Bio.Sequencing.Applications软件包

模块内容

对相关命令行应用程序包装进行排序(已过时)。

我们已经决定在将来删除此模块，建议您构建命令并直接通过子进程模块调用它。

class Bio.Sequencing.Applications.BwaIndexCommandline(cmd='bwa', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Burows Wheeler对齐程序(BWA)索引的命令行包装。

FASTA格式的索引数据库序列，相当于：

$ bwa index [-p prefix] [-a algoType] [-c] <in.db.fasta>

有关详细信息，请参阅http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml。

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import BwaIndexCommandline
>>> reference_genome = "/path/to/reference_genome.fasta"
>>> index_cmd = BwaIndexCommandline(infile=reference_genome, algorithm="bwtsw")
>>> print(index_cmd)
bwa index -a bwtsw /path/to/reference_genome.fasta

通常使用index_cmd()或通过Python子进程模块运行该命令，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='bwa', **kwargs)

初始化类。

property algorithm

构建BWT索引的算法。

可用选项包括：

• is：是构造后缀数组的线性时间算法。它需要5.37N内存，其中N是数据库的大小。IS速度中等，但不适用于大于2 GB的数据库。由于其简单性，IS是默认算法。

• bwtsw：在BWT-SW中实现的算法。这种方法适用于整个人类基因组，但不适用于小于10MB的数据库，而且通常比现在慢。

这控制-a参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property c

建立色彩空间索引。输入的FASTA应该在核苷酸空间内。

此属性控制-c开关的添加，将此属性视为布尔值。

property infile

输入文件名

这将控制Infile参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property prefix

输出数据库的前缀 [与数据库文件名相同]

这控制-p参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Sequencing.Applications.BwaAlignCommandline(cmd='bwa', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Burows Wheeler Aligner(BWA)ALN的命令行包装。

运行BWA对齐，相当于：

$ bwa aln [...] <in.db.fasta> <in.query.fq> > <out.sai>

有关详细信息，请参阅http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml。

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import BwaAlignCommandline
>>> reference_genome = "/path/to/reference_genome.fasta"
>>> read_file = "/path/to/read_1.fq"
>>> output_sai_file = "/path/to/read_1.sai"
>>> align_cmd = BwaAlignCommandline(reference=reference_genome, read_file=read_file)
>>> print(align_cmd)
bwa aln /path/to/reference_genome.fasta /path/to/read_1.fq

通常使用align_cmd(stdout=output_sai_file)或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='bwa', **kwargs)

初始化类。

property B

从5端开始的条形码长度。当int为正时，每次读取的条形码将在映射前修剪，并将写入BC SAM标签。对于成对端读取，连接来自两端的条形码。 [0]

这控制-B参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property E

缺口延长处罚 [4]

这控制-E参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property I

输入采用Illumina 1.3+读取格式(质量等于ASCII-64)。

此属性控制-i开关的添加，将此属性视为布尔值。

property M

不匹配的处罚。BWA不会搜索分数低于(Best Score-misMsc)的次优命中。 [3]

这控制-M参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property N

禁用迭代搜索。将找到差异不超过maxDiff的所有命中。此模式比默认模式慢得多。

此属性控制-N开关的添加，将此属性视为布尔值。

property O

空档罚球 [11]

这控制-O参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property R

如果最多只有整数个相同的最佳匹配，则继续进行次优比对。

此选项仅影响成对端贴图。增加此阈值有助于提高配对准确性，但会以速度为代价，特别是对于短读取(~32bp)。

这控制-R参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property b

指定输入读取序列文件为BAM格式

此属性控制-b开关的添加，将此属性视为布尔值。

property b1

指定-b时，在映射中仅使用读取对中的第一个读取(跳过单端读取和第二个读取)。

此属性控制-b1开关的添加，将此属性视为布尔值。

property b2

指定-b时，仅在映射中使用读取对中的第二个读取。

此属性控制-b2开关的添加，将此属性视为布尔值。

property c

反向查询，但不对其进行补充，这是颜色空间中对齐所必需的。

此属性控制-c开关的添加，将此属性视为布尔值。

property d

不允许在int bp内向3端进行长删除 [16]

这控制-d参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property e

最大间隙扩展数，k-差模式为-1(不允许长间隙) [-1]

这控制-e参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property i

不允许在INT BP内向两端插入 [5]

这控制-i参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property k

种子中的最大编辑距离 [2]

这控制-k参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property l

取第一个整型子序列作为种子。

如果int大于查询序列，将禁用种子设定。对于长时间读取，对于-k2，此选项的范围通常在25到35之间。 [inf]

这控制-l参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property n

如果该值为INT，则为最大编辑距离；如果为FLOAT，则为给定2%统一基本错误率的缺失对齐的分数。在后一种情况下，会自动为不同的读取长度选择最大编辑距离。 [0.04]

这控制-n参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property o

如果该值为INT，则为最大编辑距离；如果为FLOAT，则为给定2%统一基本错误率的缺失对齐的分数。在后一种情况下，会自动为不同的读取长度选择最大编辑距离。 [0.04]

