复基因分析

默认情况下， computeMatrix 在整个相邻区域（如转录本）上使用信号计算其输出。虽然这通常非常有用，但在诸如rnaseq的情况下，结果并不理想。以下面的基因模型和覆盖率概况为例：

如果使用这种块状覆盖进行聚类，那么结果将受到外显子数量及其位置的影响。相反，人们通常希望忽略内含子区域，只使用外显子中的信号（由基因模型中的区块表示）。这可以通过使用 --metagene 选择权 computeMatrix 并提供BED12或GTF文件作为一组区域：

注意，对于GTF文件，用于定义外显子的区域可以很容易地修改。例如，对于riboseq样本，最好使用带注释的编码区域，因此指定 --exonID CDS . 同样，整个基因可以通过指定 --transcriptID gene --transcript_id_designator gene_id .

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