Bio.Sequencing.Phd模块

PHRAP和CONSED使用的Phred输出的PHD文件的解析器。

此模块可以直接使用，它将返回包含文件中所有原始数据的记录对象。

或者，使用“phd”格式的Bio.SeqIO将在内部调用此模块。这将为每个重叠群序列提供SeqRecord对象。

class Bio.Sequencing.Phd.Record

基类：object

保存来自PHD文件的信息。

__init__()

初始化类。

Bio.Sequencing.Phd.read(source)

从文件中读取一条PHD记录，并将其作为记录对象返回。

参数源是在文本模式下打开的类似文件的对象，或者是文件的路径。

此函数从源逐行读取PHD文件数据，并返回单个记录对象。如果在文件中找到多条记录，则引发ValueError。

Bio.Sequencing.Phd.parse(source)

迭代生成多个PHD记录的文件。

参数源是在文本模式下打开的类似文件的对象，或者是文件的路径。

数据是从源逐行读取的。

典型用法：：

records = parse(handle)
for record in records:
    # do something with the record object