Bio.Align.Applications软件包

模块内容

对齐命令行工具包装(已过时)。

我们已经决定在将来删除此模块，建议您构建命令并直接通过子进程模块调用它。

class Bio.Align.Applications.MuscleCommandline(cmd='muscle', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

用于多重对齐程序肌肉的命令行包装器。

http://www.drive5.com/muscle/

注意事项

上次对照版本检查：3.7，短暂对照3.8

参考文献

Edgar，Robert C.(2004)，“肌肉：高精度和高通量的多序列比对”，“核酸研究”32(5)，1792-97。

Edgar，R.C.(2004)肌肉：一种降低时间和空间复杂度的多序列比对方法。BMC生物信息学5(1)：113。

示例

>>> from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
>>> muscle_exe = r"C:\Program Files\Alignments\muscle3.8.31_i86win32.exe"
>>> in_file = r"C:\My Documents\unaligned.fasta"
>>> out_file = r"C:\My Documents\aligned.fasta"
>>> muscle_cline = MuscleCommandline(muscle_exe, input=in_file, out=out_file)
>>> print(muscle_cline)
"C:\Program Files\Alignments\muscle3.8.31_i86win32.exe" -in "C:\My Documents\unaligned.fasta" -out "C:\My Documents\aligned.fasta"

您通常会使用myc_cline()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='muscle', **kwargs)

初始化类。

property anchors

在依赖于树的优化迭代中使用锚点优化

此属性控制-Anchors开关的添加，并将此属性视为布尔值。

property anchorspacing

锚柱之间的最小间距

这将控制-angorspace参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property brenner

使用Steve Brenner的根对齐法

此属性控制-Brenner开关的添加，将此属性视为布尔值。

property center

中心参数-应为负数

这控制-center参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property cluster

对输入序列执行快速聚类，使用-tree1保存树

此属性控制-cluster开关的添加，将此属性视为布尔值。

property cluster1

迭代1中使用的聚类方法

这控制-cluster1参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property cluster2

迭代2中使用的聚类方法

这控制-cluster2参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property clw

CLUSTALW格式的写入输出(带有肌肉标题)

此属性控制-clw开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property clwout

将CLUSTALW输出(带肌肉标题)写入指定的文件名

这控制-clwout参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property clwstrict

使用1.81版标头以CLUSTALW格式写入输出

此属性控制-clwstrict开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property clwstrictout

将CLUSTALW输出(带有1.81版标题)写入指定的文件名

这控制-clwstrictout参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property core

不捕捉异常

此属性控制-core开关的添加，将此属性视为布尔值。

property diagbreak

允许两条对角线合并成一条对角线的两条对角线之间的最大距离

这控制-DiagBreak参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property diaglength

最小对角线长度

这控制-Diaglength参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property diagmargin

丢弃对角线两端的许多位置

这将控制-DiagMarch参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property diags

查找对角线(相似序列的查找速度更快)

此属性控制-Diags开关的添加，将此属性视为布尔值。

property dimer

对SP分数使用更快(精度稍低)的二聚体近似

此属性控制-dimer开关的添加，将此属性视为布尔值。

property distance1

迭代%1的距离度量

这控制-Distance1参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property distance2

迭代2的距离度量

这控制-Distance2参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property fasta

以FASTA格式写入输出

此属性控制-FASTA开关的添加，将此属性视为布尔值。

property fastaout

将FASTA格式输出写入指定的文件名

这控制-fast aout参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapextend

缺口延长处罚

这控制-gapadd参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapopen

缺口开放分数-负数

这控制-gapopen参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property group

将输出中的相似序列分组

此属性控制-group开关的添加，将此属性视为布尔值。

property html

以HTML格式写入输出

此属性控制-html开关的添加，将此属性视为布尔值。

property htmlout

将HTML输出写入指定的文件名

这控制-htmlout参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property hydro

疏水性区域的窗口大小

这将控制添加-helo参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property hydrofactor

疏水性区域的间隙惩罚乘数

这将控制-water factor参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property in1

纵断面路线的第一个输入文件名

这控制-in1参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property in2

纵断面路线的第二个输入文件名

这控制-in2参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property input

输入文件名

这控制-in参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property le

使用日志预期配置文件分数(VTML240)

此属性控制-le开关的添加，将此属性视为布尔值。

property log

日志文件名

这控制-log参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property loga

日志文件名(追加到现有文件)

这控制-洛嘎参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property matrix

通向NCBI或WU-BLAST格式蛋白质替代矩阵的路径-也可设置-Gapopen、-GapExtended和-Center

这控制-Matrix参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property maxdiagbreak

v3.8中不建议使用-DiagBreak，请改用-DiagBreak。

这控制-maxDiagBreak参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property maxhours

以小时为单位的最长运行时间

这控制-maxhr参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property maxiters

最大迭代次数

这控制-maxiters参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property maxtrees

迭代2中要构建的树的最大数量

这控制-maxtree参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property minbestcolscore

列必须是锚点的最低分数

这控制-minBest colcore参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property minsmoothscore

列必须是锚点的最小平滑分数

此选项控制添加-MINSMOVERScore参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property msf

以MSF格式写入输出

此属性控制-msf开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property msfout

将MSF格式输出写入指定的文件名

这控制-msfout参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property noanchors

不要在依赖于树的优化迭代中使用锚点优化

此属性控制-noangors开关的添加，将此属性视为布尔值。

property nocore

捕获异常

此属性控制-nocore开关的添加，将此属性视为布尔值。

property objscore

树相关细化使用的客观分数

这控制-objcore参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property out

输出文件名

这控制-out参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property phyi

以Phylip交错格式写入输出

此属性控制-phyi开关的添加，将此属性视为布尔值。

property phyiout

将Phylip交错输出写入指定的文件名

这控制-phyiout参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property phys

PHYLIP顺序格式的写入输出

此属性控制-phys开关的添加，将此属性视为布尔值。

property physout

将PHYLIP顺序格式写入指定的文件名

这将控制-Physout参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property profile

