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雅鲁藏布江干支流河水矿化度大部分在100〜200mg/L，低值区在尼洋曲中下游段。雅鲁藏布江干流的溶解氧浓度呈渐变趋势。中游上段由于海拔较高，地广人稀，人为影响小，溶解氧浓度略大；中段城镇化水平较髙，受人类活动影响溶解氧浓度逐渐减小；到中游下段至下游，随着海拔的降低，森林覆盖率较高，水中溶解氧含量逐步增大(表1)。
表1 雅鲁藏布江部分评价项目监测值统计表
河流名称 | 地级行政区 | 站名 | 评价项目平均浓度/(mg/L) | |||||
溶解氧 | 钙锰酸盐指数 | 氨氮 | 砷 | 铅 | 镉 | |||
多雄藏布 | 曰喀则 | 达居 | 8.8 | 0.008 | 0.0109 | 0.0022 | ||
尼木玛曲 | 拉萨 | 尼木玛曲 | 7.8 | 0.050 | 0.0127 | 0.0015 | ||
易贡藏布 | 林芝 | 通麦（塘麦） | 10.5 | 0.007 | 0.0222 | 0.0032 | ||
在雅鲁藏布江干流中游上段（拉孜以上），水体中氨氮主要来源于面源冲刷，含量较小；到中游段（奴各沙以上）后，由于受支流年楚河汇人的影响，氨氮含量有一定程度的增大趋势，主要原因是年楚河流域及雅鲁藏布江干流两侧耕地面积大，化肥施用量较大，且人口较为集中。奴各沙至甘巴河段由于河流进人峡谷地段，水流湍急，中间人类活动影响小，且有支流汇人，水量增大，水体自净功能增强，氨氮含量略有减小；甘巴至曲水河段由于受羊卓雍错电站尾水排放的影响，河段不长（仅7km)，氨氮稍有增大。曲水至羊村河段由于受沿江城镇的影响，氨氮含量略有增大。羊村以下至奴下段，随着海拔的降低，森林覆盖率较高，面源冲刷较小，人类活动亦较小，水中氨氮含量逐渐减小。
雅鲁藏布江干流全年、汛期水质均达地表水环境质量I类标准，非汛期有两个评价河段达地表水环境质量n类标准，个別河段达地表水环境质量为in类标准的原因主要是由于面源冲刷，河流含沙量较大，重金属离子含量偏髙，其主要影响离子为铅，若不考虑铅的影响，则其余各项目评价成果基本达地表水环境质量的I〜n类标准。