Bio.PDB.QCP Superimposer软件包¶
模块内容¶
利用四元数特征多项式(QCP)进行结构对齐。
QCPSuperimposer查找最佳旋转和平移以将两个点集叠加在一起(最小化RMSD)。这是艾格。对叠加晶体结构很有用。QCP代表算法中使用的四元数特征多项式。
- class Bio.PDB.QCPSuperimposer.QCPSuperimposer¶
基类:
object
四元数特征多项式(QCP)叠加器。
QCPSuperimposer查找最佳旋转和平移以将两个点集叠加在一起(最小化RMSD)。这是艾格。对叠加蛋白质的三维结构很有用。
QCP代表算法中使用的四元数特征多项式。
参考资料:
Douglas L Theobald(2005),“基于四元数特征多项式的RMSD的快速计算”,晶体学报A 61(4):478-480
- __init__()¶
初始化类。
- set(reference_coords, coords)¶
设置要叠加的坐标。
坐标将放在参考坐标之上。
REFERENCE_COORDS:NxDIM数组
坐标:NxDIM数组
Dim是点的尺寸,N是要叠加的点数。
- run()¶
叠加坐标集。
- get_transformed()¶
获取变换后的坐标集。
- get_rotran()¶
右乘旋转矩阵和平移。
- get_init_rms()¶
未变换坐标的均方根偏差。
- get_rms()¶
叠加坐标的均方根偏差。