执行纵断面路线

此属性控制-profile开关的添加，将此属性视为布尔值。

property quiet

不显示进度消息

此属性控制-Quiet开关的添加，将此属性视为布尔值。

property refine

仅执行依赖于树的细化

此属性控制-REFINE开关的添加，并将此属性视为布尔值。

property refinew

仅使用滑动窗口方法进行树相关细化

此属性控制-refinew开关的添加，将此属性视为布尔值。

property refinewindow

-refinew的窗口长度

这控制-refinewindow参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property root1

迭代1中用于树根的方法

这控制-Root1参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property root2

迭代2中用于树根的方法

这控制-root2参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property scorefile

得分文件名，对齐中的每列包含一行，平均得分为BLOSUM62

这将控制-SCOREFILE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seqtype

序列类型

这控制-seqtype参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property smoothscoreceil

用于平滑的列分数的最大值

这将控制添加-movelskreceil参数及其关联值。将此属性设置为所需的参数值。

property smoothwindow

用于锚柱平滑的窗口

此选项控制-平滑窗口参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sp

使用蛋白质配对总和得分(PAM200)

此属性控制-sp开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property spn

使用配对总和蛋白质核苷酸图谱得分

此属性控制-spn开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property spscore

计算多对齐的SP目标得分

这控制-spcore参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stable

不要在输出中对相似序列进行分组(v3.8不支持)

此属性控制-STRATE开关的添加，将此属性视为布尔值。

property sueff

UPGMB群集中使用的常量

这控制-sueff参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sv

使用配对总和配置文件分数(VTML240)

此属性控制-sv开关的添加，将此属性视为布尔值。

property tree1

保存迭代%1中的Newick树

这控制-tree1参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property tree2

保存迭代2中的Newick树

这控制-tree2参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property usetree

使用给定的Newick树作为导向树

这控制-usetree参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property verbose

写入参数设置和进度

此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property version

将版本字符串写入标准输出并退出

此属性控制-version开关的添加，将此属性视为布尔值。

property weight1

迭代1中使用的加权方案

这将控制-weitt1参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property weight2

迭代2中使用的加权方案

这将控制-weitt2参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Align.Applications.ClustalwCommandline(cmd='clustalw', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

clustriw的命令行包装器(版本1或2)。

http://www.clustal.org/

注意事项

上次对照版本检查：1.83和2.1

参考文献

首页--期刊主要分类--期刊细介绍--期刊题录与文摘--期刊详细文摘内容(2007)。Clustal W和Clustal X 2.0版。生物信息学，23,2947-2948。

示例

>>> from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline
>>> in_file = "unaligned.fasta"
>>> clustalw_cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile=in_file)
>>> print(clustalw_cline)
clustalw2 -infile=unaligned.fasta

您通常会使用cluastw_cline()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='clustalw', **kwargs)

初始化类。

property align

进行完全多重对齐。

此属性控制-Align开关的添加，将此属性视为布尔值。

property bootlabels

树显示中引导值的节点或分支位置

这控制-bootlabels参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property bootstrap

引导NJ树(n=引导数目；定义=1000)。

这控制-bootstrap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property case

下部或上部(仅适用于GDE输出)

这控制-case参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property check

概述命令行参数。

此属性控制-check开关的添加，将此属性视为布尔值。

property clustering

新泽西州或UPGMA

这控制-cluster参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property convert

以不同的文件格式输出输入序列。

此属性控制-Convert开关的添加，将此属性视为布尔值。

property dnamatrix

DNA权重矩阵=IUB、CLUSTALW或FILENAME

这控制-dnamatrix参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property endgaps

无端隙分色笔。

此属性控制添加-EndGap开关，请将此属性视为布尔值。

property fullhelp

输出完整的帮助内容。

此属性控制-fullhelp开关的添加，将此属性视为布尔值。

property gapdist

缝隙分隔笔。范围

这控制-gapdist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapext

缺口延长处罚

这控制-gapext参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapopen

缺口开局罚球

这控制-gapopen参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property helixendin

将螺旋内部残基视为末端的数量

这控制-helixendin参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property helixendout

被视为末端的螺旋外残基的数量

这控制-helixendout参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property helixgap

螺旋核心残基的间隙惩罚

这将控制-helixap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property help

概述命令行参数。

此属性控制-help开关的添加，将此属性视为布尔值。

property hgapresidues

列出亲水性Res。

此属性控制-hgapresires开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property infile

输入序列。

这将控制-infile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property iteration

无、树或对齐

这控制-iteration参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property kimura

使用木村的更正。

此属性控制-kimura开关的添加，将此属性视为布尔值。

property ktuple

字号

这控制-ktuple参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property loopgap

循环区域的间隙惩罚

这控制-loopap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property matrix

蛋白质权重矩阵=Blosum、PAM、Gonnet、ID或文件名

这控制-Matrix参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property maxdiv

%标识。对于延迟

这控制-maxdiv参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property maxseqlen

允许的最大输入序列长度

这控制-maxseqlen参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property negative

基质中具有负值的蛋白质比对

此属性控制-负开关的添加，将此属性视为布尔值。

property newtree

新创建的向导树的输出文件名

这控制-newtree参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property newtree1

配置文件1的新导向树的输出文件名

这控制-newtree1参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property newtree2

配置文件2的新导向树的输出文件

这控制-newtree2参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property nohgap

亲水缝隙关闭

此属性控制-nohap开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property nopgap

残留物特定间隙关闭

此属性控制-nopap开关的添加，将此属性视为布尔值。

property nosecstr1

请勿对配置文件1使用二级结构间隙惩罚掩码

此属性控制-nosecstr1开关的添加，将此属性视为布尔值。

property nosecstr2

请勿对配置文件2使用二级结构间隙惩罚掩码

此属性控制-nosecstr2开关的添加，将此属性视为布尔值。

property noweights

禁用序列加权

此属性控制-noweight开关的添加，将此属性视为布尔值。

property numiter

要执行的最大迭代次数

这控制-numiter参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property options

