BioSQL.Loader模块

将Bioython对象加载到BioSQL数据库中以进行持久存储。

这段代码使得将biopython对象存储在关系数据库中，然后将其检索回来成为可能。您不应该直接使用此模块中的任何类。而是对数据库对象调用load()方法。

class BioSQL.Loader.DatabaseLoader(adaptor, dbid, fetch_NCBI_taxonomy=False)

基类：object

用于将SeqRecord对象加载到BioSQL数据库中的对象。

__init__(adaptor, dbid, fetch_NCBI_taxonomy=False)

使用数据库的连接信息进行初始化。

创建DatabaseLoader对象通常通过BioSeqDatabase DBServer对象处理，例如：：

from BioSQL import BioSeqDatabase
server = BioSeqDatabase.open_database(driver="MySQLdb",
                                      user="gbrowse",
                                      passwd="biosql",
                                      host="localhost",
                                      db="test_biosql")
try:
    db = server["test"]
except KeyError:
    db = server.new_database("test",
    description="For testing GBrowse")

load_seqrecord(record)

将Biopython SeqRecord加载到数据库中。

class BioSQL.Loader.DatabaseRemover(adaptor, dbid)

基类：object

通过完全删除数据库来补充加载器功能。

对于正常用途，这可能并不是很有用，因为您可以只执行：：

DROP DATABASE db_name

然后重新创建数据库。但是，它对于测试目的真的很有用。

__init__(adaptor, dbid)

使用数据库ID和适配器连接进行初始化。

remove()

删除与给定数据库ID相关的所有内容。