skbio.alignment.local_pairwise_align

skbio.alignment.local_pairwise_align(seq1, seq2, gap_open_penalty, gap_extend_penalty, substitution_matrix)[源代码]

局部对齐两个seq与Smith Waterman

状态：从0.4.0开始实验。

参数:

  • seq1 (GrammaredSequence) -- 第一个未对齐的序列。

  • seq2 (GrammaredSequence) -- 第二个未对齐的序列。

  • gap_open_penalty (int or float) -- 拉开差距的惩罚（这是从以前的最佳对齐分数中减去的，所以通常是正的）。

  • gap_extend_penalty (int or float) -- 扩大差距的惩罚（这是从以前的最佳对齐分数中减去的，所以通常是正的）。

  • substitution_matrix (2D dict (or similar)) -- 查找替换分数（这些值将添加到上一个最佳对齐分数）。

返回:

TabularMSA 包含对齐序列、对齐分数（float）和每个输入序列的开始/结束位置（两个项目元组的iterable）的对象。注意，起始/结束位置是未对齐序列的索引。

返回类型:

tuple

参见

local_pairwise_align_protein, local_pairwise_align_nucleotide, skbio.alignment.local_pairwise_align_ssw, global_pairwise_align, global_pairwise_align_protein, global_pairwise_align_nucelotide

备注

该算法最初在 [1]. scikit-bio实现通过EMBOSS water web服务器进行验证 [2].

引用