skbio.alignment.local_pairwise_align_protein

skbio.alignment.local_pairwise_align_protein(seq1, seq2, gap_open_penalty=11, gap_extend_penalty=1, substitution_matrix=None)[源代码]

精确地将两个蛋白质序列与Smith Waterman对齐

状态：从0.4.0开始实验。

参数:

  • seq1 (Protein) -- 第一个未对齐的序列。

  • seq2 (Protein) -- 第二个未对齐的序列。

  • gap_open_penalty (int or float, optional) -- 拉开差距的惩罚（这是从以前的最佳对齐分数中减去的，所以通常是正的）。

  • gap_extend_penalty (int or float, optional) -- 扩大差距的惩罚（这是从以前的最佳对齐分数中减去的，所以通常是正的）。

  • substitution_matrix (2D dict (or similar), optional) -- 查找替换分数（这些值将添加到上一个最佳对齐分数）；默认值为BLOSUM 50。

返回:

TabularMSA 包含对齐序列、对齐分数（float）和每个输入序列的开始/结束位置（两个项目元组的iterable）的对象。注意，起始/结束位置是未对齐序列的索引。

返回类型:

tuple

参见

local_pairwise_align, local_pairwise_align_nucleotide, skbio.alignment.local_pairwise_align_ssw, global_pairwise_align, global_pairwise_align_protein, global_pairwise_align_nucelotide

备注

违约 gap_open_penalty 和 gap_extend_penalty 参数从NCBI BLAST服务器派生 [1].

BLOSUM（块替换矩阵）氨基酸替换矩阵最初定义于 [2].

引用