这控制-o参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property q

用于读取修剪的参数 [0] 。

如果q_l<int，则BWA将读数向下修剪为argmax_x{sum_{i=x+1}^l(int-q_i)}，其中l是原始读取长度。

这控制-q参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property read_file

读取文件名

这控制READ_FILE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property reference

引用文件名

这控制参考参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property t

线程数(多线程模式) [1]

这控制-t参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Sequencing.Applications.BwaSamseCommandline(cmd='bwa', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Burows Wheeler Aligner(BWA)Samse的命令行包装。

在给定单端读取的情况下生成SAM格式的比对。等同于：

$ bwa samse [-n maxOcc] <in.db.fasta> <in.sai> <in.fq> > <out.sam>

有关详细信息，请参阅http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml。

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import BwaSamseCommandline
>>> reference_genome = "/path/to/reference_genome.fasta"
>>> read_file = "/path/to/read_1.fq"
>>> sai_file = "/path/to/read_1.sai"
>>> output_sam_file = "/path/to/read_1.sam"
>>> samse_cmd = BwaSamseCommandline(reference=reference_genome,
...                                 read_file=read_file, sai_file=sai_file)
>>> print(samse_cmd)
bwa samse /path/to/reference_genome.fasta /path/to/read_1.sai /path/to/read_1.fq

通常使用samse_cmd(stdout=output_sam_file)或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='bwa', **kwargs)

初始化类。

property n

正确配对的读取在XA标记中输出的最大对齐数。

如果读取有多个int命中，则不会写入XA标记。 [3]

这控制-n参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property r

以类似“@RG ID：FOO SM：BAR”的格式指定读取组。 [null]

这控制-r参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property read_file

读取文件名

这控制READ_FILE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property reference

引用文件名

这控制参考参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sai_file

SAI文件名

这控制着sai_file参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Sequencing.Applications.BwaSampeCommandline(cmd='bwa', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Burows Wheeler Aligner(BWA)Sampe的命令行包装。

在给定成对端读取的情况下，生成SAM格式的比对。相当于：

$ bwa sampe [...] <in.db.fasta> <in1.sai> <in2.sai> <in1.fq> <in2.fq> > <out.sam>

有关详细信息，请参阅http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml。

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import BwaSampeCommandline
>>> reference_genome = "/path/to/reference_genome.fasta"
>>> read_file1 = "/path/to/read_1.fq"
>>> read_file2 = "/path/to/read_2.fq"
>>> sai_file1 = "/path/to/read_1.sai"
>>> sai_file2 = "/path/to/read_2.sai"
>>> output_sam_file = "/path/to/output.sam"
>>> read_group = r"@RG\tID:foo\tSM:bar"  # BWA will turn backslash-t into tab
>>> sampe_cmd = BwaSampeCommandline(reference=reference_genome,
...                                 sai_file1=sai_file1, sai_file2=sai_file2,
...                                 read_file1=read_file1, read_file2=read_file2,
...                                 r=read_group)
>>> print(sampe_cmd)
bwa sampe /path/to/reference_genome.fasta /path/to/read_1.sai /path/to/read_2.sai /path/to/read_1.fq /path/to/read_2.fq -r @RG\tID:foo\tSM:bar

通常使用sampe_cmd(stdout=output_sam_file)或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='bwa', **kwargs)

初始化类。

property N

不一致读取对(不包括单例)的XA标记中输出的最大对齐数 [10] 。

如果读取有多个int命中，则不会写入XA标记。

这控制-N参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property a

要视为正确映射的读取对的最大插入大小 [500] 。

从0.4.5开始，此选项仅在没有足够的良好对齐来推断插入件大小分布时使用。

这控制-a参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property n

正确配对的读取在XA标记中输出的最大对齐数 [3] 。

如果读取有多个int命中，则不会写入XA标记。

这控制-n参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property o

用于配对的读取的最大出现次数 [100000] 。

出现次数较多的读取将被视为单端读取。减少此参数有助于更快地配对。

这控制-o参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property r

以类似“@RG ID：FOO SM：BAR”的格式指定读取组。 [null]

这控制-r参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property read_file1

读取文件%1

这控制READ_FILE1参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property read_file2

读取文件2

这控制READ_FILE2参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property reference

引用文件名

这控制参考参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sai_file1

SAI文件1

这控制sai_file1参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sai_file2

SAI文件2

这控制sai_file2参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Sequencing.Applications.BwaBwaswCommandline(cmd='bwa', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Burows Wheeler Aligner(BWA)BWAW的命令行包装器。

对齐FASTQ文件中的查询序列。相当于：

$ bwa bwasw [...] <in.db.fasta> <in.fq>

有关详细信息，请参阅http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml。

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import BwaBwaswCommandline
>>> reference_genome = "/path/to/reference_genome.fasta"
>>> read_file = "/path/to/read_1.fq"
>>> bwasw_cmd = BwaBwaswCommandline(reference=reference_genome, read_file=read_file)
>>> print(bwasw_cmd)
bwa bwasw /path/to/reference_genome.fasta /path/to/read_1.fq

