组。

update(E=None, **F)

从dict/iterable E和F更新数组。

select(alphabet)

通过从指定的字母表中选择字母来设置数组的子集。

__format__(fmt)

默认对象格式化程序。

format(fmt='')

返回数组的字符串表示形式。

这一论点 fmt 指定要使用的数字格式。默认情况下，如果数组包含整数，则数字格式为“%i”，否则为“%.1f”。

__str__()

返回str(Self)。

__repr__()

返回repr(Self)。

Bio.Align.substitution_matrices.read(handle, dtype=float)

解析文件并返回Array对象。

Bio.Align.substitution_matrices.load(name=None)

加载并返回预计算替代矩阵。

>>> from Bio.Align import substitution_matrices
>>> names = substitution_matrices.load()