deepTools： 用于探索深度排序数据的工具

Deeptools是一个 python工具套件 特别为高效分析高通量测序数据而开发，例如chip-seq、rna-seq或mnase-seq。

使用deeptools有三种方法：

• Galaxy使用 --我们的公众 deepTools Galaxy server 让我们在熟悉的Galaxy框架中使用deeptools，而不需要掌握命令行

• 命令行用法 --只需下载并安装工具（请参见 安装 和 工具 ）

• API --在自己的python程序中使用您最喜欢的deeptools模块（请参见 Deeptools原料药 ）

下面的流程图描述了当前可用的不同工具模块。

如果图中的文件名对您没有任何意义，请确保检查我们的 NGS术语表 .

内容：

• 安装
• 工具
• 高级功能
• 示例用法
• Deeptools2.0的变化
• 在Galaxy中使用deepTool
• 一般常见问题
• Galaxy相关常见问题
• NGS术语表
• Deeptools原料药
• 关于

在开发Deeptools的同时，我们不断努力创建符合以下标准的软件：

• 有效地从BAM文件中提取读取内容 对它们进行各种计算

• 将对齐读取的BAM文件转换为bigwig文件 使用不同的规范化策略

• 利用 多处理器 （速度！）

• 生成 高度可定制的图像 （更改颜色、尺寸、标签、文件格式等）

• 使可能 customized down-stream analyses ，这意味着用户可以存储创建的每个数据集

• 模块化方法 -兼容性、灵活性、可扩展性（即我们可以添加越来越多的模块并使用现有的方法）

小技巧

如需支持或问题，请发送至 Biostars 。有关错误报告和功能请求，请打开问题 on github 。

请引证Deeptools2如下：

Ram_rez、Fidel、Devon P.Ryan、Bj_rn Gr_ning、Vivek Bhardwaj、Fabian Kilpert、Andreas S.Richter、Steffen Heyne、Friederike D_ndar和Thomas Manke。 "deepTools2: a next generation web server for deep-sequencing data analysis." Nucleic Acids Research (2016): gkw257.

此工具套件由 Bioinformatics Facility 在 Max Planck Institute for Immunobiology and Epigenetics, Freiburg 。

deepTools Galaxy <http://deeptools.ie-freiburg.mpg.de> _.

code @ github <https://github.com/deeptools/deepTools/> _.