您通常会使用bwasw_cmd()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='bwa', **kwargs)

初始化类。

property N

支持结果对齐以跳过反向对齐的最小种子数。 [5]

这控制-N参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property T

最小分数阈值除以 [37]

这控制-T参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property a

一场比赛的比分 [1]

这控制-a参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property b

失配处罚 [3]

这控制-b参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property c

根据查询长度调整阈值的系数 [5.5] 。

给定l-long查询，保留命中的阈值是 最大{{T，c log(L)}。

这控制-c参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property mate_file

配合锉

这控制Mate_FILE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property q

空档罚球 [5]

这控制-q参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property r

差距延长处罚。大小为k的连续间隙的惩罚是q+k*r。 [2]

这控制-r参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property read_file

读取文件

这控制READ_FILE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property reference

引用文件名

这控制参考参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property s

启动种子的最大SA间隔大小 [3] 。

-s越高，精度越高，但以速度为代价。

这控制-s参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property t

多线程模式下的线程数 [1]

这控制-t参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property w

带状路线中的带区宽度 [33]

这控制-w参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property z

Z-最佳启发式算法。z值越高，精度越高，但速度越低。 [1]

这控制-z参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Sequencing.Applications.BwaMemCommandline(cmd='bwa', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Burows Wheeler Aligner(BWA)mem的命令行包装。

使用单端或成对读取运行BWA-MEM对齐，相当于：

$ bwa mem [...] <in.db.fasta> <in1.fq> <in2.fq> > <out.sam>

有关详细信息，请参阅http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml。

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import BwaMemCommandline
>>> reference_genome = "/path/to/reference_genome.fasta"
>>> read_file = "/path/to/read_1.fq"
>>> output_sam_file = "/path/to/output.sam"
>>> align_cmd = BwaMemCommandline(reference=reference_genome, read_file1=read_file)
>>> print(align_cmd)
bwa mem /path/to/reference_genome.fasta /path/to/read_1.fq

通常使用ALIGN_cmd(stdout=output_sam_file)或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

__init__(cmd='bwa', **kwargs)

初始化类。

property A

相匹配的分数。 [1]

这控制-A参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property B

不匹配的处罚。序列错误率约为：{.75 * exp[-log(4) * B/A]}。 [4]

这控制-B参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property C

将FASTA/Q注释追加到SAM输出。此选项可用于将读取的元数据信息(例如条形码)传输到SAM输出。请注意，FASTA/Q注释(标题行中空格之后的字符串)必须符合SAM规范(例如BC：Z：CGTAC)。格式错误的注释会导致不正确的SAM输出。

此属性控制-C开关的添加，将此属性视为布尔值。

property E

差距延长处罚。长度为k的间隙花费O+k*E(即-O用于打开零长度间隙)。 [1]

这控制-E参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property H

在SAM输出中使用硬剪裁‘H’。当映射长重叠群或BAC序列时，该选项可以显著降低输出的冗余。

此属性控制-H开关的添加，将此属性视为布尔值。

property L

剪裁处罚。当执行SW扩展时，BWA-MEM跟踪到达查询结尾的最佳分数。如果此分数大于最佳SW分数减去裁剪惩罚，则不会应用裁剪。请注意，在这种情况下，SAM AS标记报告最佳SW分数；不扣除剪裁惩罚。 [5]

这控制-L参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property M

将较短的拆分命中标记为次要(为了与Picard兼容)。

此属性控制-M开关的添加，将此属性视为布尔值。

property O

空档罚球。 [6]

这控制-O参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property P

在配对模式下，执行SW仅修复丢失的命中，但不要尝试找到适合正确配对的命中。

此属性控制-P开关的添加，将此属性视为布尔值。

property R

完成读取组标题行。‘t’可以在STR中使用，并将在输出SAM中转换为TAB。读取组ID将附加到输出中的每个读取。例如‘@RG ID：foo SM：bar’。 [null]

这控制-R参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property T

不输出分数低于int的对齐。此选项仅影响输出。 [30]

这控制-T参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property U

未配对的读取对的惩罚。BWA-MEM将未配对的读取对评分为scoreRead1+scoreRead2-int，并将配对的读取对评分为scoreRead1+scoreRead2-insert。它将这两个分数进行比较，以确定我们是否应该强制配对。 [9]

这控制-U参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property a

为单端或未配对的成对端读取输出所有找到的对齐。这些路线将标记为二次路线。

此属性控制-a开关的添加，将此属性视为布尔值。

property c

如果一个MEM在基因组中出现多个int，则丢弃该MEM。这是一个不敏感的参数。 [10000]

这控制-c参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property d

非对角线X衰减(Z衰减)。当最佳扩展分数与当前扩展分数之差大于i-j*A+int时停止扩展，其中i和j分别是查询和引用的当前位置，A是匹配分数。Z-Dropoff类似于BLAST的X-Dropoff，不同之处在于它不会惩罚比对中的一个序列中的间隙。Z衰减不仅可以避免不必要的延伸，还可以减少长而好的对齐中的不良对齐。 [100]

