表元素#
VOTable文件可以包含 RESOURCE
元素,每个元素都可以包含一个或多个 TABLE
元素的 TABLE
元素包含数据数组。
到达 TABLE
元素,可以在 VOTABLE
文件::
for resource in votable.resources:
for table in resource.tables:
# ... do something with the table ...
pass
但是,如果资源的嵌套结构不重要,则可以使用 iter_tables
要返回所有表的简单列表:
for table in votable.iter_tables():
# ... do something with the table ...
pass
最后,如果希望文件中只有一个表,那么使用它可能最方便 get_first_table
::
table = votable.get_first_table()
或者,有一种方便的方法来解析VOTable文件并在一个步骤中返回第一个表:
from astropy.io.votable import parse_single_table
table = parse_single_table("votable.xml")
从一个 TableElement
对象,则可以在 array
成员变量::
data = table.array
此数据是 numpy
记录数组。
列的名称来自 ID
和 name
的属性 FIELD
中的元素 VOTABLE
文件。
假设我们有 FIELD
具体如下:
<FIELD ID="Dec" name="dec_targ" datatype="char" ucd="POS_EQ_DEC_MAIN"
unit="deg">
<DESCRIPTION>
representing the ICRS declination of the center of the image.
</DESCRIPTION>
</FIELD>
备注
VOTable映射 name
和 ID
属性到 numpy
D型 names
和 titles
非常令人困惑。
在VOTable中, ID
保证是唯一的,但不是必需的。 name
不保证是唯一的,但是必需的。
在 numpy
记录数据类型, names
必须是唯一的,并且是必需的。 titles
不是必需的,也不要求是唯一的。
因此,VOTable的 ID
最接近于 numpy
的 names
,和VOTable的 name
最接近于 numpy
的 titles
. 但是,在某些情况下 ID
未提供,a numpy
name
将基于VOTable生成 name
. 不幸的是,VOTable字段没有既唯一又必需的属性,这是唯一标识列的最方便的机制。
在从 astropy.io.votable.tree.TableElement
对象添加到一个 astropy.table.Table
对象,则可以指定是否优先考虑 name
或 ID
属性来命名列。默认情况下, ID
会被优先考虑。给予 name
首选项,则传递关键字参数 use_names_over_ids=True
**
>>> votable.get_first_table().to_table(use_names_over_ids=True)
可以使用以下方法从记录数组中提取此数据列:
>>> table.array['dec_targ']
array([17.15153360566, 17.15153360566, 17.15153360566, 17.1516686826,
17.1516686826, 17.1516686826, 17.1536197136, 17.1536197136,
17.1536197136, 17.15375479055, 17.15375479055, 17.15375479055,
17.1553884541, 17.15539736932, 17.15539752176,
17.25736014763,
# ...
17.2765703], dtype=object)
或相当于:
>>> table.array['Dec']
array([17.15153360566, 17.15153360566, 17.15153360566, 17.1516686826,
17.1516686826, 17.1516686826, 17.1536197136, 17.1536197136,
17.1536197136, 17.15375479055, 17.15375479055, 17.15375479055,
17.1553884541, 17.15539736932, 17.15539752176,
17.25736014763,
# ...
17.2765703], dtype=object)
数据类型映射#
由指定的数据类型 FIELD
元素映射到 numpy
根据下表键入:
VOTABLE类型
NumPy类型
布尔
地下一层
一点
地下一层
无符号字节
u1
字符( 可变长度 )
O-A型
bytes()
对象。字符( 固定长度 )
S
独角兽( 可变长度 )
O-A型
str
对象独角兽( 固定长度 )
U
短的
I2
利息
i4号
长的
十八
浮动
4层
双重的
8楼
漂浮物
第八章
双重复合体
c16型
如果字段是固定大小的数组,则数据存储为 numpy
固定大小数组。
如果数组的大小是一个变量, arraysize
包含“*”),则单元格将包含 numpy
价值观。每个值可以是数组或标量,具体取决于 arraysize
说明符。
检查字段类型#
若要查找有关表中某个字段的更多信息,可以使用 get_field_by_id
方法,该方法返回 Field
具有给定ID的。
要查找有关字段的更多信息,请执行以下操作:
>>> field = table.get_field_by_id('Dec')
>>> field.datatype
'char'
>>> field.unit
'deg'
备注
不应更改字段描述符。若要更改列集,请将表转换为 astropy.table.Table
,进行更改,然后将其转换回原处。
从头开始构建新表#
还可以构建一个新表,定义一些字段数据类型,并用数据填充它。
要从VOTable文件生成新表,请执行以下操作:
from astropy.io.votable.tree import VOTableFile, Resource, TableElement, Field
# Create a new VOTable file...
votable = VOTableFile()
# ...with one resource...
resource = Resource()
votable.resources.append(resource)
# ... with one table
table = TableElement(votable)
resource.tables.append(table)
# Define some fields
table.fields.extend([
Field(votable, name="filename", datatype="char", arraysize="*"),
Field(votable, name="matrix", datatype="double", arraysize="2x2")])
# Now, use those field definitions to create the numpy record arrays, with
# the given number of rows
table.create_arrays(2)
# Now table.array can be filled with data
table.array[0] = ('test1.xml', [[1, 0], [0, 1]])
table.array[1] = ('test2.xml', [[0.5, 0.3], [0.2, 0.1]])
# Now write the whole thing to a file.
# Note, we have to use the top-level votable file object
votable.to_xml("new_votable.xml")
缺少值#
表中的任何值都可能“丢失”。 astropy.io.votable
存储为 numpy
每个中的掩码数组 TableElement
举个例子。这就像一个普通的 numpy
掩码数组,可变长度字段除外。对于这些字段,列的数据类型为“Object”和另一个 numpy
掩码数组存储在那里。因此,对可变长度列的操作不起作用-这是因为不直接支持可变长度列 numpy
掩码数组。