Bio.SwissProt.KeyWList模块

从SwissProt/UniProt解析keywlist.txt文件的代码。

请参见:
班级:
  • 记录在keywlist.txt文件中存储有关一个关键字或一个类别的信息。

功能:
  • 解析keywlist.txt文件并返回指向其包含的记录的迭代器。

class Bio.SwissProt.KeyWList.Record

基类:dict

存储关键字列表中的一个关键字或类别的信息。

该记录将一个关键字或类别的信息作为Python字典存储在keywlist.txt中。此词典中的键是可以出现在keywlist.txt文件中的行代码::

---------  ---------------------------     ----------------------
Line code  Content                         Occurrence in an entry
---------  ---------------------------     ----------------------
ID         Identifier (keyword)            Once; starts a keyword entry
IC         Identifier (category)           Once; starts a category entry
AC         Accession (KW-xxxx)             Once
DE         Definition                      Once or more
SY         Synonyms                        Optional; once or more
GO         Gene ontology (GO) mapping      Optional; once or more
HI         Hierarchy                       Optional; once or more
WW         Relevant WWW site               Optional; once or more
CA         Category                        Once per keyword entry; absent
                                           in category entries
__init__()

初始化类。

Bio.SwissProt.KeyWList.parse(handle)

从文件句柄解析关键字列表。

返回一个生成器对象,该对象生成作为Bio.SwissProt.KeyWList.Record()对象的关键字条目。