BioSQL.BioSeqDatabase模块

连接到BioSQL数据库并从其中加载类似Biopython的对象。

这提供了从关系数据库加载生物对象的接口，并且与BioSQL标准兼容。

BioSQL.BioSeqDatabase.open_database(driver='MySQLdb', **kwargs)

加载现有的BioSQL样式的数据库。

此函数是检索数据库连接的最简单方法，执行如下操作：

from BioSQL import BioSeqDatabase
server = BioSeqDatabase.open_database(user="root", db="minidb")
参数：

  • 驱动程序-用于连接的数据库驱动程序的名称。驱动程序应该实现python DB API。默认情况下，使用MySQLdb驱动程序。

  • 用户-用于连接到数据库的用户名。

  • Password，passwd-要连接的密码

  • 主机-数据库的主机名

  • database或db-数据库的名称

class BioSQL.BioSeqDatabase.DBServer(conn, module, module_name=None)

基类：object

表示连续命名空间(子数据库)的BioSQL数据库。

它的作用类似于Python字典，允许将每个名称空间(由Biodatabase表中的一行定义)作为BioSeqDatabase对象进行访问。

__init__(conn, module, module_name=None)

创建一个DBServer对象。

参数：

  • CONN-A数据库连接对象

  • 模块-用于创建数据库连接的模块

  • MODULE_NAME-模块的名称(可选)。默认值： module.__name__

通常，您不希望自己创建DBServer对象。取而代之的是使用OPEN_DATABASE函数，该函数返回DBServer的一个实例。

__repr__()

返回类名和数据库连接的简短描述。

__getitem__(name)

返回一个BioSeqDatabase对象。

参数：

  • 名称-BioSeq数据库的名称

__len__()

返回此数据库中的命名空间(子数据库)数量。

__contains__(value)

检查此数据库中是否有命名空间(子数据库)。

__iter__()

迭代数据库中的名称空间(子数据库)。

keys()

迭代数据库中的名称空间(子数据库)。

values()

迭代数据库中的BioSeqDatabase对象。

items()

迭代数据库中的(Namespace，BioSeqDatabase)。

__delitem__(name)

删除命名空间及其所有条目。

new_database(db_name, authority=None, description=None)

将新数据库添加到服务器并将其返回。

load_database_sql(sql_file)

将数据库架构加载到给定数据库中。

它用于在第一次创建数据库时创建表等。sql_file应该指定包含用于构建表的SQL条目的文件的完整路径。

commit()

将当前事务提交到数据库。

rollback()

回滚当前事务。

close()

关闭连接。不可能有进一步的活动。

class BioSQL.BioSeqDatabase.Adaptor(conn, dbutils, wrap_cursor=False)

基类：object

数据库连接和游标的高级包装器。

BioSQL中的大多数数据库调用都是通过这个适配器类间接完成的。这为获取数据和执行SQL提供了帮助器方法。

__init__(conn, dbutils, wrap_cursor=False)

创建一个Adaptor对象。

参数：

  • CONN-A数据库连接

  • dbutils-一个BioSQL.DBUtils对象

  • WRAP_CURSOR-可选，是否换行游标对象

last_id(table)

返回所选表的最后一行ID。

autocommit(y=True)

设置自动提交模式。TRUE值启用；FALSE值禁用。

commit()

提交当前事务。

rollback()

回滚当前事务。

close()

关闭连接。不可能有进一步的活动。

fetch_dbid_by_dbname(dbname)

使用子数据库的名称返回子数据库的内部ID。

fetch_seqid_by_display_id(dbid, name)

使用序列的显示ID返回序列的内部ID。

参数：

  • dbid-子数据库的内部ID

  • 名称-序列的名称。对应于SQL模式的BioEntry表的Name列

fetch_seqid_by_accession(dbid, name)

使用序列的ACCESSION返回序列的内部ID。

参数：

  • dbid-子数据库的内部ID

  • 名称-序列的加入。对应于SQL模式的BioEntry表的ACCESSION列

fetch_seqids_by_accession(dbid, name)

使用访问返回内部ID列表。

参数：

  • dbid-子数据库的内部ID

  • 名称-序列的加入。对应于SQL模式的BioEntry表的ACCESSION列

fetch_seqid_by_version(dbid, name)

使用序列的加入和版本返回序列的内部ID。

参数：

  • dbid-子数据库的内部ID

  • 名称-包含版本号的序列的加入。必须与<加入>相对应。<版本>

fetch_seqid_by_identifier(dbid, identifier)

使用序列标识符返回序列的内部ID。

参数：

  • dbid-子数据库的内部ID

  • 标识符-序列的标识符。对应于SQL模式中的生物条目表的标识符列。

list_biodatabase_names()

返回所有子数据库的列表。

list_bioentry_ids(dbid)

