Bio.SearchIO.InterproscanIO包¶

子模块¶

Bio.SearchIO.InterproscanIO.interproscan_xml模块
- InterproscanXmlParser
  - InterproscanXmlParser.__init__()
  - InterproscanXmlParser.__iter__()

模块内容¶

Bio.SearchIO支持InterProScan输出格式。

此模块添加了对解析InterProScan XML输出的支持。InterProScan以命令行程序的形式提供，也可以在EMBL-EBI的网页上找到。Bio.SearchIO.InterproscanIO在以下版本上进行了测试：

版本：5.26-65.0(interproscan-model-2.1.xsd)

有关InterProScan的更多信息可通过以下链接获得：-发布：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3998142/-网络界面：https://www.ebi.ac.uk/interpro/search/sequence-search-文档：https://github.com/ebi-pf-team/interproscan/wiki

支持的格式¶

Bio.SearchIO.InterproscanIO支持以下格式：

XML-‘interproscan-xml’-解析

Interproscan-XML¶

InterproScan-XML解析器遵循此处描述的InterProScan XML：https://github.com/ebi-pf-team/interproscan/wiki/OutputFormats

对象	属性	XML元素
QueryResult	目标	`InterPro`
	计划	`InterProScan`
	版本	`protein-matches.interproscan-version`
命中	加入	`signature.name`
	ID号	`signature.ac`
	描述	`signature.desc`
	dbxrefs	`IPR:entry.ac` `go-xref.id` `pathway-xref.db:pathway-xref.id`
	attributes ['Target'] ['Target version'] ['Hit type']	`-match` / `-location` `signature-library-release.library` `signature-library-release.version`
HSP	位分数	`*-location.score`
HSP	eValue	`*-location.evalue`
HSPFragment(也通过HSP)	query_start	`*-location.start`
	query_end	`*-location.end`
	hit_start	`*-location.hmm-start`
	hit_end	`*-location.hmm-end`
	查询	`sequence`

InterProScan XML文件可能包含具有多个位置的匹配项，也可能包含具有单个位置的同一蛋白质的多个匹配项。在这两种情况下，匹配被唯一地存储为HIT对象，位置被唯一地存储为HSP对象。

HSP.*start == *start - 1 (因为在Biopython中每个开始位置都是从0开始的)

HSP.aln_span == query-end - query-start

匹配类型或位置(例如，hmmer3-匹配、hmmer3-位置、线圈-匹配、黑豹-位置)存储在hit.properties中 [‘命中类型’] 。例如，对于每个“恐惧性匹配”，都会有一个“恐惧性位置”。因此，Hit.type将存储不包括‘-Match’或‘-location’的字符串(在本例中为‘phobous’)。