skbio.sequence.Protein.mismatch_frequency¶

Protein.mismatch_frequency(other, relative=False)[源代码]¶

返回两个序列之间不同的位置计数。

状态：0.4.0稳定。

参数:

other (str, Sequence, or 1D np.ndarray (np.uint8 or '|S1')) -- 要比较的序列。
relative (bool, optional) -- 如果 True ，返回不匹配的相对频率，而不是计数。

返回:

序列之间不同的位置数。这将是一个 int 如果 relative 是 False 和A float 如果 relative 是 True .

返回类型:

int or float

抛出:

ValueError -- 如果序列长度不同。
TypeError -- 如果 other 是一个 Sequence 对象的类型与此序列不同。

参见

match_frequency, matches, mismatches, distance

示例

>>> from skbio import Sequence
>>> s = Sequence('GGUC')
>>> t = Sequence('AGUC')
>>> s.mismatch_frequency(t)
1
>>> s.mismatch_frequency(t, relative=True)
0.25