这控制-d参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property k

最小种子长度。短于int的比赛将被错过。对准速度通常对此值不敏感，除非它明显偏离20。 [19]

这控制-k参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property p

假设第一个输入查询文件是交错的成对末端Fasta/Q。有关详细信息，请参阅命令说明。

此属性控制-p开关的添加，将此属性视为布尔值。

property r

触发对大于minSeedLen*Float的MEM重新设定种子。这是调优性能的关键启发式参数。值越大，种子越少，这会导致对齐速度较快，但精度较低。 [1.5]

这控制-r参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property read_file1

读取1个文件名

这控制READ_FILE1参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property read_file2

读取%2文件名

这控制READ_FILE2参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property reference

引用文件名

这控制参考参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property t

线程数 [1]

这控制-t参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property v

控制输出的详细级别。整个BWA并不完全支持此选项。理想情况下，值0表示禁用对stderr的所有输出；值1表示仅输出错误；值2表示警告和错误；值3表示所有正常消息；值4或更高值表示调试。当此选项取值4时，输出不是SAM。 [3]

这控制-v参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property w

带宽。从本质上讲，将找不到比int更长的间隙。请注意，最大间隙长度还受得分矩阵和命中长度的影响，而不是仅由此选项决定。 [100]

这控制-w参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Sequencing.Applications.NovoalignCommandline(cmd='novoalign', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Novocraft为novoalign提供的命令行包装。

参见www.novocraft.com-novoign是一个简短的读对齐程序。

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import NovoalignCommandline
>>> novoalign_cline = NovoalignCommandline(database='some_db',
...                                        readfile='some_seq.txt')
>>> print(novoalign_cline)
novoalign -d some_db -f some_seq.txt

与所有Biopython应用程序包装一样，您也可以在创建对象后添加或更改选项：

>>> novoalign_cline.format = 'PRBnSEQ'
>>> novoalign_cline.r_method='0.99' # limited valid values
>>> novoalign_cline.fragment = '250 20' # must be given as a string
>>> novoalign_cline.miRNA = 100
>>> print(novoalign_cline)
novoalign -d some_db -f some_seq.txt -F PRBnSEQ -r 0.99 -i 250 20 -m 100

您通常会使用novoalign_cline()或通过Python子进程模块运行命令行，如Biopython教程中所述。

上次对照版本检查：2.05.04

__init__(cmd='novoalign', **kwargs)

初始化类。

property adapter3

在比对前剥离3‘接头序列。

对于成对的两端，可以指定两个适配器

这控制-a参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property adapter5

剥离5‘接头序列。

类似于-a(适配器3)，但在5‘端。

这控制-5参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property cores

线程数，在免费版本中禁用 [默认值：核数]

这控制-c参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property database

数据库文件名

这控制-d参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property format

读取文件的格式。

允许值：FA、SLXFQ、STDFQ、ILMFQ、PRB、PRBnSEQ

这控制-F参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property fragment

片段长度(2个读取+插入)和标准偏差 [默认值：250 30]

这控制-i参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gap_extend

差距延伸处罚 [默认值：15]

这控制-x参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property gap_open

缺口开局罚球 [默认值：40]

这控制-g参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property good_bases

优质基地最低数量 [default: log(N_g, 4) + 5]

这控制-l参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property homopolymer

均聚物阅读过滤 [默认值：20；禁用：负值]

这控制-h参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property miRNA

设置miRNA模式，并可选择设置扫描区域的值 [默认值：关闭]

这控制-m参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property qual_digits

质量分数的十进制数字 [默认值：0]

这控制-q参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property quality

要报告路线的较低阈值 [默认值：0]

这控制-q参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property r_method

方法来报告具有多个匹配项的读取。

允许值：无、随机、全部、穷举、0.99“全部”和“穷举”接受限制。

这控制-r参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property read_cal

从文件读取质量校准(不匹配计数)

这控制-k参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property readfile

读取文件

这控制-f参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property recorded

记录的路线得分等于最佳。

默认值：默认读取方式为1000，否则无限制。

这控制-e参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property repeats

如果分数差异较大，则重复报告。

否则，将应用-r读取方法 [默认值：5]

这控制-R参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property report

指定报告格式。

允许值：NATIVE、PARIWAY、SAM默认值：NATIVE

这控制-o参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property threshold

对齐分数的阈值

这控制-t参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property trimming

如果未能对齐，则按s个碱基进行修剪，直到它们映射或变得比l短。

默认值：2

这控制-s参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property truncate

在对齐之前截断到特定长度

这控制-n参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property unconverted

实验：亚硫酸氢盐模式下未转化的胞嘧啶惩罚

默认：不受处罚

这控制-u参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property variation

结构变异罚金 [默认值：70]

这控制-v参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property write_cal

累计不匹配计数并写入文件

这控制-K参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsViewCommandline(cmd='samtools', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Samtools视图的命令行包装。

以SAM或BAM格式提取/打印所有或子路线，相当于：

$ samtools view [-bchuHS] [-t in.refList] [-o output] [-f reqFlag]
                [-F skipFlag] [-q minMapQ] [-l library] [-r readGroup]
                [-R rgFile] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]]