列出命令行参数

此属性控制-options开关的添加，将此属性视为布尔值。

property outfile

输出序列比对文件名

这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outorder

输出分类单元顺序：输入或对齐

这控制-outorder参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property output

输出格式：CLUSTAL(默认)、GCG、GDE、PHYLIP、PIR、Nexus和FASTA

这控制-output参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outputtree

新泽西州、新泽西州、新泽西州或新泽西州

这控制-outputtree参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property pairgap

缺口处罚

这控制-pairap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property pim

输出百分比同一性矩阵(在计算树时)。

此属性控制-pim开关的添加，将此属性视为布尔值。

property profile

按纵断面路线合并两条路线

此属性控制-profile开关的添加，将此属性视为布尔值。

property profile1

纵断面(旧路线)。

这控制-profile1参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property profile2

纵断面(旧路线)。

这控制-profile2参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property pwdnamatrix

DNA权重矩阵=IUB、CLUSTALW或FILENAME

这控制-pwdnamatrix参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property pwgapext

缺口延长处罚

这控制-pwgapext参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property pwgapopen

缺口开局罚球

这控制-pwgapopen参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property pwmatrix

蛋白质权重矩阵=Blosum、PAM、Gonnet、ID或文件名

这控制-pwMatrix参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property quicktree

对齐引导树使用快速算法

此属性控制-QUICKTREE开关的添加，将此属性视为布尔值。

property quiet

将控制台输出减少到最低限度

此属性控制-Quiet开关的添加，将此属性视为布尔值。

property range

要写入的序列范围从m开始到m+n。输入为字符串，例如。‘24,200’

这控制-range参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property score

百分比或绝对值

这控制-SCORE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property secstrout

对齐文件中的结构或掩码或两者或无输出

这控制-secstrout参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seed

引导的种子号。

这控制-Seed参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seqno_range

关闭或打开(新增-适用于所有输出格式)

这控制-seqno_range参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seqnos

关闭或打开(仅适用于群集输出)

这控制-seqnos参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sequences

按顺序将profile2序列添加到profile1比对

此属性控制-Sequence开关的添加，将此属性视为布尔值。

property stats

将一些路线统计记录到文件中

这控制-stats参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property strandendin

将链内残基视为末端的数量

这控制-strandendin参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property strandendout

将链外残基视为末端的数量

这控制-strandendout参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property strandgap

链芯残留物的间隙惩罚

这控制-strandap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property terminalgap

结构端子的间隙处罚

这将控制-Terminalgap参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property topdiags

最佳诊断数。

这控制-topDiags参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property tossgaps

忽略有间隙的位置。

此属性控制-tossglas开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property transweight

过渡加权

这控制-transweight参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property tree

计算NJ树。

此属性控制-tree开关的添加，将此属性视为布尔值。

property type

蛋白质或DNA序列

这控制-type参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property usetree

导向树的文件名

这控制-usetree参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property usetree1

配置文件1的导向树的文件名

这控制-usetree1参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property usetree2

配置文件2的导向树的文件名

这控制-usetree2参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property window

最好的诊断窗口。

这控制-window参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Align.Applications.ClustalOmegaCommandline(cmd='clustalo', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

clustal omega的命令行包装。

http://www.clustal.org/omega

注意事项

上次对照版本检查：1.2.0

参考文献

西弗斯F，Wilm A，Dineen DG，Gibson TJ，Karplus K，Li W，Lopez R，McWilliam H，Remmert M，Söding J，Thompson JD，Higgins DG(2011)。使用Clustal Omega快速、可扩展地生成高质量的蛋白质多序列比对。分子系统生物学7：539 https://doi.org/10.1038/msb.2011.75

示例

>>> from Bio.Align.Applications import ClustalOmegaCommandline
>>> in_file = "unaligned.fasta"
>>> out_file = "aligned.fasta"
>>> clustalomega_cline = ClustalOmegaCommandline(infile=in_file, outfile=out_file, verbose=True, auto=True)
>>> print(clustalomega_cline)
clustalo -i unaligned.fasta -o aligned.fasta --auto -v

您通常会使用clustomega_cline()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='clustalo', **kwargs)

初始化类。

property auto

自动设置选项(可能会覆盖某些选项)

此属性控制--auto开关的添加，将此属性视为布尔值。

property clusteringout

群集输出文件

这控制--cluster-out参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property clustersize

子簇中序列的软最大值

这控制--cluster-size参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property dealign

取消对齐输入序列

此属性控制--Dealign开关的添加，将此属性视为布尔值。

property distmat_full

使用全距离矩阵进行导向树计算(慢速；默认为mbed)

此属性控制--full开关的添加，将此属性视为布尔值。

property distmat_full_iter

迭代期间使用全距离矩阵进行导向树计算(默认为mbed)

此属性控制--full-iter开关的添加，将此属性视为布尔值。

property distmat_in

成对距离矩阵输入文件(跳过距离计算)。

这控制--Distmat-in参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property distmat_out

成对距离矩阵输出文件。

这控制--Distmat-out参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property force

强制覆盖文件。

此属性控制--force开关的添加，将此属性视为布尔值。

property guidetree_in

引导树输入文件(跳过距离计算和引导树聚类步骤)。

这控制--guidetree-in参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property guidetree_out

引导树输出文件。

这控制--guidetree-out参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property help

打印帮助并退出。

此属性控制-h开关的添加，将此属性视为布尔值。

property hmm_input

HMM输入文件

这控制--HMM-IN参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property infile

多序列输入文件

这控制-i参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property infmt

强制顺序输入文件格式(默认值：自动)

允许值：a2m、fa [sta] ，CLU [stal] 、MSF、PHY [lip] ，selex，st [洛克霍尔姆] ，VIE [nna]

