Deeptools:用于探索深度排序数据的工具

Deeptools是一个 Python工具套件 特别为高效分析高通量测序数据而开发，例如chip-seq、rna-seq或mnase-seq。 使用deeptools有三种方法： 银河系使用 --我们的公众 deepTools Galaxy server 让我们在熟悉的Galaxy框架中使用deeptools，而不需要掌握命令行。 命令行用法 --只需下载并安装工具。 API --在自己的python程序中使用您最喜欢的deeptools模块。 在开发Deeptools的同时，我们不断努力创建符合以下标准的软件： 有效地从BAM文件中提取读取内容 对它们进行各种计算。 将对齐读取的BAM文件转换为bigwig文件 使用不同的规范化策略。 利用 多处理器 （速度！）。 生成 高度可定制的图像 （更改颜色、尺寸、标签、文件格式等）。 使可能 customized down-stream analyses ，这意味着用户可以存储创建的每个数据集。 模块化方法 -兼容性、灵活性、可扩展性（即我们可以添加越来越多的模块并使用现有的方法）。