10.4. XVG辅助阅读器 MDAnalysis.auxiliary.XVG

XVG文件是由Gromacs在仿真或分析过程中生成的，其格式用于使用Grace打印数据。

数据是列格式的；通过提供列索引来启用时间/数据选择。

备注

默认情况下，假设每个步骤的时间以ps为单位存储在第一列中。

class MDAnalysis.auxiliary.XVG.XVGStep(time_selector=0, data_selector=None, **kwargs)

.xvg文件格式的AuxStep类。

扩展基本AuxStep类，以允许从每个步骤读取的完整数据集中选择时间和感兴趣的数据字段(按列索引)。

参数:

• time_selector (int | None, optional) -- .xvg文件中存储时间的列索引，假定以ps为单位。默认值为0(即第一列)。

• data_selector (list of int | None, optional) -- .xvg文件中包含要存储的感兴趣数据的列的索引列表 data 。默认值为 None 。

• **kwargs -- 其他辅助步骤选项。

参见

AuxStep

10.4.1. XVG阅读器

默认设置 XVGReader 在初始化时读取并存储.xvg文件的全部内容，而另一个读取器 (XVGFileReader 当需要较低的存储器占用量时，还提供了根据需要一次一个地读取步骤的方法。

备注

假设数据是按时间排序的。

目前不支持在.xvg文件中以‘&’分隔的多个数据集(读取器将在以‘&’开始的第一行停止)。

class MDAnalysis.auxiliary.XVG.XVGReader(filename, **kwargs)

从.xvg文件读取数据的辅助读取器。

.xvg文件的默认读取器。文件中的所有数据将在初始化时被读取和存储。

参数:

• filename (str) -- 包含辅助数据的文件的位置。

• **kwargs -- 其他AuxReader选项。

参见

AuxReader

备注

假定该文件的大小使得读取和存储全部内容是可行的。

read_all_times()

获取每一步的NumPy时间数组。

返回:

每一步的时间。

返回类型:

NumPy array of float

class MDAnalysis.auxiliary.XVG.XVGFileReader(filename, **kwargs)

从.xvg文件读取(一次一个步骤)的辅助读取器。

另一种XVG阅读器，它根据需要从.xvg文件读取每个步骤(而不是从头开始读取和存储所有步骤)，以减少内存占用。

参数:

• filename (str) -- 包含辅助数据的文件的位置。

• **kwargs -- 其他AuxReader选项。

参见

AuxFileReader

备注

.xvg文件的默认读取器为 XVGReader 。

read_all_times()

遍历所有步骤以构建时间列表。

返回:

每一步的时间

返回类型:

NumPy array of float

MDAnalysis.auxiliary.XVG.uncomment(lines)

删除.xvg文件中各行的注释

参数:

lines (list of str) -- 直接从.xvg文件读取的行

生成器:

str --下一个非注释行，删除所有尾随注解