Bio.Phylo.PAML.baseml模块

用于支持Baseml的类。

核苷酸序列的最大似然分析。

exception Bio.Phylo.PAML.baseml.BasemlError

基类：OSError

BASEML失败。使用Verbose=True运行以查看BASEML的错误消息。

class Bio.Phylo.PAML.baseml.Baseml(alignment=None, tree=None, working_dir=None, out_file=None)

基类：Paml

到BASEML的接口，它是PAML包的一部分。

__init__(alignment=None, tree=None, working_dir=None, out_file=None)

初始化Baseml实例。

用户可以选择性地传入指定输入对齐和树文件、工作目录和最终输出文件的位置的字符串。

write_ctl_file()

从选项动态构建BASEML控制文件。

控制文件将写入Baseml类的ctl_file属性指定的位置。

read_ctl_file(ctl_file)

解析控制文件并将选项加载到Baseml实例中。

run(ctl_file=None, verbose=False, command='baseml', parse=True)

使用当前配置运行baseml。

检查是否指定了树属性并且存在，然后运行baseml。如果parse为True，则读取并返回结果，否则返回None。

尽管BASEML需要相对路径，但参数可以作为绝对路径或相对路径传递。

Bio.Phylo.PAML.baseml.read(results_file)

解析BASEML结果文件。