Bio.Affy.CelFile模块

正在从版本3和4的Affymetrix CEL文件读取信息。

exception Bio.Affy.CelFile.ParserError(*args)

基类：ValueError

Affymetrix解析器错误。

__init__(*args)

初始化类。

class Bio.Affy.CelFile.Record

基类：object

将信息存储在CEL文件中。

示例用法：

>>> from Bio.Affy import CelFile
>>> with open("Affy/affy_v3_example.CEL") as handle:
...     c = CelFile.read(handle)
...
>>> print(c.ncols, c.nrows)
5 5
>>> print(c.intensities)
[[   234.    170.  22177.    164.  22104.]
 [   188.    188.  21871.    168.  21883.]
 [   188.    193.  21455.    198.  21300.]
 [   188.    182.  21438.    188.  20945.]
 [   193.  20370.    174.  20605.    168.]]
>>> print(c.stdevs)
[[   24.     34.5  2669.     19.7  3661.2]
 [   29.8    29.8  2795.9    67.9  2792.4]
 [   29.8    88.7  2976.5    62.   2914.5]
 [   29.8    76.2  2759.5    49.2  2762. ]
 [   38.8  2611.8    26.6  2810.7    24.1]]
>>> print(c.npix)
[[25 25 25 25 25]
 [25 25 25 25 25]
 [25 25 25 25 25]
 [25 25 25 25 25]
 [25 25 25 25 25]]

__init__()

初始化类。

Bio.Affy.CelFile.read(handle, version=None)

读取Affymetrix CEL文件并返回记录对象。

支持CEL文件格式版本3和4。如果版本参数已知，请将CEL文件格式指定为3或4。如果未指定版本号，解析器将尝试从文件内容中检测版本。

此函数返回的Record对象将CEL文件中的强度存储在record.intensities中。目前，在解析版本4CEL文件时，未在中设置record.ask和record.outliers。

示例用法：

>>> from Bio.Affy import CelFile
>>> with open("Affy/affy_v3_example.CEL") as handle:
...     record = CelFile.read(handle)
...
>>> record.version == 3
True
>>> print("%i by %i array" % record.intensities.shape)
5 by 5 array

>>> with open("Affy/affy_v4_example.CEL", "rb") as handle:
...     record = CelFile.read(handle, version=4)
...
>>> record.version == 4
True
>>> print("%i by %i array" % record.intensities.shape)
5 by 5 array