有关更多详细信息，请参阅http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import SamtoolsViewCommandline
>>> input_file = "/path/to/sam_or_bam_file"
>>> samtools_view_cmd = SamtoolsViewCommandline(input_file=input_file)
>>> print(samtools_view_cmd)
samtools view /path/to/sam_or_bam_file

__init__(cmd='samtools', **kwargs)

初始化类。

property F

跳过位在整型中的对齐

这控制-F参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property H

仅输出标题

此属性控制-H开关的添加，将此属性视为布尔值。

property R

文件中列出的读取组中的输出读取

这控制-R参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property S

输入采用SAM格式。

如果缺少@sq标题行，则需要‘-t’选项。

此属性控制-S开关的添加，将此属性视为布尔值。

property b

BAM格式的输出

此属性控制-b开关的添加，将此属性视为布尔值。

property c

不打印路线，只对它们进行计数并

打印总数。

考虑所有过滤选项，例如‘-f’、‘-F’和‘-q’

此属性控制-c开关的添加，将此属性视为布尔值。

property f

仅具有以下所有位的输出对齐

标志字段中存在INT

这控制-f参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property fast_bam

使用zlib压缩级别1压缩输出

此属性控制-1开关的添加，将此属性视为布尔值。

property h

在输出中包括标头

此属性控制-h开关的添加，将此属性视为布尔值。

property input_file

输入文件名

这控制输入参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property l

仅库STR中的输出读取

这控制-l参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property o

输出文件

这控制-o参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property q

跳过MAPQ小于整数的路线

这控制-q参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property r

仅读取组STR中的输出读取

这控制-r参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property region

区域

这将控制REGION参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property t

此文件以制表符分隔。

每行必须包含引用名称和引用的长度，每个不同的引用占一行；其他字段将被忽略。

该文件还定义了排序中参考序列的顺序。如果运行‘Samtools faidx<ref.fa>’，则生成的索引文件<ref.fa>.fai可以用作此<in.ref_list>文件。

这控制-t参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property u

输出未压缩的BAM。

此选项可节省压缩/解压缩所花费的时间，因此在将输出通过管道传输到另一个Samtools命令时是首选选项

此属性控制-u开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsCalmdCommandline(cmd='samtools', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Samtools的命令行包装器calmd。

生成MD标签，相当于：：

$ samtools calmd [-EeubSr] [-C capQcoef] <aln.bam> <ref.fasta>

有关更多详细信息，请参阅http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import SamtoolsCalmdCommandline
>>> input_bam = "/path/to/aln.bam"
>>> reference_fasta = "/path/to/reference.fasta"
>>> calmd_cmd = SamtoolsCalmdCommandline(input_bam=input_bam,
...                                      reference=reference_fasta)
>>> print(calmd_cmd)
samtools calmd /path/to/aln.bam /path/to/reference.fasta

__init__(cmd='samtools', **kwargs)

初始化类。

property A

当与-r一起使用时，此选项将覆盖

原基层质量

此属性控制-A开关的添加，将此属性视为布尔值。

property C

限制映射质量的系数

映射不佳的读取。

有关详细信息，请参阅PILEUP命令。

这控制-C参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property E

扩展的BAQ计算。

此选项以特异性换取敏感性，尽管影响很小。

此属性控制-E开关的添加，将此属性视为布尔值。

property S

输入是带有标题行的SAM

此属性控制-S开关的添加，将此属性视为布尔值。

property b

输出压缩的BAM

此属性控制-b开关的添加，将此属性视为布尔值。

property e

如果是，则将读取基数转换为=

与对准的基准底座相同。

Indel调用方目前不支持=BASE。

此属性控制-e开关的添加，将此属性视为布尔值。

property input_bam

输入BAM

这控制输入参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property r

计算BQ标签(不带-A)

或用BAQ(带-A)表示封底质量。

此属性控制-r开关的添加，将此属性视为布尔值。

property ref

要编制索引的参考FASTA

这控制参考参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property u

输出未压缩的BAM

此属性控制-u开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsCatCommandline(cmd='samtools', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Samtools cat的命令行包装。

串联BAMS，相当于：：

$ samtools cat [-h header.sam] [-o out.bam] <in1.bam> <in2.bam> [ ... ]

有关更多详细信息，请参阅http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import SamtoolsCatCommandline
>>> input_bam1 = "/path/to/input_bam1"
>>> input_bam2 = "/path/to/input_bam2"
>>> input_bams = [input_bam1, input_bam2]
>>> samtools_cat_cmd = SamtoolsCatCommandline(input_bam=input_bams)
>>> print(samtools_cat_cmd)
samtools cat /path/to/input_bam1 /path/to/input_bam2

__init__(cmd='samtools', **kwargs)

初始化类。

property bams

输入BAM文件

这控制输入参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property h

标题SAM文件

这控制-h参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property o

输出SAM文件

这控制-o参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsFaidxCommandline(cmd='samtools', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Samtools faidx的命令行包装器。

检索并打印索引文件中的统计信息，相当于：：

$ samtools faidx <ref.fasta> [region1 [...]]

