skbio.sequence.DNA.translate¶
- DNA.translate(*args, **kwargs)[源代码]¶
将DNA序列转化为蛋白质序列。
状态:0.4.0稳定。
假设DNA序列是编码链。DNA序列首先被转录成RNA,然后被翻译成蛋白质。
- 参数:
args (tuple) -- 接受的位置参数
RNA.translate
.kwargs (dict) -- 接受的关键字参数
RNA.translate
.
- 返回:
翻译序列。
- 返回类型:
备注
DNA序列的元数据包含在翻译后的蛋白质序列中。不包括位置元数据。
示例
使用NCBI的标准遗传代码(表ID 1,scikit-bio中的默认遗传代码)将DNA转化为蛋白质:
>>> from skbio import DNA >>> dna = DNA('ATGCCACTTTAA') >>> dna.translate() Protein -------------------------- Stats: length: 4 has gaps: False has degenerates: False has definites: True has stops: True -------------------------- 0 MPL*
使用不同的NCBI遗传代码(表ID 3,酵母线粒体代码)翻译相同的DNA序列,并规定翻译必须在第一个终止密码子处终止:
>>> dna.translate(3, stop='require') Protein -------------------------- Stats: length: 3 has gaps: False has degenerates: False has definites: True has stops: False -------------------------- 0 MPT