Bio.PDB.QCP Superimposer软件包

模块内容

利用四元数特征多项式(QCP)进行结构对齐。

QCPSuperimposer查找最佳旋转和平移以将两个点集叠加在一起(最小化RMSD)。这是艾格。对叠加晶体结构很有用。QCP代表算法中使用的四元数特征多项式。

class Bio.PDB.QCPSuperimposer.QCPSuperimposer

基类:object

四元数特征多项式(QCP)叠加器。

QCPSuperimposer查找最佳旋转和平移以将两个点集叠加在一起(最小化RMSD)。这是艾格。对叠加蛋白质的三维结构很有用。

QCP代表算法中使用的四元数特征多项式。

参考资料:

Douglas L Theobald(2005),“基于四元数特征多项式的RMSD的快速计算”,晶体学报A 61(4):478-480

__init__()

初始化类。

set(reference_coords, coords)

设置要叠加的坐标。

坐标将放在参考坐标之上。

  • REFERENCE_COORDS:NxDIM数组

  • 坐标:NxDIM数组

Dim是点的尺寸,N是要叠加的点数。

run()

叠加坐标集。

get_transformed()

获取变换后的坐标集。

get_rotran()

右乘旋转矩阵和平移。

get_init_rms()

未变换坐标的均方根偏差。

get_rms()

叠加坐标的均方根偏差。