这控制--infmt参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property isprofile

禁用检查是否配置文件，强制配置文件(默认为否)

此属性控制--is-profile开关的添加，将此属性视为布尔值。

property iterations

(组合引导树/HMM)迭代次数

这控制--iterations参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property log

将所有不必要的输出记录到此文件。

这控制-l参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property long_version

打印长版本信息并退出

此属性控制--long-version开关的添加，将此属性视为布尔值。

property max_guidetree_iterations

引导树迭代的最大次数

这控制--max-guidetree-iterations参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property max_hmm_iterations

HMM迭代的最大次数

这控制--max-hmm-iterations参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property maxnumseq

允许的最大序列数

这控制--maxnumseq参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property maxseqlen

最大允许序列长度

这控制--maxseqlen参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outfile

多序列比对输出文件(默认值：stdout)。

这控制-o参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outfmt

MSA输出文件格式：a2m=fa [sta] ，CLU [stal] 、MSF、PHY [lip] ，selex，st [洛克霍尔姆] ，VIE [nna] (默认值：FASTA)。

这控制--outfmt参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outputorder

与输入/引导树中的MSA输出顺序类似

这控制--output-order参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property percentid

将距离转换为百分比标识(默认为否)

此属性控制--Percent-id开关的添加，将此属性视为布尔值。

property profile1

预先对齐的多序列文件(对齐列将保持不变)。

这控制--profile1参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property profile2

预先对齐的多序列文件(对齐列将保持不变)。

这控制--profile2参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property residuenumber

以群集格式打印残留物编号(默认为否)

此属性控制--residuenumber开关的添加，将此属性视为布尔值。

property seqtype

{蛋白质，RNA，DNA}强制序列类型(默认值：自动)。

这控制-t参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property threads

要使用的处理器数量

这控制--threads值及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property usekimura

对比对序列使用木村距离校正(默认为否)

此属性控制--use-kimura开关的添加，将此属性视为布尔值。

property verbose

详细输出

此属性控制-v开关的添加，将此属性视为布尔值。

property version

打印版本信息并退出

此属性控制--version开关的添加，将此属性视为布尔值。

property wrap

输出中换行前的残数

这控制--WRAP参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Align.Applications.PrankCommandline(cmd='prank', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

多重对齐程序恶作剧的命令行包装。

http://www.ebi.ac.uk/goldman-srv/prank/prank/

注意事项

上次对照版本检查：081202

参考文献

Loytynoja，A.和Goldman，N.2005。一种用于具有插入的序列的递进多重比对的算法。“美国国家科学院学报”第102期：10557-10562页。

Loytynoja，A.和Goldman，N.2008。系统发育感知的缺口放置可以防止序列比对和进化分析中的错误。科学，320：1632。

示例

要将FASTA文件(unaligned.fast a)与对齐的FASTA格式的输出对齐，且输出文件名以“aligned”开头(您不能显式选取文件名)，且无树输出和无XML输出，请使用：

>>> from Bio.Align.Applications import PrankCommandline
>>> prank_cline = PrankCommandline(d="unaligned.fasta",
...                                o="aligned", # prefix only!
...                                f=8, # FASTA output
...                                notree=True, noxml=True)
>>> print(prank_cline)
prank -d=unaligned.fasta -o=aligned -f=8 -noxml -notree

通常使用prank_cline()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='prank', **kwargs)

初始化类。

property F

强制始终跳过插入：与+F相同

此属性控制-F开关的添加，将此属性视为布尔值。

property codon

密码子识别对齐与否

此属性控制-codon开关的添加，将此属性视为布尔值。

property convert

将输入对齐方式转换为新格式。不执行对齐

此属性控制-Convert开关的添加，将此属性视为布尔值。

property d

输入文件名

这控制-d参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property dnafreqs

DNA频率-‘A，C，G，T’。例如‘25，25，25，25’作为引号括起字符串值。默认：经验主义

这控制-dnafreqs参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property dots

将插入间隙显示为点

此属性控制-dots开关的添加，将此属性视为布尔值。

property f

输出对齐格式。默认：8 FASTA选项为：1.IG/Stanford 8.Pearson/Fasta 2.GenBank/GB 11.Phylip3.2 3.NBRF 12.Phylip 4.Embl 14.PIR/CODATA 6.DNAStrider 15.MSF 7.惠誉17.PAUP/Nexus

这控制-f参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property fixedbranches

使用输入值的固定分支长度

这控制-fixedBranch参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapext

缺口延伸概率。默认值：DNA 0.5/Prot 0.5

这控制-gapext参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gaprate

缺口开口率。默认：dna 0.025端口0.0025

这控制-gaprate参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property kappa

过渡/横向比率。默认值：2

这控制-kappa参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property longseq

在成对路线中节省空间

此属性控制-long seq开关的添加，将此属性视为布尔值。

property m

用户定义的路线模型文件名。默认值：HKY2/WAG

这控制-m参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property matinitsize

矩阵初始大小乘数

这控制-matinitsize参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property matresize

矩阵调整乘法器

这控制-matresize参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property maxbranches

使用输入值的最大分支长度

这控制-maxBranch参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property mttranslate

使用MT表转换为蛋白质

此属性控制-mtlate开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property nopost

不要计算后部支撑。默认值：计算

此属性控制-nopost开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property notree

不输出免打扰树文件(v.120626之前的恶作剧版本)

此属性控制-notree开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property noxml

不输出XML文件(v.120626之前的恶作剧版本)

此属性控制-noxml开关的添加，将此属性视为布尔值。

property o
输出文件名前缀。默认值：‘输出’

将写入：Output.？.fas(取决于请求的格式)、Output.？.xml和Output.？.dnd

这控制-o参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property once

只运行一次。默认值：如果未提供导向树，则为两次

此属性控制-once开关的添加，将此属性视为布尔值。

property printnodes

输出每个节点；主要用于调试

此属性控制-printnode开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property pwdist

