Bio.SearchIO.BlastIO.BLAST_XML模块

Bio.SearchIO BLAST+XML输出格式解析器。

class Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlParser(handle, use_raw_query_ids=False, use_raw_hit_ids=False)

基类：object

BLAST XML格式的解析器。

__init__(handle, use_raw_query_ids=False, use_raw_hit_ids=False)

初始化类。

__iter__()

迭代BlastXmlParser对象会产生查询结果。

class Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlIndexer(filename, **kwargs)

基类：SearchIndexer

BLAST XML输出的索引器类。

qstart_mark = b'<Iteration>'

qend_mark = b'</Iteration>'

block_size = 16384

__init__(filename, **kwargs)

初始化类。

__iter__()

迭代BlastXmlIndexer得到qstartid、startOffset、挡路的长度。

get_raw(offset)

以字节字符串的形式返回文件中的原始记录。

__abstractmethods__ = frozenset({})

class Bio.SearchIO.BlastIO.blast_xml.BlastXmlWriter(handle, use_raw_query_ids=True, use_raw_hit_ids=True)

基类：object

基于流的BLAST+XML编写器。

__init__(handle, use_raw_query_ids=True, use_raw_hit_ids=True)

初始化类。

write_file(qresults)

将XML内容写入输出句柄。