skbio.diversity.alpha.chao1_ci

skbio.diversity.alpha.chao1_ci(counts, bias_corrected=True, zscore=1.96)[源代码]

计算chao1置信区间。

状态：从0.4.0开始实验。

参数:

  • counts (1-D array_like, int) -- 计数向量。

  • bias_corrected (bool, optional) -- Indicates whether or not to use the bias-corrected version of the equation. If False and there are both singletons and doubletons, the uncorrected version will be used. The biased-corrected version will be used otherwise.

  • zscore (scalar, optional) -- 用于表示自信的分数。默认值1.96表示95%的可信区间。

返回:

Chao1置信度区间为 (lower_bound, upper_bound) 。

返回类型:

tuple

参见

chao1

备注

此处的实施基于估算手册中的方程式 [1]. 使用不同的方程来计算Chao1方差和置信度区间，具体取决于 bias_corrected 以及单胞胎和/或双胞胎的存在/不存在。

具体地说，使用了以下估计公式：

  1. 没有单胞胎，公式14。

  2. 单胞胎而不是双胞胎，方程式7，13。

  3. 单身和双胞胎， bias_corrected=True ，方程式6，13。

  4. 单身和双胞胎， bias_corrected=False ，方程式5，13。

引用