返回子数据库中所有序列的内部ID列表。

参数：

  • dbid-子数据库的内部ID

list_bioentry_display_ids(dbid)

返回子数据库中所有序列名称的列表。

参数：

  • dbid-子数据库的内部ID

list_any_ids(sql, args)

返回给定SQL语句为其选择的ID。

这假设给定的SQL执行返回项目列表的SELECT语句。这会将它们从2D列表中解析出来，并在列表中返回它们。

execute_one(sql, args=None)

执行返回1条记录的SQL，并返回该记录。

execute(sql, args=None)

只需执行SQL命令即可。

executemany(sql, args)

执行许多SQL命令。

get_subseq_as_string(seqid, start, end)

返回序列的子字符串。

参数：

  • seqid-序列的内部ID

  • 开始-序列的开始位置；0-索引

  • End-序列的结束位置

execute_and_fetch_col0(sql, args=None)

返回行中第一列的值列表。

execute_and_fetchall(sql, args=None)

返回所有行的元组列表。

class BioSQL.BioSeqDatabase.MysqlConnectorAdaptor(conn, dbutils, wrap_cursor=False)

基类：Adaptor

带有MySQL接口修复的BioSQL Adaptor类。

由于mysql-connector-python数据库连接器返回bytearray对象，BioSQL失败。这个适配器类清理字节数组和字节字符串的返回，将它们转换为字符串对象。此适配器类是为了响应在2.0.0版软件包中添加到mysql-connector-python的向后不兼容更改。

execute_one(sql, args=None)

执行返回1条记录的SQL，并返回该记录。

execute_and_fetch_col0(sql, args=None)

返回行中第一列的值列表。

execute_and_fetchall(sql, args=None)

返回所有行的元组列表。

class BioSQL.BioSeqDatabase.BioSeqDatabase(adaptor, name)

基类：object

表示BioSQL数据库中的命名空间(子数据库)。

即生物数据库表中的一行以及与其相关联的生物条目表中的所有行。

__init__(adaptor, name)

创建一个BioDatabase对象。

参数：

  • Adaptor-一个BioSQL.Adaptor对象

  • 名称-子数据库(命名空间)的名称

__repr__()

返回BioSeqDatabase的简短摘要。

get_Seq_by_id(name)

按名称获取DBSeqRecord对象。

示例：SEQ_rec=db.get_Seq_by_id(‘ROA1_HEMAN’)

此方法的名称具有误导性，因为它返回DBSeqRecord而不是Seq对象，并且可能是为了镜像BioPerl。

get_Seq_by_acc(name)

按访问号获取DBSeqRecord对象。

示例：SEQ_rec=db.get_Seq_by_acc(‘X77802’)

此方法的名称具有误导性，因为它返回DBSeqRecord而不是Seq对象，并且可能是为了镜像BioPerl。

get_Seq_by_ver(name)

按版本号获取DBSeqRecord对象。

示例：SEQ_rec=db.get_Seq_by_ver(‘X77802.1’)

此方法的名称具有误导性，因为它返回DBSeqRecord而不是Seq对象，并且可能是为了镜像BioPerl。

get_Seqs_by_acc(name)

按访问编号获取DBSeqRecord对象列表。

示例：SEQ_RECS=db.get_Seq_by_acc(‘X77802’)

此方法的名称具有误导性，因为它返回DBSeqRecord对象列表而不是Seq对象列表，并且可能是为了镜像BioPerl。

__getitem__(key)

返回子数据库中某个序列的DBSeqRecord。

参数：

  • key-序列的内部ID

__delitem__(key)

删除条目及其所有批注。

__len__()

返回此命名空间(子数据库)中的记录数。

__contains__(value)

检查主(内部)ID是否为此命名空间(子数据库)。

__iter__()

迭代ID(在此数据库之外可能没有意义)。

keys()

迭代ID(在此数据库之外可能没有意义)。

values()

迭代名称空间(子数据库)中的DBSeqRecord对象。

items()

迭代名称空间(子数据库)的(id，DBSeqRecord)。

lookup(**kwargs)

使用可接受的标识符返回DBSeqRecord。

参数：

  • kwargs-单键-值对，其中键是primary_id、gi、display_id、name、access、version中的一个

load(record_iterator, fetch_NCBI_taxonomy=False)

将一组SeqRecords加载到BioSQL数据库。

Record_Iterator可以是SeqRecord对象列表，也可以是返回SeqRecord对象(如Bio.SeqIO.parse()函数的输出)的Iterator对象，这些对象将用于填充数据库。

FETCH_NCBI_TAYNOMY是布尔标志，允许或阻止连接到NCBI服务器上的分类数据库(通过Bio.Entrez)，以获取每个SeqRecord的详细分类。

示例：：

from Bio import SeqIO
count = db.load(SeqIO.parse(open(filename), format))

返回加载的记录数。