skbio.sequence.DNA.translate

DNA.translate(*args, **kwargs)[源代码]

将DNA序列转化为蛋白质序列。

状态:0.4.0稳定。

假设DNA序列是编码链。DNA序列首先被转录成RNA,然后被翻译成蛋白质。

参数:
  • args (tuple) -- 接受的位置参数 RNA.translate .

  • kwargs (dict) -- 接受的关键字参数 RNA.translate .

返回:

翻译序列。

返回类型:

Protein

备注

DNA序列的元数据包含在翻译后的蛋白质序列中。不包括位置元数据。

示例

使用NCBI的标准遗传代码(表ID 1,scikit-bio中的默认遗传代码)将DNA转化为蛋白质:

>>> from skbio import DNA
>>> dna = DNA('ATGCCACTTTAA')
>>> dna.translate()
Protein
--------------------------
Stats:
    length: 4
    has gaps: False
    has degenerates: False
    has definites: True
    has stops: True
--------------------------
0 MPL*

使用不同的NCBI遗传代码(表ID 3,酵母线粒体代码)翻译相同的DNA序列,并规定翻译必须在第一个终止密码子处终止:

>>> dna.translate(3, stop='require')
Protein
--------------------------
Stats:
    length: 3
    has gaps: False
    has degenerates: False
    has definites: True
    has stops: False
--------------------------
0 MPT