用于计算引导树的预期成对距离。默认值：DNA 0.25/Prot 0.5

这控制-pwdist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property pwgenomic

进行成对对齐，无导向树

此属性控制-pwgenome开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property pwgenomicdist

成对对齐的距离。默认值：0.3

这控制-pwgenomicdist参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property quiet

减少冗长

此属性控制-Quiet开关的添加，将此属性视为布尔值。

property realbranches

禁用分支长度截断

此属性控制-realBranch开关的添加，将此属性视为布尔值。

property rho

嘌呤/嘧啶比值。默认值：1

这控制-rho参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property scalebranches

缩放分支长度。默认值：DNA 1/Prot 2

这控制-scaleBranch参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property shortnames

在第一个空格处截断名称

此属性控制-Short Names开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property showtree

输出免打扰树文件(Prank v.120626及更高版本)

此属性控制-showtree开关的添加，将此属性视为布尔值。

property showxml

输出XML文件(恶作剧v.120626及更高版本)

此属性控制-showxml开关的添加，将此属性视为布尔值。

property skipins

跳过后部支撑中的插入

此属性控制-skipins开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property t

输入导航树文件名

这控制-t参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property termgap

正常惩罚端子间隙

此属性控制添加-TermGap开关，并将此属性视为布尔值。

property translate

翻译成蛋白质

此属性控制-Translate开关的添加，并将此属性视为布尔值。

property tree

将导航树输入为Newick字符串

这控制-tree参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property twice

始终运行两次

此属性控制-Two开关的添加，将此属性视为布尔值。

property uselogs

速度较慢，但应该适用于更多的序列

此属性控制-usellogs开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property writeanc

输出祖先序列

此属性控制-write开关的添加，请将此属性视为布尔值。

class Bio.Align.Applications.MafftCommandline(cmd='mafft', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

多重对齐程序MAFFT的命令行包装器。

http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/software/

注意事项

上次对照版本检查：MAFFT v6.717b(2009/12/03)

参考文献

Katoh，Toh(BMC BioInformation atics 9：212,2008)通过将结构信息合并到基于MAFFT的框架中(描述RNA结构比对方法)提高了多个ncRNA比对的准确性

Katoh，Toh(生物信息学简报9：286-298,2008)MAFFT多序列比对计划的最新进展(概要版本6)

Katoh，Toh(BioInformatics 23：372-374,2007)Errata PartTree：一种从大量未比对序列中构建近似树的算法(描述PartTree算法)

Katoh，Kuma，Toh，Miyata(Nucleic acid Res.33：511-518,2005)MAFFT版本5：改进多序列比对的准确性(描述 [的祖先版本] G-INS-I、L-INS-I和E-INS-I策略)

加藤，三泽，久间，宫田(核酸研究报告30：3059-3066,2002)

示例

>>> from Bio.Align.Applications import MafftCommandline
>>> mafft_exe = "/opt/local/mafft"
>>> in_file = "../Doc/examples/opuntia.fasta"
>>> mafft_cline = MafftCommandline(mafft_exe, input=in_file)
>>> print(mafft_cline)
/opt/local/mafft ../Doc/examples/opuntia.fasta

如果mafft二进制文件位于PATH上(在Unix风格的操作系统上通常是这种情况)，那么您不需要提供可执行文件的位置：

>>> from Bio.Align.Applications import MafftCommandline
>>> in_file = "../Doc/examples/opuntia.fasta"
>>> mafft_cline = MafftCommandline(input=in_file)
>>> print(mafft_cline)
mafft ../Doc/examples/opuntia.fasta

通常使用mafft_cline()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

请注意，MAFFT会将对齐写入标准输出，您可能希望将其保存到文件中，然后进行解析，例如：：

stdout, stderr = mafft_cline()
with open("aligned.fasta", "w") as handle:
    handle.write(stdout)
from Bio import AlignIO
align = AlignIO.read("aligned.fasta", "fasta")

或者，要使用AlignIO直接解析输出，可以使用StringIO将字符串转换为句柄：：

stdout, stderr = mafft_cline()
from io import StringIO
from Bio import AlignIO
align = AlignIO.read(StringIO(stdout), "fasta")
__init__(cmd='mafft', **kwargs)

初始化类。

property LEXP

间隙延长处罚以跳过对齐。默认值：0.00

这控制--lexp参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property LOP

空档罚球跳过对准。默认值：-6.00

这控制--lop参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property aamatrix

使用用户定义的AA评分矩阵。默认值：BLOSUM62

这控制--aamatrix参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property adjustdirection

根据第一个顺序调整方向。默认关闭。

此属性控制--adjustdirection开关的添加，将此属性视为布尔值。

property adjustdirectionaccurately

根据第一个序列调整方向，对于高度分散的数据；非常慢的默认关闭。

此属性控制--adjustdirectionaccuracy开关的添加，将此属性视为布尔值。

property amino

假设序列是氨基酸(True/False)。默认值：自动

此属性控制--amine开关的添加，将此属性视为布尔值。

property auto

自动选择策略。默认关闭。

此属性控制--auto开关的添加，将此属性视为布尔值。

property bl

使用Blosum数矩阵。默认值：62

这控制--bl参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property clustalout

输出格式：clustal(True)或Fasta(False，默认值)

此属性控制--clustuout开关的添加，将此属性视为布尔值。

property dpparttree

零件树算法与基于DP的距离一起使用。默认值：关闭

此属性控制--dpparttree开关的添加，将此属性视为布尔值。

property ep

偏移值，其作用类似于组到组对齐的间隙延伸惩罚。默认值：0.123

这控制--ep参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property fastapair

所有的成对比对都是用FASTA计算的(Pearson和Lipman，1988)。默认值：关闭

此属性控制--fast apair开关的添加，将此属性视为布尔值。

property fastaparttree

零件树算法与基于FASTA的距离一起使用。默认值：关闭

此属性控制--fast partttree开关的添加，将此属性视为布尔值。

property fft

在组到组对齐中使用FFT近似。默认值：启用

此属性控制--fft开关的添加，将此属性视为布尔值。

property fmodel

将AA/NUC组成信息合并到评分矩阵中(True)或不合并(False，Default)

