深层土: 用于探索深度排序数据的工具

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Deeptools是一个 python工具套件 特别为高效分析高通量测序数据而开发,例如chip-seq、rna-seq或mnase-seq。

使用deeptools有三种方法:

  • 银河系使用 --我们的公众 deepTools Galaxy server 让我们在熟悉的Galaxy框架中使用deeptools,而不需要掌握命令行

  • 命令行用法 --只需下载并安装工具(请参见 安装工具

  • API --在自己的python程序中使用您最喜欢的deeptools模块(请参见 Deeptools原料药

下面的流程图描述了当前可用的不同工具模块。

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如果图中的文件名对您没有任何意义,请确保检查我们的 NGS术语表 .

内容:

在开发Deeptools的同时,我们不断努力创建符合以下标准的软件:

  • 有效地从BAM文件中提取读取内容 对它们进行各种计算

  • 将对齐读取的BAM文件转换为bigwig文件 使用不同的规范化策略

  • 利用 多处理器 (速度!)

  • 生成 高度可定制的图像 (更改颜色、尺寸、标签、文件格式等)

  • 使可能 customized down-stream analyses ,这意味着用户可以存储创建的每个数据集

  • 模块化方法 -兼容性、灵活性、可扩展性(即我们可以添加越来越多的模块并使用现有的方法)

小技巧

有关支持、问题或功能请求,请联系:deeptools@googlegroups.com

请引证Deeptools2如下:

Ram_rez、Fidel、Devon P.Ryan、Bj_rn Gr_ning、Vivek Bhardwaj、Fabian Kilpert、Andreas S.Richter、Steffen Heyne、Friederike D_ndar和Thomas Manke。 "deepTools2: a next generation web server for deep-sequencing data analysis." Nucleic Acids Research (2016): gkw257.

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This tool suite is developed by the Bioinformatics Facility at the Max Planck Institute for Immunobiology and Epigenetics, Freiburg.

deepTools Galaxy <http://deeptools.ie-freiburg.mpg.de> _.

code @ github <https://github.com/deeptools/deepTools/> _.