skbio.diversity.alpha.chao1

skbio.diversity.alpha.chao1(counts, bias_corrected=True)[源代码]

计算chao1丰富度估计量。

状态：从0.4.0开始实验。

Uses the bias-corrected version unless bias_corrected is False and there are both singletons and doubletons.

参数:

  • counts (1-D array_like, int) -- 计数向量。

  • bias_corrected (bool, optional) -- Indicates whether or not to use the bias-corrected version of the equation. If False and there are both singletons and doubletons, the uncorrected version will be used. The biased-corrected version will be used otherwise.

返回:

计算的Chao1丰度估计器。

返回类型:

double

参见

chao1_ci

备注

未经更正的版本基于中的公式6 [1]:

\[chao1=S_{obs}+\frac{F_1^2}{2F_2}\]

哪里 \(F_1\) 和 \(F_2\) 分别是单胞胎和双胞胎的数量。

经偏差校正的版本定义为

\[CHO1=S_{OBS}+\FRAC{F_1(F_1-1)}{2(F_2+1)}\]

引用