此属性控制--fmodel开关的添加，将此属性视为布尔值。

property genafpair

所有成对比对都是用具有广义仿射间隙成本的局部算法计算的(Altschul，1998)。默认值：关闭

此属性控制--genafair开关的添加，将此属性视为布尔值。

property globalpair

所有的成对比对都是用Needleman-Wunsch算法计算的。默认值：关闭

此属性控制--globalair开关的添加，将此属性视为布尔值。

property groupsize

请勿进行大于数字序列的比对。默认值：输入序列的数量

此属性控制--groupsize开关的添加，将此属性视为布尔值。

property input

输入文件名

这控制输入参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property input1

mafft-profile命令的第二个输入文件名

这控制input1参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property inputorder

输出顺序：与输入相同(True，默认值)或基于对齐(False)

此属性控制--inputorder开关的添加，将此属性视为布尔值。

property jtt

JTT PAM编号(Jones等人1992)矩阵。数字>0。默认值：BLOSUM62

这控制--jtt参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property lep

局部成对对齐处的偏移值。默认值：0.1

这控制--lep参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property lexp

局部成对排列的缺口延伸罚分。默认值：-0.1

这控制--lexp参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property localpair

所有的成对比对都是用Smith-Waterman算法计算的。默认值：关闭

此属性控制--localair开关的添加，将此属性视为布尔值。

property lop

局部两两对齐的缺口开场罚球。默认值：0.123

这控制--lop参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property maxiterate

执行多个循环的迭代求精。默认值：0

这控制--maxiterate参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property memsave

使用Myers-Miller(1988)算法。默认值：当对齐长度超过10,000(AA/NT)时自动打开。

此属性控制--memsave开关的添加，将此属性视为布尔值。

property namelength

CLUSTAL和PHYLIP输出中的名称长度。

MAFFT v6.847(2011)添加了与CLUSTAL输出的--clustuout选项配合使用的--namelength。

MAFFT v7.024(2013)通过Phylip输出的--phylipout选项(默认值为10)添加了对此的支持。

这控制--namelength参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property nofft

请勿在组到组对齐中使用FFT近似。默认值：关闭

此属性控制--nofft开关的添加，将此属性视为布尔值。

property noscore

在迭代细化阶段不检查对齐分数。默认值：OFF(检查分数)

此属性控制--nocore开关的添加，将此属性视为布尔值。

property nuc

假设序列是核苷酸(True/False)。默认值：自动

此属性控制--nuc开关的添加，将此属性视为布尔值。

property op

组与组对齐的空档罚分。默认值：1.53

这控制--op参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property partsize

PartTree算法中的分区数。默认值：50

这控制--partsize参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property parttree

使用6mer距离的快速建树方法。默认值：关闭

此属性控制--parttree开关的添加，将此属性视为布尔值。

property phylipout

输出格式：Phylip(True)或Fasta(False，默认值)

此属性控制--phylipout开关的添加，将此属性视为布尔值。

property quiet

不报告进度(True)或不报告(False，默认值)。

此属性控制--Quiet开关的添加，将此属性视为布尔值。

property reorder

输出顺序：对齐(True)或按输入顺序(False，默认值)

此属性控制--reorder开关的添加，将此属性视为布尔值。

property retree

引导树在渐进式阶段被构建多次。有效距离为6微米。默认值：2

这控制--retree参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property seed

在ALLING_n(FASTA格式)中给出的种子比对与输入中的序列进行比对。

这控制--Seed参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sixmerpair

根据共享的6mer的数量计算距离。默认值：启用

此属性控制--6merair开关的添加，将此属性视为布尔值。

property thread

要使用的线程数。默认值：1

这控制--thread参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property tm

跨膜PAM数(Jones等人1994)矩阵。数字>0。默认值：BLOSUM62

这控制--tm参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property treeout

引导树是否输出到input.tree文件(True)或Not(False，默认值)

此属性控制--treeout开关的添加，将此属性视为布尔值。

property weighti

根据成对比对计算的一致性项的权重因子。默认值：2.7

这控制--weitti参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Align.Applications.DialignCommandline(cmd='dialign2-2', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

多重对齐程序DIALIGN2-2的命令行包装器。

http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/dialign/welcome.html

注意事项

上次对照版本检查：2.2

参考文献

B.Morgenstein(2004)。DIALIGN：BiBiServ上的多个DNA和蛋白质序列比对。核酸研究32，W33-W36。

示例

要将FASTA文件(unaligned.fast a)与输出文件名对齐。*包括FASTA输出文件(aligned.fa)，请使用：

>>> from Bio.Align.Applications import DialignCommandline
>>> dialign_cline = DialignCommandline(input="unaligned.fasta",
...                                    fn="aligned", fa=True)
>>> print(dialign_cline)
dialign2-2 -fa -fn aligned unaligned.fasta

通常可以使用DIALIGN_CLINE()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='dialign2-2', **kwargs)

初始化类。

property afc

创建附加输出文件‘*.afc’，其中包含考虑进行对齐的所有片段的数据警告：此文件可能很大！

此属性控制-afc开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property afc_v

与‘-afc’类似，但很详细：显式打印片段。警告：此文件可能更大！

此属性控制-afc_v开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property anc

定位对齐。需要包含锚点的文件<seq_file>.anc.