有关更多详细信息，请参阅http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import SamtoolsFaidxCommandline
>>> reference = "/path/to/reference.fasta"
>>> samtools_faidx_cmd = SamtoolsFaidxCommandline(reference=reference)
>>> print(samtools_faidx_cmd)
samtools faidx /path/to/reference.fasta

__init__(cmd='samtools', **kwargs)

初始化类。

property ref

要编制索引的参考FASTA

这控制参考参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsFixmateCommandline(cmd='samtools', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Samtools fixmate的命令行包装器。

从按名称排序的路线中填写Mate坐标、ISIZE和Mate相关标志，相当于：：

$ samtools fixmate <in.nameSrt.bam> <out.bam>

有关更多详细信息，请参阅http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import SamtoolsFixmateCommandline
>>> in_bam = "/path/to/in.nameSrt.bam"
>>> out_bam = "/path/to/out.bam"
>>> fixmate_cmd = SamtoolsFixmateCommandline(input_bam=in_bam,
...                                          out_bam=out_bam)
>>> print(fixmate_cmd)
samtools fixmate /path/to/in.nameSrt.bam /path/to/out.bam

__init__(cmd='samtools', **kwargs)

初始化类。

property input_file

命名已排序的路线文件

这控制in_bam参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property output_file

输出文件

这控制out_bam参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsIdxstatsCommandline(cmd='samtools', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Samtools idxstats的命令行包装器。

检索并打印索引文件中的统计信息，相当于：：

$ samtools idxstats <aln.bam>

有关更多详细信息，请参阅http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import SamtoolsIdxstatsCommandline
>>> input = "/path/to/aln_bam"
>>> samtools_idxstats_cmd = SamtoolsIdxstatsCommandline(input_bam=input)
>>> print(samtools_idxstats_cmd)
samtools idxstats /path/to/aln_bam

__init__(cmd='samtools', **kwargs)

初始化类。

property input_bam

要编制索引的BAM文件

这控制输入参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsIndexCommandline(cmd='samtools', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Samtools索引的命令行包装。

用于快速随机访问的索引排序对齐，等同于：：

$ samtools index <aln.bam>

有关更多详细信息，请参阅http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import SamtoolsIndexCommandline
>>> input = "/path/to/aln_bam"
>>> samtools_index_cmd = SamtoolsIndexCommandline(input_bam=input)
>>> print(samtools_index_cmd)
samtools index /path/to/aln_bam

__init__(cmd='samtools', **kwargs)

初始化类。

property input_bam

要编制索引的BAM文件

这控制输入参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMergeCommandline(cmd='samtools', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Samtools合并的命令行包装。

合并多条排序路线，相当于：

$ samtools merge [-nur1f] [-h inh.sam] [-R reg]
                 <out.bam> <in1.bam> <in2.bam> [...]

有关更多详细信息，请参阅http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import SamtoolsMergeCommandline
>>> out_bam = "/path/to/out_bam"
>>> in_bam = ["/path/to/input_bam1", "/path/to/input_bam2"]
>>> merge_cmd = SamtoolsMergeCommandline(out_bam=out_bam,
...                                      input_bam=in_bam)
>>> print(merge_cmd)
samtools merge /path/to/out_bam /path/to/input_bam1 /path/to/input_bam2

__init__(cmd='samtools', **kwargs)

初始化类。

property R

合并由STR指示的指定区域中的文件

这控制-R参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property bam

输入BAM

这控制着input_bam参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property f

强制覆盖

输出文件(如果存在)

此属性控制-f开关的添加，将此属性视为布尔值。

property fast_bam

使用zlib压缩级别1

要压缩输出，请执行以下操作

此属性控制-1开关的添加，将此属性视为布尔值。

property h

将文件行用作“@”

要复制到out.bam的标头

这控制-h参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property n

输入路线按读取名称排序

而不是通过染色体坐标

此属性控制-n开关的添加，将此属性视为布尔值。

property output

输出BAM文件

这控制着output_bam参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property r

将RG标记附着到每条路线。

标记值是从文件名推断出来的

此属性控制-r开关的添加，将此属性视为布尔值。

property u

未压缩的BAM输出

此属性控制-u开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsMpileupCommandline(cmd='samtools', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Samtools mpileup的命令行包装器。

为一个或多个BAM文件生成BCF或PILEUP，相当于：

$ samtools mpileup [-EBug] [-C capQcoef] [-r reg] [-f in.fa]
                   [-l list] [-M capMapQ] [-Q minBaseQ]
                   [-q minMapQ] in.bam [in2.bam [...]]

