skbio.alignment.local_pairwise_align_ssw¶

skbio.alignment.local_pairwise_align_ssw(sequence1, sequence2, **kwargs)[源代码]¶

将查询和目标序列与Striped Smith Waterman对齐。

备注

对于0.6.0中的删除，从0.5.8起已弃用。这将被移除或替换，以支持更通用的性能对准器。欲了解更多详情，请访问https://github.com/biocore/scikit-bio/issues/1814

参数:

返回:

TabularMSA 包含对齐序列、对齐分数（float）和每个输入序列的开始/结束位置（两个项目元组的iterable）的对象。注意，起始/结束位置是未对齐序列的索引。

返回类型:

tuple

备注

这是SSW包的包装 [1].

有关可提供的可选关键字参数的完整列表，请参阅 skbio.alignment.StripedSmithWaterman .

以下夸克不会产生任何影响： suppress_sequences ， zero_index 和 protein

如果路线不符合所提供的过滤器， None 将被退回。

引用

参见