skbio.sequence.RNA.translate¶

RNA.translate(genetic_code=1, *args, **kwargs)[源代码]¶

将RNA序列转化为蛋白质序列。

状态：0.4.0稳定。

参数:

genetic_code (int, GeneticCode, optional) -- 用于翻译的遗传密码。如果 int ，用作表ID来查找相应的NCBI遗传代码。
args (tuple) -- 接受的位置参数 GeneticCode.translate .
kwargs (dict) -- 接受的关键字参数 GeneticCode.translate .

返回:

翻译序列。

返回类型:

Protein

参见

GeneticCode.translate, GeneticCode.from_ncbi, translate_six_frames

备注

RNA序列的元数据包含在翻译后的蛋白质序列中。不包括位置元数据。

示例

使用NCBI的标准遗传代码（表ID 1，scikit-bio中的默认遗传代码）将RNA转化为蛋白质：

>>> from skbio import RNA
>>> rna = RNA('AUGCCACUUUAA')
>>> rna.translate()
Protein
--------------------------
Stats:
    length: 4
    has gaps: False
    has degenerates: False
    has definites: True
    has stops: True
--------------------------
0 MPL*

使用不同的NCBI遗传代码（表ID 3，酵母线粒体代码）翻译相同的RNA序列，并规定翻译必须在第一个终止密码子处终止：

>>> rna.translate(3, stop='require')
Protein
--------------------------
Stats:
    length: 3
    has gaps: False
    has degenerates: False
    has definites: True
    has stops: False
--------------------------
0 MPT