8.6.1. 轨迹平移 MDAnalysis.transformations.translate

按给定的矢量平移给定轨迹的坐标。该向量可以使用函数由用户定义 translate() 或通过使用函数将原子组居中在单位单元格中进行定义 center_in_box()

class MDAnalysis.transformations.translate.translate(vector, max_threads=None, parallelizable=True)

转换给定的 Timestep 实例由给定的向量执行。

示例

ts = MDAnalysis.transformations.translate([1,2,3])(ts)

参数:

vector (array-like) -- 坐标将转换为的矢量的坐标

返回类型:

Timestep 对象

在 2.0.0 版本发生变更: 转换已从函数/闭包更改为具有 __call__ 。

在 2.0.0 版本发生变更: 转换已更改为从基类继承，以限制线程并检查它是否可用于并行分析。

参数:

• max_threads (int, optional) -- 可以使用最大线程数。默认值为 None ，表示默认设置或外部设置。

• parallelizable (bool, optional) -- 检查这是否可以用于拆分-应用-合并并行分析方法。默认值为 True 。

class MDAnalysis.transformations.translate.center_in_box(ag, center='geometry', point=None, wrap=False, max_threads=None, parallelizable=True)

转换给定的 Timestep 实例，以便给定的几何图形/质量中心 AtomGroup 以单元格为中心。单位单元格尺寸取自输入时间步长对象。如果给出了一个点，原子组的中心将改为平移到该点。

示例

ag = u.residues[1].atoms
ts = MDAnalysis.transformations.center(ag,center='mass')(ts)

参数:

• ag (AtomGroup) -- 以单胞为中心的原子基团。

• center (str, optional) -- 用于选择以给定原子基团为中心的方法。可以是“几何”或“质量”

• point (array-like, optional) -- 覆盖单位单元格中心-转换时间步长的坐标，以使给定原子组的质量中心/几何体与此位置对齐。定义为大小为3的数组。

• wrap (bool, optional) -- 如果 True ，在计算质心或几何形状之前，来自给定原子组的所有原子都将被移动到单位晶胞中。默认值为 False 在计算原子组的中心之前，不会更改原子坐标。

返回类型:

Timestep 对象

在 2.0.0 版本发生变更: 转换已从函数/闭包更改为具有 __call__ 。

在 2.0.0 版本发生变更: 转换已更改为从基类继承，以限制线程并检查它是否可用于并行分析。

参数:

• max_threads (int, optional) -- 可以使用最大线程数。默认值为 None ，表示默认设置或外部设置。

• parallelizable (bool, optional) -- 检查这是否可以用于拆分-应用-合并并行分析方法。默认值为 True 。