有关更多详细信息，请参阅http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import SamtoolsMpileupCommandline
>>> input = ["/path/to/sam_or_bam_file"]
>>> samtools_mpileup_cmd = SamtoolsMpileupCommandline(input_file=input)
>>> print(samtools_mpileup_cmd)
samtools mpileup /path/to/sam_or_bam_file

__init__(cmd='samtools', **kwargs)

初始化类。

property A

不要跳过变量调用中的异常读取对。

此属性控制-A开关的添加，将此属性视为布尔值。

property B

禁用的概率重新对齐

基地对准质量(BAQ)的计算。

BAQ是读取碱基未对齐的按相位标度的概率。应用此选项极大地有助于减少未对齐导致的错误SNP

此属性控制-B开关的添加，将此属性视为布尔值。

property C

地图质量降级系数

包含过多不匹配的读取。

给定具有从映射位置生成的按相位缩放的概率q的读取，新的映射质量约为sqrt((int-q)/int)*int。零值将禁用此功能；如果启用，则BWA的推荐值为50

这控制-C参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property D

每样本输出读取深度

此属性控制-D开关的添加，将此属性视为布尔值。

property E

扩展的BAQ计算。

此选项有助于敏感性，特别是对MNP，但可能会稍微损害特异性

此属性控制-E开关的添加，将此属性视为布尔值。

property I

不执行Indel调用

此属性控制-i开关的添加，将此属性视为布尔值。

property L

如果每个样本的平均值为

深度大于int

这控制-L参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property M

以M为单位的封口贴图质量

这控制-M参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property Q

要考虑的基础的最低基础质量

这控制-q参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property S

按样本相位缩放的输出

绞线偏向P值

此属性控制-S开关的添加，将此属性视为布尔值。

property b

输入BAM文件列表，每行一个文件

这控制-b参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property d

在某个位置，每个输入BAM最多读取int个数据

这控制-d参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property e

相位比例间隔扩展排序错误概率。

减小INT会导致更长的INDELS

这控制-e参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property f

FASTA格式的FAIDX索引参考文件。

可以选择使用razip压缩该文件

这控制-f参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property g

计算基因型可能性并将其输出到

二进制呼叫格式(BCF)

此属性控制-g开关的添加，将此属性视为布尔值。

property h

用于建模均聚物误差的系数。

在给定l-长均聚物运行的情况下，大小为s的indel的测序误差被建模为int*s/l

这控制-h参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property illumina_13

假设质量为Illumina 1.3+编码

此属性控制-6开关的添加，将此属性视为布尔值。

property input_file

生成mpileup的输入文件

这控制INPUT_FILE参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property l

包含区域列表的床位或位置列表文件

或应生成堆积或BCF的站点

这控制-l参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property o

相移比例的间隙开放排序错误概率。

减少int会导致更多的indel调用。

这控制-o参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property p

逗号分隔的平台列表(由@RG-PL确定)

从其中获得INDELL候选。

建议从Indel错误率较低的测序技术(如Illumina)收集Indel候选

这控制-p参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property q

要使用的路线的最低制图质量

这控制-q参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property r

仅在区域STR中生成堆积

这控制-r参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property u

与-g类似，不同之处在于输出为

未压缩的BCF，这是管道首选的

此属性控制-u开关的添加，将此属性视为布尔值。

class Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsPhaseCommandline(cmd='samtools', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Samtools阶段的命令行包装。

呼唤和相位杂合SNP，相当于：：

$ samtools phase [-AF] [-k len] [-b prefix]
                 [-q minLOD] [-Q minBaseQ] <in.bam>

有关更多详细信息，请参阅http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import SamtoolsPhaseCommandline
>>> input_bam = "/path/to/in.bam"
>>> samtools_phase_cmd = SamtoolsPhaseCommandline(input_bam=input_bam)
>>> print(samtools_phase_cmd)
samtools phase /path/to/in.bam

__init__(cmd='samtools', **kwargs)

初始化类。

property A

丢弃阶段不明确的读取

此属性控制-A开关的添加，将此属性视为布尔值。

property F

不要尝试修复嵌合读取

此属性控制-F开关的添加，将此属性视为布尔值。

property Q

最低基本质量为

在HET通话中使用

这控制-q参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property b

BAM输出的前缀

这控制-b参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property in_bam

输入文件

这控制输入参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property k

本地相位的最大长度

这控制-k参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property q

最小相位缩放详细等级至

称杂合子为杂合子

这控制-q参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsReheaderCommandline(cmd='samtools', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Samtools重新标头的命令行包装。

将in.bam中的标题替换为in.header.sam中的标题，相当于：：

$ samtools reheader <in.header.sam> <in.bam>

有关更多详细信息，请参阅http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import SamtoolsReheaderCommandline
>>> input_header = "/path/to/header_sam_file"
>>> input_bam = "/path/to/input_bam_file"
>>> reheader_cmd = SamtoolsReheaderCommandline(input_header=input_header,
...                                            input_bam=input_bam)
>>> print(reheader_cmd)
samtools reheader /path/to/header_sam_file /path/to/input_bam_file

__init__(cmd='samtools', **kwargs)

初始化类。

property bam_file

用于写入标题的BAM文件

这控制着input_bam参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property sam_file

带标头的SAM文件

这控制INPUT_HEADER参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsRmdupCommandline(cmd='samtools', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Samtools rmdup的命令行包装。

