skbio.sequence.RNA.gc_content¶
- RNA.gc_content()[源代码]¶
计算序列中G和C的相对频率。
状态:0.4.0稳定。
这包括G、C和S字符。这相当于打电话
gc_frequency(relative=True)
. 请注意,在操作之前将对序列进行除盖,因此在计算序列长度时不包括间隙字符。- 返回:
序列中G和C的相对频率。
- 返回类型:
float
参见
示例
>>> from skbio import DNA >>> DNA('ACGT').gc_content() 0.5 >>> DNA('ACGTACGT').gc_content() 0.5 >>> DNA('ACTTAGTT').gc_content() 0.25 >>> DNA('ACGT--..').gc_content() 0.5 >>> DNA('--..').gc_content() 0
S 方法 G 或 C ,所以它很重要:
>>> DNA('ASST').gc_content() 0.5
其他堕落者不算在内:
>>> DNA('RYKMBDHVN').gc_content() 0.0