skbio.sequence.Protein.distance

Protein.distance(other, metric=None)

计算到另一个序列的距离。

状态：从0.4.0开始实验。

参数:

• other (str, Sequence, or 1D np.ndarray (np.uint8 or '|S1')) -- 计算到的距离的序列。如果 other 是一个 Sequence 对象，它必须与此序列的类型相同。其他输入类型将转换为 Sequence 与此序列类型相同的对象。

• metric (function, optional) -- 函数用于计算此序列与 other .如果 None （默认），将使用Hamming distance (skbio.sequence.distance.hamming() ） metric 需要两个 skbio.Sequence 对象并返回 float . 传递给的序列对象 metric 将与此序列的类型相同。看到了吗 skbio.sequence.distance 对于其他可以通过 metric .

返回:

此序列与 other 由定义 metric .

返回类型:

float

抛出:

TypeError -- 如果 other 是一个 Sequence 对象的类型与此序列不同。

参见

skbio.sequence.distance, fraction_diff, fraction_same

示例

>>> from skbio import Sequence
>>> s = Sequence('GGUC')
>>> t = Sequence('AGUC')

计算汉明距离（默认度量）：

>>> s.distance(t)
0.25

使用自定义指标：

>>> def custom_metric(s1, s2): return 0.42
>>> s.distance(t, custom_metric)
0.42