此属性控制-ANC开关的添加，将此属性视为布尔值。

property cs

如果翻译片段，不仅要看“沃森链”，还要看“克里克链”。

此属性控制-cs开关的添加，将此属性视为布尔值。

property cw

CLUSTAL W格式的附加输出文件。

此属性控制-cw开关的添加，将此属性视为布尔值。

property ds

“dna比对加速”-只有当非翻译核酸片段以至少两个匹配开始时，才会将其考虑在内。以牺牲敏感度为代价加速DNA比对。

此属性控制-ds开关的添加，将此属性视为布尔值。

property fa

FASTA格式的附加输出文件。

此属性控制-fa开关的添加，将此属性视为布尔值。

property ff

创建文件*.frg，其中包含有关属于各自最佳成对比对网络一部分的所有片段的信息以及有关多个比对中的一致性的信息

此属性控制-ff开关的添加，将此属性视为布尔值。

property fn

输出文件名为<OUT_FILE>.<EXTENSION>。

这控制-fn参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property fop

创建文件*.fop，其中包含属于各自成对对齐一部分的所有片段的坐标。

此属性控制-fop开关的添加，将此属性视为布尔值。

property fsm

创建包含所有片段坐标的文件*.fsm，这些片段是最终路线的一部分

此属性控制-fsm开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property input

输入文件名。必须是FASTA格式

这控制输入参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property iw

重叠权重处于禁用状态(默认情况下，如果最多对齐35个序列，则使用重叠权重)。此选项可加快对齐速度，但可能会导致对齐质量降低。

此属性控制-iw开关的添加，将此属性视为布尔值。

property lgs

‘长基因组序列’-组合以下选项：-ma、-thr 2、-lmax 30、-smin 8、-nta、-ff、-fop、-ff、-cs、-ds、-pst

此属性控制-lgs开关的添加，将此属性视为布尔值。

property lgs_t

类似于‘-lgs’，但是所有片段对都是在肽级评估的(而不是像‘-lgs’选项那样的‘混合比对’)。因此比-lgs快，但对非编码区不是非常敏感。

此属性控制-lgs_t开关的添加，将此属性视为布尔值。

property lmax

最大片段长度=x(对于“翻译”的片段，默认值：x=40或x=120)。较短的x会加快程序运行速度，但可能会影响对齐质量。

这控制-lmax参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property lo

(长输出)附加文件*.log，其中包含有关选定用于成对比对的片段以及多对齐过程中一致性的信息。

此属性控制-lo开关的添加，将此属性视为布尔值。

property ma

如果核酸序列比对，则由P-片段和N-片段组成的“混合比对”。

此属性控制-ma开关的添加，将此属性视为布尔值。

property mask

不属于所选片段的残基在输出对齐中被‘*’字符替换(而不是以小写字符打印)

此属性控制-MASK开关的添加，将此属性视为布尔值。

property mat

创建文件*MAT，其替换计数派生自已选择进行比对的片段。

此属性控制-mat开关的添加，将此属性视为布尔值。

property mat_thr

如‘-mat’，但仅考虑权重分数>t的片段

此属性控制-mat_thr开关的添加，将此属性视为布尔值。

“最大连锁”聚类用于构建序列树(代替UPGMA)。

此属性控制-max_link开关的添加，请将此属性视为布尔值。

使用了“最小链接”群集。

此属性控制-min_link开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property mot

“Motif”选项。

这控制-mot参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property msf

MSF格式的单独输出文件。

此属性控制-msf开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property n

输入序列是核酸序列。没有片断的翻译。

此属性控制-n开关的添加，将此属性视为布尔值。

property nt

输入序列是核酸序列，并且‘核酸片段’被翻译成‘肽段’。

此属性控制-nt开关的添加，并将此属性视为布尔值。

property nta

‘无文本对齐’-取消文本对齐。如果需要其他输出文件--例如使用-ff、-fop、-fsm或-lo创建的片段文件，则此选项很有意义。

此属性控制-nta开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property o

快速版本，结果路线可能略有不同。

此属性控制-o开关的添加，将此属性视为布尔值。

property ow

强制使用重叠权重(默认情况下，仅当最多对齐35个序列时才使用重叠权重，因为计算重叠权重非常耗时)。

此属性控制-ow开关的添加，将此属性视为布尔值。

property pst

‘打印状态’。使用有关程序运行的当前状态的信息创建并更新文件*.sta。如果对齐了大型数据集，则建议使用此选项，因为它允许用户估计剩余的运行时间。

此属性控制-pst开关的添加，将此属性视为布尔值。

property smin

片段中第一个残基对(或密码子对)的最小相似度值。以牺牲敏感性为代价，加快蛋白质比对或翻译的DNA片段的比对。

此属性控制-SMIN开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property stars

‘*’字符的最大数量，表示序列之间的局部相似程度。默认情况下，不使用星号，而是使用0到9之间的数字。

此选项控制-star参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property stdo

结果写入标准输出。

此属性控制-stdo开关的添加，将此属性视为布尔值。

property ta

打印标准文本对齐(覆盖特殊选项中的文本对齐抑制，例如-lgs)

此属性控制-ta开关的添加，将此属性视为布尔值。

property thr

阈值T=x。

这控制-thr参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property xfr

‘排除片段’-可以指定不考虑进行成对对齐的片段列表

此属性控制-XFR开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Align.Applications.ProbconsCommandline(cmd='probcons', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

多重对齐程序PROBCONS的命令行包装器。

http://probcons.stanford.edu/

注意事项

上次对照版本检查：1.12

参考文献

Do，C.B.，Mahabhashyam，M.S.P.，Brudno，M.和Batzoglou，S.2005。PROBCONS：基于概率一致性的多序列比对。基因组研究15：330-340。

示例

要将FASTA文件(unaligned.fast a)与ClustalW格式的输出以及其他默认设置对齐，请使用：

>>> from Bio.Align.Applications import ProbconsCommandline
>>> probcons_cline = ProbconsCommandline(input="unaligned.fasta",
...                                      clustalw=True)
>>> print(probcons_cline)
probcons -clustalw unaligned.fasta

通常使用procons_cline()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

请注意，PROBCONS会将对齐写入标准输出，您可能希望将其保存到文件中，然后进行解析，例如：：

stdout, stderr = probcons_cline()
with open("aligned.aln", "w") as handle:
    handle.write(stdout)
from Bio import AlignIO
align = AlignIO.read("aligned.fasta", "clustalw")