删除潜在的PCR重复项，相当于：：

$ samtools rmdup [-sS] <input.srt.bam> <out.bam>

有关更多详细信息，请参阅http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import SamtoolsRmdupCommandline
>>> input_sorted_bam = "/path/to/input.srt.bam"
>>> out_bam = "/path/to/out.bam"
>>> rmdup_cmd = SamtoolsRmdupCommandline(input_bam=input_sorted_bam,
...                                      out_bam=out_bam)
>>> print(rmdup_cmd)
samtools rmdup /path/to/input.srt.bam /path/to/out.bam

__init__(cmd='samtools', **kwargs)

初始化类。

property S

处理成对端读取

作为单端读取

此属性控制-S开关的添加，将此属性视为布尔值。

property input_file

命名已排序的路线文件

这控制in_bam参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property output_file

输出文件

这控制out_bam参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property s

删除单端读取的重复项。

默认情况下，该命令仅适用于成对端读取

此属性控制-s开关的添加，将此属性视为布尔值。

Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsSortCommandline

SamtoolsVersion0xSortCommandline 的别名

class Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsVersion0xSortCommandline(cmd='samtools', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Samtools版本0.1.x的命令行包装排序。

串联BAMS，相当于：：

$ samtools sort [-no] [-m maxMem] <in.bam> <out.prefix>

有关更多详细信息，请参阅http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import SamtoolsVersion0xSortCommandline
>>> input_bam = "/path/to/input_bam"
>>> out_prefix = "/path/to/out_prefix"
>>> samtools_sort_cmd = SamtoolsVersion0xSortCommandline(input=input_bam, out_prefix=out_prefix)
>>> print(samtools_sort_cmd)
samtools sort /path/to/input_bam /path/to/out_prefix

__init__(cmd='samtools', **kwargs)

初始化类。

property input

输入BAM文件

这控制输入参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property m

大约所需的最大内存

这控制-m参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property n

而不是按已读名称排序

而不是通过染色体坐标

此属性控制-n开关的添加，将此属性视为布尔值。

property o

输出最终对齐

转换为标准输出

此属性控制-o开关的添加，将此属性视为布尔值。

property out_prefix

输出前缀

这控制OUT_PREFIX参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsVersion1xSortCommandline(cmd='samtools', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Samtools版本1.3.x的命令行包装器排序。

串联BAMS，相当于：：

$ samtools sort [-n] [-T FREFIX] [-o file] [-I INT] [-m maxMem] <in.bam>

有关更多详细信息，请参阅http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import SamtoolsVersion1xSortCommandline
>>> input_bam = "/path/to/input_bam"
>>> FREFIX = "/path/to/out_prefix"
>>> file_name = "/path/to/out_file"
>>> samtools_sort_cmd = SamtoolsVersion1xSortCommandline(input=input_bam, T=FREFIX, o=file_name)
>>> print(samtools_sort_cmd)
samtools sort -o /path/to/out_file -T /path/to/out_prefix /path/to/input_bam

__init__(cmd='samtools', **kwargs)

初始化类。

property I

(Int)为最终输出文件设置所需的压缩级别，

范围从0(未压缩)或1(最快但最小的压缩)到9(最好的压缩但最慢的写入)，类似于gzip(1)的压缩级别设置。

这控制-i参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property O

(格式)将最终输出写为Sam、bam或crm

这控制-O参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property T

(前缀)将临时文件写入PREFIX.nnn.bam，或者如果指定的前缀

是一个现有目录，前缀为/samtools.mmm.mmm.tmp.nnn.bam，其中mmm对于这次调用排序命令是唯一的

这控制-T参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property input

输入SAM/BAM/CRAM文件

这控制输入参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property m

大约所需的最大内存

这控制-m参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property n

而不是按已读名称排序

而不是通过染色体坐标

此属性控制-n开关的添加，将此属性视为布尔值。

property o

(文件)将最终排序的输出写入文件，

而不是标准输出

这控制-o参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

class Bio.Sequencing.Applications.SamtoolsTargetcutCommandline(cmd='samtools', **kwargs)

基类：AbstractCommandline

Samtools targetCut的命令行包装器。

此命令通过检查读取深度的连续性来识别目标区域，计算目标的单倍体一致序列，并输出SAM，每个序列对应一个目标，相当于：

$ samtools targetcut [-Q minBaseQ] [-i inPenalty] [-0 em0]
                     [-1 em1] [-2 em2] [-f ref] <in.bam>

有关更多详细信息，请参阅http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml

示例

>>> from Bio.Sequencing.Applications import SamtoolsTargetcutCommandline
>>> input_bam = "/path/to/aln.bam"
>>> samtools_targetcut_cmd = SamtoolsTargetcutCommandline(input_bam=input_bam)
>>> print(samtools_targetcut_cmd)
samtools targetcut /path/to/aln.bam

__init__(cmd='samtools', **kwargs)

初始化类。

property Q

最低基本质量

这控制-q参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property em0

这控制-0参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property em1

这控制参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property em2

这控制参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property f

引用文件名

这控制-f参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property i

插入罚金

这控制-i参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。

property in_bam

输入文件

这控制输入参数及其关联值的添加。将此属性设置为所需的参数值。