Bio.Phylo.Consensus模块¶
用于查找共识树的类和方法。
此模块包含一个 _BitString 类来辅助一致性树的搜索，以及一些常见的一致性算法，如严格一致性算法、多数规则算法和亚当一致性算法。
- Bio.Phylo.Consensus.strict_consensus(trees)¶
从多棵树中搜索严格的一致性树。
- 参数:
- 树木可迭代的
树的可迭代性，以产生一致树。
- Bio.Phylo.Consensus.majority_consensus(trees, cutoff=0)¶
从多个树中搜索多数规则共识树。
这是一种扩展多数规则方法，这意味着您可以设置0~1之间的任何分界值，而不是0.5。在任何情况下(只要其中一个提供的树是二叉树)，默认值为0即可创建松弛的二叉共识树。结果共识树中的每个共识分支的分支长度是该分支的所有计数的平均长度。
- 参数:
- 树木可迭代的
树的可迭代性，以产生一致树。
- Bio.Phylo.Consensus.adam_consensus(trees)¶
从多个树中搜索ADAM一致性树。
- 参数:
- 树木列表
生成共识树的树列表。
- Bio.Phylo.Consensus.get_support(target_tree, trees, len_trees=None)¶
计算给定引导复制树的目标树的分支支持。
- 参数:
- target_tree树
要计算其分支支撑度的树。
- 树木可迭代的
用于计算分支支撑度的树的可迭代。
- len_trees集成
树中的可选复制计数。当len(Tree)不是有效操作时，必须提供LEN_TREES。
- Bio.Phylo.Consensus.bootstrap(msa, times)¶
从多序列比对对象生成引导复制。
- 参数:
- MSAMultipleSeqAlignment
多个序列比对以生成复制。
- 《泰晤士报》集成
引导次数。
- Bio.Phylo.Consensus.bootstrap_trees(msa, times, tree_constructor)¶
从多序列比对生成引导复制树。
- 参数:
- MSAMultipleSeqAlignment
多个序列比对以生成复制。
- 《泰晤士报》集成
引导次数。
- tree_constructorTreeConstructor
用于构建树的树构造函数。
- Bio.Phylo.Consensus.bootstrap_consensus(msa, times, tree_constructor, consensus)¶
用于多序列比对的一系列引导树的共识树。
- 参数:
- MSAMultipleSeqAlignment
多个序列比对以生成复制。
- 《泰晤士报》集成
引导次数。
- tree_constructorTreeConstructor
用于构建树的树构造函数。
- 共识功能
本模块中的共识方法：
strict_consensus，majority_consensus，adam_consensus。