或者，要使用AlignIO直接解析输出，可以使用StringIO将字符串转换为句柄：：

stdout, stderr = probcons_cline()
from io import StringIO
from Bio import AlignIO
align = AlignIO.read(StringIO(stdout), "clustalw")
__init__(cmd='probcons', **kwargs)

初始化类。

property a

按对齐顺序而不是输入顺序打印序列(默认值：关闭)

此属性控制-a开关的添加，将此属性视为布尔值。

property annot

将多重对齐的批注写入文件名

这控制-annot参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property clustalw

使用CLUSTALW输出格式而不是MFA

此属性控制-clustriw开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property consistency

使用0<=REPS<=5(默认值：2)次一致性转换

这控制-c参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property emissions

另请重新估计发射概率(默认值：禁用)

此属性控制-e开关的添加，将此属性视为布尔值。

property input

输入文件名。必须是多个FASTA对齐(MFA)格式

这控制输入参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property ir

使用0<=reps<=1000(默认值：100)次迭代细化

这控制-ir参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property pairs

生成所有配对的成对比对

此属性控制-PILES开关的添加，并将此属性视为布尔值。

property paramfile

从文件名读取参数

这控制-p参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property pre

使用0<=REPS<=20(默认值：0)轮次的预培训

这控制-pre参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property train

计算EM转换概率，存储在文件名中(默认值：无培训)

这控制-t参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property verbose

对齐时报告进度(默认值：关闭)

此属性控制-Verbose开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property viterbi

使用维特比算法生成所有对(自动启用对)

此属性控制-Viterbi开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Align.Applications.TCoffeeCommandline(cmd='t_coffee', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

TCoffee对齐程序的命令行对象。

http://www.tcoffee.org/Projects_home_page/t_coffee_home_page.html

T-Coffee命令行工具有很多开关和选项。这个包装器实现的选项非常有限-如果您想要帮助改进它，请联系。

注意事项

上次检查依据：Version_6.92

参考文献

T-Coffee：一种新的多序列比对方法。Notredame，Higgins，Heringa，JMB，302(205-217)2000

示例

要将FASTA文件(unaligned.fast a)与CluastW格式的输出(文件aln对齐)以及其他默认设置对齐，请使用：

>>> from Bio.Align.Applications import TCoffeeCommandline
>>> tcoffee_cline = TCoffeeCommandline(infile="unaligned.fasta",
...                                    output="clustalw",
...                                    outfile="aligned.aln")
>>> print(tcoffee_cline)
t_coffee -output clustalw -infile unaligned.fasta -outfile aligned.aln

您通常会使用tcafee_cline()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

SEQ_TYPES = ['dna', 'protein', 'dna_protein']
__init__(cmd='t_coffee', **kwargs)

初始化类。

property convert

指定要执行文件转换

此属性控制-Convert开关的添加，将此属性视为布尔值。

property gapext

表示扩大差距所适用的惩罚(负整数)

这控制-gapext参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gapopen

表示打开缺口所适用的惩罚(负整数)

这控制-gapopen参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property infile

指定输入文件。

这将控制-infile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property matrix

指定要使用的替换矩阵的文件名。默认值：blosum62mt

这控制-Matrix参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property mode

指定特殊模式：基因组、Quickaln、DALI、3d咖啡

这控制-mode参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outfile

指定输出文件。默认值：<您的序列>.aln

这控制-outfile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outorder

指定要输出的序列顺序具有序列顺序的FASTA文件的“输入”、“对齐”或

这控制-outorder参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property output

指定输出类型。

以下各项中的一个(或多个)(用逗号分隔)：‘clustriw_aln’、‘clustriw’、‘gcg’、‘msf_aln’、‘pir_aln’、‘FASTA_ALN’、‘phylip’、‘pir_seq’、‘Fasta_seq’

这控制-output参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property quiet

关闭日志输出

此属性控制-Quiet开关的添加，将此属性视为布尔值。

property type

指定要对齐的序列类型

这控制-type参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Align.Applications.MSAProbsCommandline(cmd='msaprobs', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

MSAProbs的命令行包装。

http://msaprobs.sourceforge.net

注意事项

上次对照版本检查：0.9.7

参考文献

刘永超，Bertil Schmidt，Douglas L.Maskell：“MSAProbs：基于对隐马尔可夫模型和配分函数后验概率的多序列比对”。生物信息学，2010，26(16)：1958-1964

示例

>>> from Bio.Align.Applications import MSAProbsCommandline
>>> in_file = "unaligned.fasta"
>>> out_file = "aligned.cla"
>>> cline = MSAProbsCommandline(infile=in_file, outfile=out_file, clustalw=True)
>>> print(cline)
msaprobs -o aligned.cla -clustalw unaligned.fasta

通常使用cline()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='msaprobs', **kwargs)

初始化类。

property alignment_order

按对齐顺序而不是输入顺序打印序列(默认值：关闭)

此属性控制-a开关的添加，将此属性视为布尔值。

property annot

将多重对齐的批注写入文件名

这控制-annot参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property clustalw

使用CLUSTALW输出格式代替FASTA格式

此属性控制-clustriw开关的添加，请将此属性视为布尔值。

property consistency

使用0<=REPS<=5(默认值：2)次一致性转换

这控制-c参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property infile

多序列输入文件

这将控制Infile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property iterative_refinement

使用0<=reps<=1000(默认值：10)次迭代细化

这控制-ir参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property numthreads

指定使用的线程数，否则将自动检测

这控制-num_threads参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property outfile

指定输出文件名(默认情况下为STDOUT)

这控制-o参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property verbose

对齐时报告进度(默认值：关闭)

此属性控制-v开关的添加，将此属性视为布尔值。

property version

打印出MSAPROBS版本

这控制-version参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。