Bio.SeqIO.TabIO模块

Bio.SeqIO支持“tab”(简单制表符分隔)文件格式。

您需要通过Bio.SeqIO函数使用此模块。

“制表符”格式是一种特殊的纯文本文件格式，其中每个序列都在一行(长)上。每行都包含标识符/描述，后跟一个制表符，然后是序列。例如，考虑以下简短的FASTA格式文件：

>ID123456 possible binding site?
CATCNAGATGACACTACGACTACGACTCAGACTAC
>ID123457 random sequence
ACACTACGACTACGACTCAGACTACAAN

除了描述之外，还可以用简单的两列制表符分隔格式表示，如下所示：

ID123456(tab)CATCNAGATGACACTACGACTACGACTCAGACTAC
ID123457(tab)ACACTACGACTACGACTCAGACTACAAN

读取此文件时，“ID123456”或“ID123457”将被视为记录的.id和.name属性。没有要记录的其他信息。

类似地，当写入此格式时，Biopython将只记录记录的.id和.seq(而不是描述或任何其他信息)，如上面的示例所示。

class Bio.SeqIO.TabIO.TabIterator(source)

基类：SequenceIterator

制表符分隔文件的解析器。

__init__(source)

将制表符分隔的行作为SeqRecord对象进行迭代。

文件的每一行应该只包含一个制表符，将该行分为标识符和完整序列。

参数：

• 以文本模式打开的类似源文件的对象，或指向文件的路径

第一个字段被用作记录的.id和.name(与文本中的任何空格无关)，第二个字段是序列。

任何空行都将被忽略。

示例

>>> with open("GenBank/NC_005816.tsv") as handle:
...     for record in TabIterator(handle):
...         print("%s length %i" % (record.id, len(record)))
gi|45478712|ref|NP_995567.1| length 340
gi|45478713|ref|NP_995568.1| length 260
gi|45478714|ref|NP_995569.1| length 64
gi|45478715|ref|NP_995570.1| length 123
gi|45478716|ref|NP_995571.1| length 145
gi|45478717|ref|NP_995572.1| length 357
gi|45478718|ref|NP_995573.1| length 138
gi|45478719|ref|NP_995574.1| length 312
gi|45478720|ref|NP_995575.1| length 99
gi|45478721|ref|NP_995576.1| length 90

parse(handle)

开始解析文件，并返回SeqRecord生成器。

iterate(handle)

解析文件并生成SeqRecord对象。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.SeqIO.TabIO.TabWriter(target, mode='w')

基类：SequenceWriter

类编写简单的制表符分隔格式文件。

每行仅由“id(制表符)序列”组成。

不记录任何描述、名称或其他注释。

此类不能直接使用。请改用函数 as_tab ，或顶层 Bio.SeqIO.write() 使用函数 format="tab" 。

write_record(record)

将单个选项卡行写入文件。

Bio.SeqIO.TabIO.as_tab(record)

以制表符分隔(id(Tab)seq)字符串形式返回记录。