Bio.SeqUtils.lcc模块¶
局部合成复杂性。
- Bio.SeqUtils.lcc.lcc_mult(seq, wsize)¶
计算滑动窗口上的局部合成复杂度(LCC)值。
返回浮点数列表,即序列上滑动窗口的LCC值。
SEQ-明确的DNA序列(字符串或Seq对象)wsize-窗口大小,整数
结果与多次应用lcc_simp相同,但此版本在速度上进行了优化。优化是以上一个窗口的值作为计算下一个窗口的基础进行的。
- Bio.SeqUtils.lcc.lcc_simp(seq)¶
计算序列的局部合成复杂度(LCC)。
SEQ-明确的DNA序列(字符串或序列对象)
返回整个序列的局部合成复杂性(LCC)值(浮点型)。
参考文献:Andrzej K Konopka(2005年)序列复杂性和组成https://doi.org/10.1038/npg.els.0005260