Bio.Motifs.jaspar包

子模块

模块内容

JASPAR2014模块。

class Bio.motifs.jaspar.Motif(matrix_id, name, alphabet='ACGT', instances=None, counts=None, collection=None, tf_class=None, tf_family=None, species=None, tax_group=None, acc=None, data_type=None, medline=None, pazar_id=None, comment=None)

基类：Motif

Bio.Motifs.Motif的子类，用于表示Jaspar配置文件。

如果其他元数据信息可用，则会存储这些信息。元数据的可用性取决于Jaspar主题的来源(‘pfm’格式文件、‘Jaspar’格式文件或Jaspar数据库)。

__init__(matrix_id, name, alphabet='ACGT', instances=None, counts=None, collection=None, tf_class=None, tf_family=None, species=None, tax_group=None, acc=None, data_type=None, medline=None, pazar_id=None, comment=None)

构造一个Jaspar主题实例。

property base_id

返回Jaspar基矩阵ID。

property version

返回Jaspar矩阵版本。

__str__()

返回表示Jaspar配置文件的字符串。

我们选择仅提供填充元数据信息。

__hash__()

返回与Jaspar配置文件对应的散列键。

注意事项:

我们假设矩阵ID的唯一性

__eq__(other)

如果矩阵ID相同，则返回True。

class Bio.motifs.jaspar.Record

基类：list

表示Jaspar主题列表。

属性：

  • 版本：使用的Jaspar版本

__init__()

初始化类。

__str__()

返回记录中所有主题的字符串。

to_dict()

以矩阵字典的形式返回矩阵列表。

Bio.motifs.jaspar.read(handle, format)

从几种不同Jaspar格式之一的文件中读取Motif。

返回PFM的记录。根据传递的格式调用适当的例程。

Bio.motifs.jaspar.write(motifs, format)

返回“pfm”或“jaspar”格式的主题表示。

Bio.motifs.jaspar.calculate_pseudocounts(motif)

计算伪计数。

计算序列总数乘以背景核苷酸的平方根。

Bio.motifs.jaspar.split_jaspar_id(id)

将Jaspar矩阵ID拆分成其组件。

组件是基本ID和版本号，例如“MA0047.2”返回为(‘MA0047’，2)。