Bio.NMR.xpktools模块¶
用于操作nmrview.xpk峰值列表文件中的数据的工具。
- class Bio.NMR.xpktools.XpkEntry(entry, headline)¶
基类：
object提供对nmrview.xpk文件中单个条目的字典访问。
此类适用于处理nmrview.xpk文件中的单行非标题数据。该类提供了按peaklist头的最后一行中列出的字段名提取数据的方法。
- 参数:
- xpkentry应力
nmrview.xpk文件中的行。
- xpkheadline应力
头文件中给出条目名称的行。这通常是标题的第六行，即1-原点。
- 属性:
- fieldsDICT
字段字典，其中key位于标题行，value为条目。变量可以通过标题行中的名称访问，如self.field中的名称 ["H1.P"] 例如，将返回H1.P条目。self.field [“Entrynum”] 返回行号(行的第一个字段)
- __init__(entry, headline)¶
初始化类。
- class Bio.NMR.xpktools.Peaklist(infn)¶
基类：
object提供对nmrview xpk文件中标题行和数据的访问。
头文件行和文件数据可用作属性。
- 参数:
- infn应力
输入nmrview文件名。
示例
>>> from Bio.NMR.xpktools import Peaklist >>> peaklist = Peaklist('../Doc/examples/nmr/noed.xpk') >>> peaklist.firstline 'label dataset sw sf ' >>> peaklist.dataset 'test.nv' >>> peaklist.sf '{599.8230 } { 60.7860 } { 60.7860 }' >>> peaklist.datalabels ' H1.L H1.P H1.W H1.B H1.E H1.J 15N2.L 15N2.P 15N2.W 15N2.B 15N2.E 15N2.J N15.L N15.P N15.W N15.B N15.E N15.J vol int stat '
- 属性:
- firstline应力
标题中的第一行。
- axislabels应力
轴标签。
- dataset应力
数据集的标签。
- sw应力
西南方向的坐标。
- sf应力
SF坐标。
- datalabels应力
条目的标签。
- data列表
标题行之后的文件数据。
- __init__(infn)¶
初始化类。
- residue_dict(index)¶
返回按残数或核索引的“data”中行的字典。
核应该以与xpk标签行中出现的形式相同的形式作为输入参数(例如h1、15n)
- 参数:
- index应力
用于索引数据的核心。
- 退货:
- resdictDICT
索引核心到数据行的映射。
示例
>>> from Bio.NMR.xpktools import Peaklist >>> peaklist = Peaklist('../Doc/examples/nmr/noed.xpk') >>> residue_d = peaklist.residue_dict('H1') >>> sorted(residue_d.keys()) ['10', '3', '4', '5', '6', '7', '8', '9', 'maxres', 'minres'] >>> residue_d['10'] ['8 10.hn 7.663 0.021 0.010 ++ 0.000 10.n 118.341 0.324 0.010 +E 0.000 10.n 118.476 0.324 0.010 +E 0.000 0.49840 0.49840 0']
- write_header(outfn)¶
将输入文件中的标题行写入句柄
outfn。
- Bio.NMR.xpktools.replace_entry(line, fieldn, newentry)¶
将字符串中的条目替换为字段编号。
目前未实现填充。如果原始字段条目和新字段条目的长度不同，则间距将更改。
- Bio.NMR.xpktools.data_table(fn_list, datalabel, keyatom)¶
从输入xpk文件列表生成数据表。
- 参数:
- fn_list列表
.xpk文件名列表。
- datalabel应力
报告的数据元素。
- keyatom应力
用作数据表索引的核心名称。
- 退货:
- outlist列表
编入索引的表行列表
keyatom。