Bio.Restriction.PrintFormat模块¶

打印限制性内切酶分析结果。

PrintFormat以3种不同的格式打印限制分析结果：列表、列或地图。

使用它的最简单方式是：

>>> from Bio.Restriction.PrintFormat import PrintFormat
>>> from Bio.Restriction.Restriction import RestrictionBatch
>>> from Bio.Seq import Seq
>>> pBs_mcs = Seq('GGTACCGGGCCCCCCCTCGAGGTCGACGGTATCGATAAGCTTGATATCGAATTC')
>>> restriction_batch = RestrictionBatch(['EcoRI', 'BamHI', 'ApaI'])
>>> result = restriction_batch.search(pBs_mcs)
>>> my_map = PrintFormat()
>>> my_map.print_that(result, 'My pBluescript mcs analysis:\n',
...               'No site:\n')
My pBluescript mcs analysis:
ApaI       :  12.
EcoRI      :  50.
No site:
BamHI     

>>> my_map.sequence = pBs_mcs
>>> my_map.print_as("map")
>>> my_map.print_that(result)
           12 ApaI
           |                                                
           |                                     50 EcoRI
           |                                     |          
GGTACCGGGCCCCCCCTCGAGGTCGACGGTATCGATAAGCTTGATATCGAATTC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCATGGCCCGGGGGGGAGCTCCAGCTGCCATAGCTATTCGAACTATAGCTTAAG
1                                                   54


   Enzymes which do not cut the sequence.

BamHI     

>>>

PrintFormat的某些方法将由派生类重写。

使用以下参数控制外观：

ConsoleWidth控制台使用的宽度默认为80。
不应该低于60。
NameWidth：在PrintList方法中属于名称的空格。
缩进：缩进第二行。
MaxSize序列的最大大小(默认值=6：
->9999bp+1拖尾‘，’，人们不太可能要求大于100.000 bp的序列的限制图。这是确定要为站点位置保留的空间所必需的。
- MAXSIZE=5=>9.999 bp
- MAXSIZE=6=>99.999 bp
- MAXSIZE=7=>999.999 bp

示例输出：

<------------ ConsoleWidth --------------->
<- NameWidth ->
EcoRI         :   1, 45, 50, 300, 400, 650,
                      700, 1200, 2500.
                  <-->
                    Indent

class Bio.Restriction.PrintFormat.PrintFormat¶

基类：object

PrintFormat允许打印限制分析结果。

ConsoleWidth = 80¶

NameWidth = 10¶

MaxSize = 6¶

Cmodulo = 0¶

PrefWidth = 80¶

Indent = 4¶

linesize = 70¶

print_as(what='list')¶

按规定打印结果。

有效格式为：: ‘list’->字母顺序‘Number’->序列中的站点数量‘map’->序列与站点的映射表示。

如果您想要更大的灵活性，请覆盖虚拟方法Make_Format。

format_output(dct, title='', s1='')¶

将结果汇总为格式良好的字符串。

参数：

DCT是由RestrictionBatch.search()
标题是地图的标题。它必须是格式化字符串，即必须包含换行符。
S1是将有位点的酶列表与没有位点的酶的列表分开的标题。
S1也必须是格式化字符串。

PRINT_THE是列表的格式。

print_that(dct, title='', s1='')¶

打印format_output方法的输出(过时)。

参数：

DCT是由RestrictionBatch.search()
标题是地图的标题。它必须是格式化字符串，即必须包含换行符。
S1是将有位点的酶列表与没有位点的酶的列表分开的标题。
S1也必须是格式化字符串。

这个方法打印a.format_output()的输出，这里是为了向后兼容。

make_format(cut=(), title='', nc=(), s1='')¶

用于格式化结果的虚拟方法。

虚拟方法。此处指向_make_*方法之一。您也可以创建一个新方法并将make_format指向它。