Bio.SeqUtils.lcc模块

局部合成复杂性。

Bio.SeqUtils.lcc.lcc_mult(seq, wsize)

计算滑动窗口上的局部合成复杂度(LCC)值。

返回浮点数列表,即序列上滑动窗口的LCC值。

SEQ-明确的DNA序列(字符串或Seq对象)wsize-窗口大小,整数

结果与多次应用lcc_simp相同,但此版本在速度上进行了优化。优化是以上一个窗口的值作为计算下一个窗口的基础进行的。

Bio.SeqUtils.lcc.lcc_simp(seq)

计算序列的局部合成复杂度(LCC)。

SEQ-明确的DNA序列(字符串或序列对象)

返回整个序列的局部合成复杂性(LCC)值(浮点型)。

参考文献:Andrzej K Konopka(2005年)序列复杂性和组成https://doi.org/10.1038/npg.els.0005260