Bio.Phylo.PhyloXMLIO模块

PhyloXML读取器/解析器、写入器和相关函数。

从解析的PhyloXML文件实例化树元素，并从 Bio.Phylo.PhyloXML 对象。

关于大写：

• phyloXML表示文件格式规范

• PhyloXML表示Biopython模块 Bio.Phylo.PhyloXML 以及它的类

• Phyloxml表示使用的顶级类 PhyloXMLIO.read (但不是 Bio.Phylo.read ！)，包含系统发展史列表(派生自 BaseTree.Tree )

exception Bio.Phylo.PhyloXMLIO.PhyloXMLError

基类：Exception

当PhyloXML对象构造无法继续时引发异常。

底层ElementTree模块将发现并引发XML语法错误；此例外适用于违反phyloXML规范的有效XML。

Bio.Phylo.PhyloXMLIO.read(file)

解析phyloXML文件或流并构建Biopython对象树。

根节点的子节点是系统发展史，也可能是其他任意(非phyloXML)对象。

返回:

一张单人票 Bio.Phylo.PhyloXML.Phyloxml 对象。

Bio.Phylo.PhyloXMLIO.parse(file)

迭代phyloXML文件中的系统发育树。

这会忽略存储在顶级的任何附加数据，但可能比 read 功能。

返回:

一台发电机 Bio.Phylo.PhyloXML.Phylogeny 对象。

Bio.Phylo.PhyloXMLIO.write(obj, file, encoding=DEFAULT_ENCODING, indent=True)

编写phyloXML文件。

参数:

OBJ

的一个实例 Phyloxml ， Phylogeny 或 BaseTree.Tree ，或者后两者中任何一个的可迭代数。在序列化之前，该对象将被转换为Phyloxml对象。

文件

打开的句柄或文件名。

class Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Parser(file)

基类：object

用于解析XML流中的所有phyloXML节点的方法。

为了最大限度地减少内存使用，ElementTree解析事件树在完成每个系统发展史、分支和顶级“其他”元素后被清除。低于clade级别的元素将保留在内存中，直到完成对当前clade的解析--这应该不是问题，因为clade是唯一的递归元素，而低于此级别的非clade节点的大小是有限制的。

__init__(file)

初始化类。

read()

解析phyloXML文件并创建单个Phyloxml对象。

parse()

递增地解析phyloXML文件并返回每个系统发展图。

other(elem, namespace, localtag)

创建另一个对象，即非phyloXML元素。

accession(elem)

创建访问对象。

annotation(elem)

创建注释对象。

binary_characters(elem)

创建二进制字符对象。

clade_relation(elem)

创建分支关系对象。

color(elem)

创建分支颜色对象。

confidence(elem)

创建置信度对象。

date(elem)

创建日期对象。

distribution(elem)

创建地理分布对象。

domain(elem)

创建蛋白质域对象。

domain_architecture(elem)

创建域架构对象。

events(elem)

创建事件对象。

id(elem)

创建标识符对象。

mol_seq(elem)

创建分子序列对象。

point(elem)

创建点对象，点的坐标。

polygon(elem)

创建多边形对象，点列表。

property(elem)

从外部资源创建属性。

reference(elem)

创建文献引用对象。

sequence_relation(elem)

创建序列关系对象，两个序列之间的关系。

uri(elem)

创建uri对象，应为url。

class Bio.Phylo.PhyloXMLIO.Writer(phyloxml)

基类：object

将PhyloXML对象序列化为XML的方法。

__init__(phyloxml)

从PhyloXML对象构建ElementTree。

write(file, encoding=DEFAULT_ENCODING, indent=True)

将PhyloXML写入文件。

phyloxml(obj)

将phyloxml转换为ETREE元素。

other(obj)

将OTHER转换为ETREE元素。

phylogeny(obj)

按顺序序列化系统发展史及其子节点。

clade(obj)

按顺序序列化一个分支及其子节点。

accession(obj)

按顺序序列化访问及其子节点。

annotation(obj)

按顺序序列化注释及其子节点。

binary_characters(obj)

序列化BINARY_CHARACTERS节点及其子节点。

clade_relation(obj)

按顺序序列化clade_relationship及其子节点。

color(obj)

按顺序序列化颜色及其子节点。

confidence(obj)

按顺序序列化置信度及其子节点。

date(obj)

按顺序序列化日期及其子节点。

distribution(obj)

按顺序序列化分发及其子节点。

domain(obj)

序列化域节点。

domain_architecture(obj)

按顺序序列化domain_Architecture及其子节点。

events(obj)

按顺序序列化事件及其子节点。

id(obj)

按顺序序列化id及其子节点。

mol_seq(obj)

按顺序序列化molseq及其子节点。

node_id(obj)

按顺序序列化node_id及其子节点。

point(obj)

按顺序序列化点及其子节点。

polygon(obj)

按顺序序列化多边形及其子节点。

property(obj)

按顺序序列化属性及其子节点。

reference(obj)

按顺序序列化引用及其子节点。

sequence(obj)

按顺序序列化序列及其子节点。

sequence_relation(obj)

按顺序序列化Sequence_Relationship及其子节点。

taxonomy(obj)

按顺序序列化分类及其子节点。

uri(obj)

按顺序序列化URI及其子节点。

alt(obj)

序列化一个简单的ALT节点。

branch_length(obj)

序列化一个简单的BRANCH_LENGTH节点。

lat(obj)

序列化一个简单后期节点。

long(obj)

序列化一个简单的长节点。

maximum(obj)

序列化一个简单的最大节点。

minimum(obj)

序列化一个简单的最小节点。

value(obj)

序列化一个简单的值节点。

width(obj)

序列化简单宽度节点。

blue(obj)

序列化一个简单的蓝色节点。

duplications(obj)

序列化简单的复制节点。

green(obj)

序列化一个简单的绿色节点。

losses(obj)

序列化一个简单的亏损节点。

red(obj)

序列化一个简单的红色节点。

speciations(obj)

序列化一个简单的规范节点。

bc(obj)

序列化一个简单的BC节点。

code(obj)

序列化简单的代码节点。

common_name(obj)

序列化简单的COMMON_NAME节点。

desc(obj)

序列化一个简单的Desc节点。

description(obj)

序列化一个简单的描述节点。

location(obj)

序列化一个简单的位置节点。

name(obj)

序列化简单名称节点。

rank(obj)

序列化一个简单的等级节点。

scientific_name(obj)

序列化一个简单的Science_Name节点。

symbol(obj)

序列化一个简单的符号节点。

synonym(obj)

序列化一个简单的同义词节点。

type(obj)

序列化简单类型节点。