skbio.alignment.local_pairwise_align_nucleotide

skbio.alignment.local_pairwise_align_nucleotide(seq1, seq2, gap_open_penalty=5, gap_extend_penalty=2, match_score=2, mismatch_score=-3, substitution_matrix=None)[源代码]

两个核苷酸序列与Smith Waterman精确对齐

状态:从0.4.0开始实验。

参数:
  • seq1 (DNA or RNA) -- 第一个未对齐的序列。

  • seq2 (DNA or RNA) -- 第二个未对齐的序列。

  • gap_open_penalty (int or float, optional) -- 拉开差距的惩罚(这是从以前的最佳对齐分数中减去的,所以通常是正的)。

  • gap_extend_penalty (int or float, optional) -- 扩大差距的惩罚(这是从以前的最佳对齐分数中减去的,所以通常是正的)。

  • match_score (int or float, optional) -- 为一对底数之间的比赛加上的分数(这是加在以前的最佳对齐分数上的,所以通常是正的)。

  • mismatch_score (int or float, optional) -- 一对底数不匹配时要加的分数(这将加到之前的最佳对齐分数中,因此通常为负数)。

  • substitution_matrix (2D dict (or similar)) -- 查找替换分数(这些值将添加到上一个最佳对齐分数)。如果提供,则此重写 match_scoremismatch_score .

返回:

TabularMSA 包含对齐序列、对齐分数(float)和每个输入序列的开始/结束位置(两个项目元组的iterable)的对象。注意,起始/结束位置是未对齐序列的索引。

返回类型:

tuple

备注

违约 match_scoremismatch_scoregap_open_penaltygap_extend_penalty 参数从NCBI BLAST服务器派生 [1].

引用