Bio.SearchIO.BlastIO.BLAST_选项卡模块

BLAST+TAB输出格式的Bio.SearchIO解析器,带或不带注释。

class Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab.BlastTabIndexer(filename, comments=False, fields=_DEFAULT_FIELDS)

基类:SearchIndexer

BLAST+Tab输出的索引器类。

__init__(filename, comments=False, fields=_DEFAULT_FIELDS)

初始化类。

__iter__()

迭代文件句柄;生成键、起始偏移量和长度。

get_raw(offset)

从给定偏移量返回QueryResult对象的原始字节字符串。

__abstractmethods__ = frozenset({})
class Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab.BlastTabParser(handle, comments=False, fields=_DEFAULT_FIELDS)

基类:object

BLAST表格格式的解析器。

__init__(handle, comments=False, fields=_DEFAULT_FIELDS)

初始化类。

__iter__()

迭代BlastTabParser,生成查询结果。

class Bio.SearchIO.BlastIO.blast_tab.BlastTabWriter(handle, comments=False, fields=_DEFAULT_FIELDS)

基类:object

BLAST-TABLE输出格式的编写器。

__init__(handle, comments=False, fields=_DEFAULT_FIELDS)

初始化类。

write_file(qresults)

写入句柄,返回写入了多少QueryResult对象。