Bio.SeqIO.UniprotIO模块¶

Bio.SeqIO支持“UniProt-XML”文件格式。

UniProt XML格式实质上取代了最初由SwissProt引入的旧纯文本文件格式(Bio.SeqIO中的“Swiss”格式)。

Bio.SeqIO.UniprotIO.UniprotIterator(source, alphabet=None, return_raw_comments=False)¶

将UniProt XML作为SeqRecord对象迭代。

一次从任何UniProt XML文件中解析一个XML条目，为每个迭代返回一个SeqRecord

该发生器可以在Bio.SeqIO中使用

参数源是类似文件的对象或文件的路径。

不应再使用可选参数字母表。

RETURN_RAW_COMMENTS=True-->注释字段以完整的XML形式返回，以便进一步处理SKIP_PARSING_ERROR=True-->如果发现解析错误，请跳到下一个条目

class Bio.SeqIO.UniprotIO.Parser(elem, alphabet=None, return_raw_comments=False)¶

基类：object

将UniProt XML条目解析为SeqRecord。

不再使用可选参数字母表。

RETURN_RAW_COMMENTS=True，返回XML格式的完整注释字段