序列距离度量 (skbio.sequence.distance

此模块包含计算scikit-bio之间距离的函数 Sequence 物体。这些函数可以直接使用或提供给scikit bioapi的其他部分,这些部分接受序列距离度量作为输入,例如 skbio.sequence.Sequence.distance()skbio.stats.distance.DistanceMatrix.from_iterable() .

功能

hamming(seq1, seq2)

计算两个序列之间的汉明距离。

kmer_distance(seq1, seq2, k[, overlap])

计算一对序列之间的kmer距离